南浔区的历史可追溯其前身即东迁县，始建于西晋（282年），距今已有1730多年的历史。县境东至平望官河（今江苏省吴江市平望镇老运河），北至太湖诸溇港，南至新市、乌镇、双林、琏市（今练市）、含山，西至湖州府城东二十八里。历史悠久，人杰地灵。
中心城区南浔镇自南宋淳祜季年（1252）建镇至今已有757年历史。北宋太平兴国三年（978），南浔东57里的地区划归平江（苏州）镇区成为湖州境东之门户，聚居居民日增，村落规模初具，因滨溪遂称浔溪。浔溪之名一直沿用至南宋宁宗（1195～1224）朝。南宋理宗时（1225～1264）文献记载“南林一聚落，而耕桑之富，甲于浙右”。由于浔溪之南商贾云集，屋宇林立，遂称南林。至淳祜季年（1252）建镇，取南林、浔溪两名之首字，称南浔，并设镇官，元末张士诚据南浔，于至正十六年（1356）筑城（南浔太尉古城距今已有653年历史）。明洪武二年（1369）拆城修建苏州城。
明末潘尔夔《浔溪文献》云：“阛阂鳞次，烟火万家；苕水碧流，舟航辐辏。虽吴兴之东部，实江浙之雄镇。关于“烟火万家”之说，明万历至清康熙、乾隆、道光时，史志都有此记述。明万历至清代中叶为南浔经济繁荣时期。南浔之成为江浙雄镇，是因蚕桑业和手工业缫丝的兴起和商品经济发展。1958年10月南浔与东迁、马腰、横街、北里、三长五个乡合并建为南浔人民公社，南浔镇属公社的18个大队之一。1983年由省辖湖州市郊区人民政府管辖，1986年撤北里乡，归并入镇。1988年，湖州市撤郊区人民政府，南浔直接由市领导。1992年7月，经湖州市委、市人民政府批准，镇区为市级经济开发区。1993年11月，经省人民政府批准为省级经济开发区。
