成吉思汗的蒙古大军打下了纵横万里的帝国后，对帝国进行了分封，这就有了四大汗国的说法。很多人可能以为，这四大汗国早就可以独立行事，其实在忽必烈以前蒙古大汗就是所有蒙古人产业的主宰，几大汗国的城市都归大汗所有。
成吉思汗分封的汗国实际上是九个，除了三个儿子的汗国，还在草原的边缘地带分封了其他几个汗国。在忽必烈以前，蒙古大汗们可以向远在中亚和东欧的城市派遣达鲁花赤（意思是镇守者），收取城市的赋税，处理地方政务，并征发当地民众充当炮灰。一般来说中原地区的达鲁花赤由西域人担任，成吉思汗就派遣了西域人札八儿火者为黄河以北铁门以南都达鲁花赤；中亚地区的达鲁花赤由中原地区的“汉人”（这里主要是指四等人中的汉人，包括女真人和契丹人）担任，契丹人耶律阿海就任担任过撒马尔罕城的达鲁花赤。直到1257年蒙哥还能派遣达鲁花赤到斡罗思（金帐汗国统治下的俄罗斯）征发人力物力，为南下攻宋做准备。
分封到远方的蒙古王爷们并没有对城市的控制权，他们只能统治自己手下的兀鲁斯民众，利用这些民众对封地内的民众进行统治。在忽必烈以前只要大汗们一声令下，各个汗国就会争先恐后的送上军队和钱粮，旭列兀西征时金帐汗国和察合台汗国都派遣了部队。窝阔台即位后，由于自己的直属民众远远少于拖雷，干脆就把中原的大量人口分发给草原上的贵人，这才站稳了脚跟。窝阔台还大量征发草原部众，形成了探马赤军；改组了怯薛军，把第一怯薛改为大汗直辖。在窝阔台组建的探马赤军里也有来自察合台汗国的部众，窝阔台汗国只是其家族的一部分产业而已。
蒙哥在拔都的帮助下成了蒙古大汗，对除了金帐汗国外的汗国都不客气。蒙哥在中亚的阿姆河、别失八里等地设立行省，对那里实行直接统治。蒙哥对窝阔台和察合台汗国进行了严厉打击，将其主要成员或杀或关。窝阔台汗国最著名的人物海都被严格看管在草原上，后来成了阿里不哥的支持者。窝阔台的第六子合丹也被关押过，他是忽必烈的老铁（此人从1235年打到1290年），后来还参加了灭宋之战。蒙哥还干涉了金帐汗国的内部事务，把拔都军队和地盘都传给和他关系良好的撒尔塔。
到到了忽必烈和阿里不哥争锋时，察合台汗国首先恢复了实力。先是忽必烈派遣忠于自己的阿必失哈（察合台孙子）去中亚掌权，希望从侧面攻打阿里不哥（阿里不哥的主要地盘在阿尔泰山以西），但这个倒霉的家伙被阿里不哥抓获了。接着阿里不哥派遣察合台的另一个孙子阿鲁忽回察合台汗国掌权，希望得到中亚的粮食（忽必烈断绝了草原的粮食供应）。阿鲁忽掌握了察合台汗国的大权后，拥兵15万，就不想给阿里不哥当提款机。阿里不哥只好杀进察合台汗国，击败了这个二五仔，但也因滥杀无辜被赶了出来。由于缺粮，阿里不哥不得不投降了忽必烈。
忽必烈掌权后，忙于南下。海都带着3000人马回到了中亚，他和众多察合台的后裔一起对抗忽必烈，甚至取得了攻占和林的胜利。由于中亚被敌对势力掌握，元朝的皇帝们就彻底失去了对各个汗国城市、民众的控制权，四大汗国终于成了真正独立的汗国。
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