南京曾是东吴、东晋、宋、齐、梁、陈六国都城，明人杨文敏曾说：天下山川形势，雄伟壮丽，可以作为京都的，再也没有超过金陵（南京别名）的了。至于敌视宽厚，关塞险固，总扼中原的平旷，又以燕蓟为独占鳌头。朱元璋也认为龙盘虎踞的南京一定蕴藏着好风水。可是被秦始皇破坏过，这些在南京立都的都不长久。
至于具体的宫城选址，堪舆家认为长江从南京流过时，发生了向东的折向，水脉在此结为一穴，六朝时定此穴为鸡笼山之南。刘基重新堪定后，认为穴应结于富贵山之南的燕雀湖。于是朱元璋下令填平燕雀湖，在那上面重建宫城。但是按照古代一向的风水常识，《管子·度地篇》曰：“圣人之处国者，必于不倾之地”， 《汉书·沟洫志》亦称：“古者立国居民，疆理土地，必遗川泽之分，度其水势所不及”，说的都是卜地相宅不能居于地势低洼之所，宫城建在水上犯了一个大忌。而事实上由于新宫城建在燕雀湖上，入住不久，即发生地基下沉，形成北低南高的地势，这也是极不吉利的，使朱元璋非常不快。后来朱棣迁都，这层笼罩在明朝江山上的阴影才最终散去。
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