1、包涵体裂解
细胞内重组蛋白的提取要依照蛋白的来源和性质选择合适的方法，蛋白一般来源于细菌、植物、哺乳动物细胞等。
细胞裂解常用的方法有：酶解法、研磨、匀浆、超声破碎法、冻融等。
1）细胞酶解：在稀释菌液中加入2-0.4mg/ml溶菌酶、1mM MgCl2、20ug/ml DNase、1mM PMSF，混均匀，冰上或者室温放置30min。根据目的蛋白对温度的敏感性选择合适的温度。
2）机械裂解：加入1% Triton X-100，充分混匀，冰上放置15min，在冰上用超声波破碎细胞10min，至细胞变澄清，或在-20℃下冰冻，室温溶解，反复冻融5次以上；4℃，5000rpm离心15min，弃上清，用45um或0.22um的滤膜过滤除去细胞碎片。
在细胞裂解时应该注意：
a、尽量选择比较温和的处理方法，避免太剧烈地操作导致目的蛋白变性，或者蛋白酶释放。
b、为了保持蛋白质的稳定性，在蛋白的提取时应迅速，低温，添加蛋白酶抑制剂，例如，加入DFP（二异丙基氟磷酸）抑制或者减慢自容，加入碘乙酸抑制巯基作用的蛋白水解酶活性，加入PMSF（苯甲磺酰基氟化物）抑制蛋白水解酶的活性，另外，选择合适的缓冲溶液稳定蛋白溶液的pH值及离子强度，添加DNA酶降低核酸的粘稠度。
2、包涵体洗涤
包涵体常用的洗涤试剂：中性去垢剂和还原剂。在包涵体表面吸附着大量的不溶性蛋白，内部成分除了含有重组蛋白，还含有RNA聚合酶、外膜蛋白等杂蛋白，DNA、RNA核酸片段，多糖，脂类等。通过包涵体的洗涤能够除去一些影响重组蛋白活性的杂蛋白，例如，大肠杆菌外膜蛋白OmpT在8 mol/L的尿素中具有蛋白水解酶的活性，可能在包涵体的溶解中降解重组蛋白。
常见的中性去垢剂：Triton X-100，SDS，CTAB，Tween-20，脱氧胆酸盐等，溶解能力比变性剂更加温和。
还原剂：0.1-5 mM β-巯基乙醇，二硫苏糖醇，谷胱甘肽等，对于含有半胱氨酸的重组蛋白，还原剂的使用非常重要。
3、包涵体的溶解
变性剂盐酸胍/尿素是包涵体溶解常用的试剂，使蛋白质的氢键发生可逆性的变性作用，破坏蛋白质的折叠。如4-8的尿素，4-6M的盐酸胍；变性剂在溶解包涵体蛋白时，必须事先检测他们和目的蛋白的兼容性，可以利用层析柱法分离溶解蛋白和变性剂，在分离的同时进行纯化和复性。
还原剂的浓度、作用时间、温度、离子强度要影响变性剂的溶解作用，因此在蛋白质变性时可以加入中性去污剂（SDS、CTAB、Tween20等）、还原剂（β-巯基乙醇、DTT、GSH等）。
4、包涵体蛋白复性
溶解后的重组蛋白必须正确的折叠才能复性形成具有功能性的蛋白，去除变性剂是影响蛋白复性的因素之一，另外还需考虑pH值、还原剂的存在，宿主蛋白与重组蛋白之间的浓度比对蛋白复性的影响。
复性的技术有：稀释蛋白溶液到接近中性、逐步透析去除变性剂、柱上复性、凝胶过滤层析。
蛋白复性之后可根据其他纯化蛋白的方法进一步纯化蛋白。
5、包涵体蛋白纯化
复性以后的蛋白纯化方法和可溶性蛋白纯化方法相似，即离子交换层析法、凝胶过滤层析法、亲和层析法、硫酸铵盐析沉淀法等。
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