灵敏度：绝对灵敏度指仪器可检测的最小样品量（必要时注明相应的信噪比）；相对灵敏度指仪器可同时测定的大组分与小组分的含量，常用1×10-6表示。最新型的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪的灵敏度可达10-15-10-18。
准确度：指质谱分析的测定值（质量、同位素比值或化学组分）与理论值的偏差。最新型的四极杆飞行时间质谱仪的质量准确度可达5ppm，傅立叶变换离子回旋共振质谱仪的质量准确度可达1ppm。
质量范围：质谱仪所能测定的原子量（分子量）范围，单位为Da。最新型的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪的质量范围可达400000Da。
分子离子：有机化合物分子受到外来电子撞击后，绝大多数是失去一个电子，这就使分子带有一个正电荷，这种带正电荷的粒子就叫作分子离子。分子离子用来测定化合物的分子量。
碎片离子：当撞击电子能量较高、超过分子本身电离所需能量时，分子离子的一部分、大部分或全部就要发生裂解，生成的分子碎片也可以带正电荷，这就是碎片离子。碎片离子用来测定化合物的结构。
质荷比M/Z：一般Z为1，故M/Z也就认为是离子的质量数，蛋白质等易带多电荷，Z>1.在质谱中不能用平均分子量计算离子的化学组成，例如:不能用氯的平均分子量35.5，而用35和37。同理，溴也是如此，79和81，无80。在质谱图中，根本不会出现35.5的峰。一氯苯的分子峰应是112和114而不是113。
相对丰度：以质谱中最强峰为100%(称基峰)，其他碎片峰与之相比的百分数。
总离子流(TIC)：即一次扫描得到的所有离子强度之和，若某一质谱图总离子流很低，说明电离不充分，不能做为一张总离子流标准质谱图。
动态范围：即最强峰与最弱峰高之比早期仪器窄，现代计算机接收宽若太窄，会造成有多个强峰出头，都成为基峰，动态范围而该要的(常为分子峰)却记录不出来.这样的图也是不标准的，检索，解析起来都很困难。
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