“天下文枢”的南京，长期以来是中国南方的政治、经济、文化中心，历史上曾数次庇佑华夏之正朔，亳不夸张地说南京的每一个角落都有典故，每一寸土地都有积淀，每一条街衢都有厚重，每一条溪流都有苍桑。
朱自清先生说：“逛南京像逛古董铺子，到处都有些时代侵蚀的遗痕。你可以摩挲，可以凭吊，可以悠然遐想；想到六朝的兴废，王谢的风流，秦淮的艳迹……所以我劝你上鸡鸣寺去，最好选一个微雨天或月夜。在朦胧里，才酝酿着那一缕幽幽的古味。你坐在一排明窗的豁蒙楼上，吃一碗茶，看面前苍然蜿蜒着的台城”。
鸡鸣寺相传已有一千七百多年的历史，所以又称古鸡鸣寺，是南京最古老的梵刹和皇家寺庙之一，香火旺盛，据说鸡鸣寺是祈求姻缘最灵验的地方。《诗经》中都有云:“女曰鸡鸣，士曰昧旦。子兴视夜，明星有烂。将翱将翔，弋凫与雁”。
关于鸡鸣寺的前身一直以来是众说纷纭，第一种说法是栖玄寺。栖玄寺始建于西晋永康元年（公元300年），因鸡笼山背面的栖玄塘而得名。南朝建平王刘宏在鸡笼山东偏北处建造府邸，后捐为“栖元寺”，南齐改名“建元寺”，这种说法中规中矩，平铺直叙，没有什么出彩之处。
第二种说法就厉害了，鸡鸣寺前身是同泰寺。同泰寺那在历史上可是赫赫有名，号称“南朝第一寺”，“南朝四百八十寺”之首，同泰寺是梁武帝建的，梁武帝，姓萧名衍，字叔达，小子练儿，在位四十八年。在位期间，任用贤能，创下了不少政绩，南梁一度繁荣昌盛，遗憾的是梁武帝晚年，因为“侯景之乱”，都城沦陷，萧衍死于台城，谥号武皇帝，庙号高祖。
梁武帝是中国历史上第一个出家当和尚的皇帝，开始时，梁武帝作为一个十足的信教徒每天定时去向烧香拜佛。
但是后来梁武帝不满足了，他要出家当个真正的和尚了，于是他别出新裁地向同泰寺舍身，但一国不可一日无君，朝中大臣们跪求皇上，梁武帝做了三天的和尚后，恋恋不舍地回去当皇帝了。
梁武帝回头想想，自己这样回宫对佛祖的不敬，所以又回到了同泰寺第二次舍身，大臣们这次直接动用国库，用一万万钱把皇帝的身体从同泰寺赎回来了。
梁武帝身体回来了，心还在寺中，没过多久，他又想舍身，这次还想把国家的土地也奉献了，大臣们只好再次用了二万万钱把皇帝给赎回来了。
梁武帝不仅多次脱皇袍换僧袍，而且相传梁武帝为了自己的信仰，不近女色，不食荤腥，皇帝当到这个份上，自古而今，唯梁武帝一人了。
坚信没有杀戳就没有伤害的梁武帝，在同泰寺颁布《断酒肉文》，这就是汉传佛教出家人食素的开始。其实佛教传入我国的时候，佛教僧众是可以吃肉的，释迦摩尼住世时，就规定出家人化缘化到什么就必须吃什么。
不过有专家考证同泰寺旧址在南京珠江路北侧，与今天的鸡鸣寺还是有段距离的。也有人说做为南朝梁时期的皇家寺院同泰寺范围很大，“南朝四百八十寺”之首，牛皮不是吹的，火车不是推的，说鸡鸣寺的前身是同泰寺也说得过去。
天竺高僧菩提达摩从印度来南京时就居于此，后来因与梁武帝佛法理念不同，一苇渡江，创立了河南少林寺，至今在南京慕府山还有一个著名景点达摩古洞。南唐时易名净居寺，后改圆寂寺；宋朝时改为法宝寺。
明朝洪武二十年（1387年）明太祖朱元璋下令重建寺院，扩大规模，亲笔题写“鸡鸣寺”，为什么起名为鸡鸣寺呢？有人认为是寺前有鸡鸣埭，清初诗坛领袖、刑部尚书王士祯《登鸡鸣寺》诗日：“鸡鸣山上鸡鸣寺，绀宇凌霄鸟路长。古埭尚传齐武帝，风流空忆竟陵王。”实际上，鸡鸣寺与鸡鸣埭相去甚远，史学家蒋赞初先生说“鸡鸣埭在玄武湖北”，即在迈皋桥一带。
明太祖朱元璋虽然自身文化水平不高，但深知文化的重要性，他要建造国子监，国子监是国家设立的最高学府（太学）和管理教育的行政机构，他亲自选址，最后选中在鸡笼山东麓建馆址，不过“鸡笼”显然不雅，不合圣意，就改名为“鸡鸣”，取的是“晨兴勤苦”之意。鸡笼山现名北极阁。
后经不断改扩建，鸡鸣寺规模宏大，占地达千余亩，殿堂楼阁、台舍房宇达三十余座，清朝康熙年间还曾对鸡鸣寺进行过两次大规模修补，改建了山门，康熙南巡时，还亲登鸡鸣寺，提笔书写了古鸡鸣寺的大字匾额，可惜的是在咸丰年间鸡鸣寺毁于战火。咸丰皇帝真是位倒霉的皇帝，在位期间，一共丢失了一百五十多万平方公里的土地，首都被外国军队攻陷，还发生了火烧圆明园这样的震惊中外的历史事件，相比而言鸡鸣寺毁于战火是不值一提的小事了。
同治年间重修鸡鸣寺，1958年改为尼众道场；1983年起依明清时规模形制复建，值得一提的是1992年《新白娘子传奇》剧中杭州的雷峰塔是借鸡鸣寺药师佛塔拍的。
