1213年，国王约翰一世向教皇英诺森三世屈服，请求英诺森三世调停。1213年9月，英诺森三世派遣图斯库卢姆枢机主教尼古拉斯·德·罗曼尼斯前往牛津城，主要是解决牛津大学学者同牛津城市民之间的争端，以阻止事态继续恶化。
校长任命的方式1214年英诺森三世特许状首次提及校长一词，并且提到3次。该特许状规定：“选派令人尊敬的林肯教区主教威尔斯的休或副主教担任牛津大学校长，或者主教指派学者担任牛津大学校长。”根据该特许状，牛津大学正式设置校长一职，林肯主教对牛津大学校长拥有任命权、视察权和听证权。
根据文献显示，1214年6月27日，杰弗里·德·卢西成为牛津大学校长，他是牛津大学最早的校长之一，甚至可以说是第一任校长。从侧面反映出，校长是教会职员，并非大学官员。
牛津大学校长由教师自行选举产生，教师行会推选校长候选人，然后让主教认可批准，从而彻底改变了原有的局面。
教师具有实际的选举权，主教保留着法律上的任命权。因此，校长从曾经高高在上的官员变成大学教师中的一员，成为牛津大学的拥护者和保护者。尽管校长成为教区主教的代理人，主教仍然有权在他认为合适的时刻取代校长行使权力。
校长职责牛津大学校长是一个独一无二的职务，校长可以行使委派主教的管理权，集司法、经济、环境和日常生活文化于一身。司法审判权牛津大学教师和学生具有神职人员身份。从大学的角度，校长一职是教学的派生物，校长法庭根据教会法程序审理案件，后来改用罗马法程序。
该特许状规定：“校长有权独立审判大学成员，无论是民事案件还是刑事案件。”倘若对校长法庭裁决提起的上诉，将由牛津大学校监委员会受理，并由其提交校务评议会。
牛津大学学者不受城市法庭管辖，但是受校长法庭的特别庇护。当市民和学者发生冲突时，冲突发生在大学城内，无论是民事案件还是刑事案件，校长法庭皆有权进行独立审判，极个别情况除外。
校长法庭使大学在中世纪取得了决定生杀予夺的司法权。该特许权容易导致牛津大学与城市产生诸多法律纠纷。但是，主教和副主教仍掌控在押学者的审判权和案件裁定权。所以，牛津大学不仅是教学机构，同时也是司法机构。
监督权。面对学者的安全问题，教皇使节试图为学者建立一套行之有效的纪律监督体制。该特许状规定：“牛津大学校长对学校具有监督权。”此后，牛津大学校长颁布一系列禁令，禁令内容包含禁止携带武器，严禁发生危害和平的骚乱行为，严禁拉帮结派，除非有特殊情况严禁宵禁后外出，严禁在草地上或其他场合做有伤风化的游戏，严禁学者嫖娼和包养情妇等等。
牛津大学校长具有捍卫大学城内安全和道德操守的重大责任，校长倾向于严惩违规者。如果牛津大学学者违背上述禁令，校长可以对其实施惩罚，例如把违规者驱逐出教会，或处以监禁，或逐出牛津城，或剥夺学者特许权。
换个角度看，牛津大学校长制定禁令和实施严厉的惩罚也是事出有因，牛津大学最迫切的愿望是通过严加管教使学者循规蹈矩，从而保护学者免遭飞来横祸，维护牛津大学正常生活秩序，维护牛津大学社会声誉。牛津大学校长在维护大学利益方面发挥着领导作用，成为大学与教会之间的缓冲器，集中体现了学术社团独立的愿望。
房屋租赁特许权为了解决学者租房问题，1214年英诺森三世特许状规定了一系列措施，设立租赁管理委员会，设置租金执行人的职位。
设立租赁管理委员会。基于上述房屋租赁问题，为了公开公正地保护学者权利和房东利益，牛津大学成立了租赁管理委员会。租赁管理委员会由教师和市民构成，具有评估和执行功能，负责督导学者房屋租赁的事宜，这是欧洲中世纪大学早期发展阶段普遍采取的措施。
该特许状规定：“牛津大学租赁管理委员会由四名教师和四名市民组成，负责评估并确定房屋租金，以5年为一周期，其中包括学者占用的宗教机构房屋的租金。”
此外，该特许状规定：“在租赁管理委员会的裁决下，在未来十年，仅收取牛津大学教师和学生的一半房租，房租在10年之后不能高于1209年之前的房租。”这是一项新的协议，牛津城房东不得随意调整房租的价格，要严格执行该条例。
倘若国王没有支持该特许权，该特许权难以推行。但是，房东一直抱怨租赁管理制度有失公平，他们一直暗中阻挠该制度的运行。
租金执行人。为了维护学者权益，牛津城市民在宣誓时做出如下承诺：市民公平公正地对待学者，不会欺骗或者欺诈学者，在房屋出租时不会增加苛刻的附加条件。
为此，牛津大学委任了租金执行人，专门负责处理房屋租赁事宜，这也是牛津大学最早设立的公职之一。租金执行人职能主要表现在两个方面，第一是监控房屋租赁收费标准，第二是建立学术领域房屋租赁管理体系。
与此同时，在理由充足的前提下，房东可以重新收回房屋的使用权。牛津大学房屋租赁制度在最大程度上保护学者的利益，帮助大学获得更多的房屋优先使用权，学者租房的选择范围越来越广泛。
