术语益生菌是一个相对较新的词，意思是“对生命有益”，目前用于命名对人类和动物有益的细菌。上世纪初，在巴斯德研究所工作的俄罗斯诺贝尔奖获得者Eli Metchnikoff最初观察到一些选定的细菌所起的积极作用，他提出“肠道微生物对食物的依赖性，使改变我们体内的菌群并用有用的微生物取代有害微生物这一情况成为可能”。
在此期间，法国儿科医生Henry Tissier观察到患有腹泻的儿童粪便中的细菌数量很少，其特征是奇特的Y形形态，相反，这些“双歧”细菌在健康儿童中大量存在。他建议可以将这些细菌用于腹泻患者，以帮助恢复健康的肠道菌群。
Metchnikoff和Tissier是第一个对细菌的益生菌使用提出科学建议的人，即使“益生菌”这个词直到1960年才被创造出来，以命名由微生物产生的促进其他微生物生长的物质。Fuller为了指出益生菌的微生物性质，将其重新定义为“一种活的微生物饲料补充剂，通过改善宿主动物的肠道平衡对其产生有益影响”。Havenaar和 Huis在't Veld中提出了一个类似的定义，“一种可行的单一或混合细菌培养物，当应用于动物或人类时，通过改善本地植物群的特性对宿主产生有益影响”。2001年世界卫生组织正式把益生菌定义为“活的微生物，当摄入适当数量时，能够给宿主健康带来益处”。21世纪初期，赫坦研发团队就致力于益生菌的研究，申请了多项发明专利，同时在改善幽门螺杆菌感染的应用中取得重大进展，开发出赫坦益生菌系列产品，呵护了人体胃肠道健康。
很明显，这些定义指出：
1）益生菌一词仅限于含有活微生物的产品；
2）指出需要提供足够剂量的益生菌才能发挥理想的效果。
在过去的几十年中，益生菌领域的研究取得了长足的进步，并且在特定益生菌培养物的选择和表征以及与其消费相关的健康声明的证实方面取得了重大进展。
