家庭系统排的实际操作可以采用团体参与的方式进行，其参加人员的人数以15——30人不等。一般来说，由排列的导师（治疗师）询问当事人问题，当事人简要叙述其困扰，然后导师会决定所需要的角色，由当事人从现场参加的成员中找出家庭成员的“角色代表”，由当事人凭直觉将这些代表的位置一一排列出来。借助“代表们”的位置及心理感受，可以协助当事人了解问题背后的动力和秩序，以及呈现“牵连”的存在。在整个排列过程中，通过“代表”之间的位置移动及对话，呈现出具有治疗意义的心灵画面，让当事人获得内在的领悟，让受到阻碍的爱的能量有机会再次流动。
对于充当代表的人，他们不需要思考“自己应该怎么做”，他们无须做任何事，只需要尽可能地放弃属于自己的想法进入角色，只需要放松和不去刻意地思考，让内心涌出感觉和景象不受意识的阻碍，并且向治疗师报告自己的感觉和心理体验。在旁观看的朋友，即使不是被排列的个案当事人，通过这样的工作场景，往往也会领悟到自己的家庭系统的一些事情，也会有良好的改变。因此，家庭系统排列虽然是以“个案”的方式逐一进行的，但对参与的全体成员，都会产生积极的影响。
家庭系统排列进行时，只要有成员在场就可以。与其他的心理治疗不同，它不钻研琐事，不进行解释，不进行干预，治疗师与当事人不在意识层面对话，而只关心实际发生的重要事件，经由排列直接切入核心。可以说它是一种生活的应用哲学，很简单、很直接，参与过的人大都感到肯定和震动。通过家庭系统排列，可以帮助我们建立更好的家庭生活、职业生涯规划、工作发展、两性关系、亲子、重大抉择、事业经营、组织整合、人际关系、身心、灵性成长等重大人生课题。
家庭系统排列超越了时间和空间：不同时间、不同地点的人、事、物的关系（相距几千里，相隔几十年）可以在一个地方和一段有限的时间里真实展现出来。
家庭系统排列的另外一个非同寻常、非常重要的特色是：它会呈现一个人内心深处的真正状况。例如一个孩子在日常生活里，其语言和行为表现出非常不接受他的父亲或母亲，而在系统排列里我们则可能看到，原来他的心深处却存在一种相反的动力：他非常地爱他的父亲或母亲。特别令人们感到震撼的是，系统排列中出现的事实比当事人意识中所知道的更真实更准确。一些连当事人都不曾知悉的真相，能够在系统排列中显现出来。例如曾经有一位当事人在系统排列里呈现的事实是“自己不是父母所生”，后来果然从父母那里得到证实。我们也会发现，在一个家庭系统里，很多人许多年一直生活在痛苦里，原来就是当时一句说话没有被说出来。我们从中发现，经常提醒自已“把内心的感觉对应该听的人说出来”是非常重要的，这些话语包括“谢谢你”“我爱你”“对不起”“我很感激”等。
一个完全不认识系统里的人物的陌生人，一旦作为这个人物的代表，就能够快速地感受到他（她）在排列时所代表的那个家庭成员的思想意念、行为意欲、情绪和身体里的感觉，是第一次参加系统排列的人最感奇妙和迷惑的事情。海灵格本人对此也没有做出明确的解释。我们通过无数的案例可以看到事情就是这样发生的。
这个现象背后的理论也许是：系统的一个部份拥有系统全部的资料；人类在集体无意识层面是完全相通的。 在治疗师眼里，系统排列没有“标准程序”和“临床假设”，在排列中“会发生什么”以及“什么情况该怎样做”都是难以预先回答的问题。一个好的系统排列导师，不论他是否接受其它流派的心理治疗理论，无论他是否事先知道当事人的家庭系统情况，都不会用判断、假设或猜测去进行一次系统排列。在排列中，治疗师的角色是“理性的感受者”和“直觉的观察者”，他完全是运用他的感觉，去感觉系统动力的存在，接收系统的引领，让系统中出现的现象推动他进入下一步。
海宁格先生称这个为“现象学方式”。就治疗理念而言，系统排列的效果不能被创造出来。我们只能把系统里本来就有的种种问题，包括成员之间的“牵连”的解决方式，呈现出来。如果在系统排列里没有解决，系统排列的导师无法“制造”一次人为意愿的效果出来。因为维持系统运作的法则，是超越人的思想和主观意愿的。
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