资助贫困学生13世纪初，大部分学生出身于社会中下层，贵族学生在牛津大学所占比例很小。在贷款储备金设立之前，学生需要自己筹集资金，以缴纳学费，支付日常生活开销。如果学生生活费用完，家族又无力承担，或者家族不愿意继续承担其开支。学生可以选择中止学业，或者向犹太人借贷。
设立贷款基金。牛津城市民每年要缴纳一定罚金，以弥补1209年的罪过。针对学生经济困难的问题，有人建议把市民罚金设立贷款储备金。
之后，通过与市民协议，把这笔款项转移到了恩斯罕修道院。1240年，应林肯主教区主教罗伯特•格罗斯泰斯特的要求，把这笔钱用作放贷的基础，无息贷款给贫穷教师和学生，并创建了圣弗里茨瓦德基金。
牛津大学积累资金均存于圣弗里茨瓦德基金，倘若学者想从中借取部分资金，根据其学术身份判定额度大小。为了安全起见，学生需要抵押物品且价值超过贷款金额，比如书籍、被褥、一件珠宝、手稿、一个念珠、腰带和布匹。
若贷款超过一年未还，抵押物不能被赎回，牛津大学将会公开拍卖抵押物。需要指出的是，申请贷款是有限制性条件的，学生在牛津大学求学至少两年才有资格申请贷款，这样使不少学生无法享受贷款，经济窘迫的学生往往会选择休学。
1290年，英格兰把犹太人驱逐出境，犹太人放贷消失于牛津城。因此，诸多牛津大学教师和学生陷入了无处借贷的困境，牛津大学无力补足此缺口，贷款基金成为当时最佳解决方案。
自1240年至16世纪中叶，牛津大学设立了22个贷款基金。每个贷款基金均制定了完善的运行机制，校长和教务长是贷款基金的最高监管者。贷款基金是牛津大学教师和学生的专属福利，以帮助那些最拮据的教师和学生渡过难关。
财政援助。除了向学生提供贷款之外，教皇使节采取了其他措施，例如给予学者现金补助，免除贫困学生的赋税，特定节日提供食物。
1214年英诺森三世特许状规定：“每年向贫困学生发放52先令，分两次给予贫困学生，作为贫困学生的生活补助。在一年一度的圣尼古拉斯节上，向100名贫困学生提供面包、啤酒、浓汤、鱼和牛肉，也是纪念被吊死的两名学生。”
这是首次通过立法确立资助贫困学生制度，以免税、现金和食物的形式资助学生，减轻了学生的经济负担。但是，这种援助也是十分有限的。除了上述措施外，为了帮助经济困难的学生，牛津大学提供了一些其他的获取生活费的渠道。
例如，学生担任教师或富裕学生的男仆，学生从事有偿抄写工职业，学生成为慈善捐赠基金的资助者，学生拥有校长颁发的乞讨许可证。赚钱方式的多样化改善了部分学生的生活，帮助其延续了学业。
商品定价权牛津城市民视学者为外来移民，他们在销售食品时漫天要价，学者对此行为尤为愤怒。为此，牛津大学同牛津城市府反复交涉，最终牛津大学可参与商品定价。牛津城市长、牛津大学教师和50名市民共同参与商品价格设定，例如面包、麦芽酒和红酒等。该特许状规定：“牛津市府每年派出50名市民代表参与商定商品价格。
市民要宣誓遵守承诺，即他们不会损害学者的正当利益，不会欺骗学者，承诺以合理的价格向学者出售食品和其他商品。第二年，另外50名市民也要宣誓，宣誓内容大同小异。”
毫无疑问，该政策打击了牛津城内商人的不法行为，如缺斤短两和哄抬物价等，把商品价格设置在合理范围之内，从而让教师、学生和部分市民受益。牛津大学介入经济活动，无论行为是否正当，让商人愤恨不已。实际上，无论是从经济方面还是政治方面，这种定价制度不利于城市，以牺牲城市法为代价。
学生注册随着学生人数不断增多，教师开始登记其学生的姓名、出身、地位和入学年份。注册既是牛津大学治理制度化的产物，也是经济发展的产物。
通过注册记录享有特许权的人，轻而易举地识别需要帮助的学生。1214年教皇法令规定：“学生在入校两周之内必须注册。倘若学生在此期限内不注册，司法官有权将其逮捕入狱。”通过注册把滥竽充数的学生逐出大学。
1214年教皇特许状是牛津大学获取的最早官方文件，为牛津大学的独立奠定了基础。1214年教皇特许状为牛津大学学者取得了凌驾于牛津城之上的特许权，提升了牛津大学社会地位。
该法令为牛津大学校门重启铺平了道路，在该特许状颁布之后，学者络绎不绝地回到牛津大学，恢复上课。
同1200年菲利普二世特许状一脉相承，该特许状界定了牛津大学成员的神职人员身份，使其享有神职人员所有特许权，使牛津大学得以生存和发展。该特许状使主教、副主教和校长之间权力分割，是校长作为主教代表的权力所在，标志着牛津大学拥有自治权。
英诺森四世把牛津大学置于教皇保护之下，以反对亨利三世。他委任伦敦主教和索尔兹伯里主教，保护牛津大学，以反对国王的干涉。从此，牛津大学成为罗马教廷在英格兰的神学教学和研究机构，时间长达300多年。
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