清初，和硕特蒙古固始汗统治了青海、西康、西藏等广大地区，清政府封固始汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，承认了固始汗对青海等地区的统治。
顺治十三年（1656年），固始汗去世，其子相继继承了固始汗对青海地区的统治，但是权不归一，青海地区陷入混乱。
导火索——罗卜藏丹津叛乱康熙五十三年（1714年），罗卜藏丹津承袭爵位，封为亲王。同时，清政府认为“自西陲用兵以来，青海王、台吉等，俱各效力，应酌加封赏”。
于是郡王戴青和硕齐察罕丹津封为亲王、贝勒额尔得尼厄尔克托克托奈封为郡王、墨尔根戴青拉查卜封为贝勒，青海诸王、台吉都被酌加封赏，并令察罕丹津与罗卜藏丹津共同管理青海右翼，对青海采取“分而治之”的政策。
这些措施进一步削弱了亲王罗卜藏丹津对青海地区的统治，打破了罗卜藏丹津想要恢复先人霸业，统领青海诸部的幻想。
罗卜藏丹津想获得权势的欲望没有得到满足，这些引起了他对清廷的不满。所以，罗卜藏丹津于雍正元年（1723年），即清政府新旧君王更替之际，与部分青海蒙藏势力和各寺喇嘛谋逆，发动叛乱，侵犯南西北各川。
清廷命侍郎常寿前往和解，本想采用和平手段解决，但“罗卜藏丹津并不听常寿之言，欲与戴青和硕齐察罕丹津交战，又冀望汗名号，又私称伊为达赖混（浑）台吉，殊属背逆”。
罗卜藏丹津蛊惑人心，煽动叛乱，并胁迫青海诸台吉听从他的指挥。青海各寺庙喇嘛也受到罗卜藏丹津的蛊惑，纷纷手持兵器，抵抗官兵，随罗卜藏丹津作乱。
在这样的形势下，清廷于十月“授年羹尧为抚远大将军，征调川陕官兵，声罪致讨”，以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务。是年十月军队始出寨，分军于西宁、松潘、甘州等路进剿叛军，一路势如破竹，四个月之后，罗卜藏丹津叛乱被清军镇压。
平定罗卜藏丹津叛乱之后，清政府为了加强对青海地区的统治，采纳了年羹尧提出的“青海善后事宜十二条”，“青海蒙古宜照喀尔喀之例分其旗，分编为佐领，各管各属定有分界，而原属番人，勿许管辖，另行安插，使权不归一，去其羽翼”。
因此清廷命理藩院侍郎鄂赉公同副都统达鼐于雍正三年（1725年）划定游牧地界，分青海蒙古为二十九旗；藏族部落则是划归内地管辖，清查户口，划定地界，令附近道厅及添设卫所官员管辖，结束了和硕特蒙古长期统治青海地区的局面。
清政府于雍正三年“改西宁卫为西宁府，附郭为西宁县，碾伯所为碾伯县隶府，筑大通、永安、白塔三城，设兵分守，置大通卫隶府”。
并任达鼐为第一任西宁办事大臣，正式设立青海办事大臣衙门，驻西宁府。西宁办事大臣的设置改变了青海地区的行政建设，将青海纳入到了清政府统治下。罗卜藏丹津叛乱使清政府意识到了对青海统治的重要性。
所以设置了西宁办事大臣管辖青海事务，因此罗卜藏丹津叛乱是促使西宁办事大臣设置的导火索。
根本原因——强化中央王朝对青海的治理罗卜藏丹津叛乱只是西宁办事大臣设置的导火索，其设置的真正原因是清朝统一全国趋势的推进，强化中央王朝对青海的治理。
清初，和硕特蒙古固始汗早已在青藏地区站稳脚跟，统治青海达数十年之久。而清政府入主中原不久，国家局势并不稳定，各地出现多股反清势力，清廷没有多余的精力和军队对青海和硕特蒙古发动战争，所以清政府在政治上承认了和硕特汗王对青海地区的统治，并与青海和硕特蒙古建立了外交关系。
康熙二十一年（1682年），五世达赖喇嘛罗桑嘉措去世，第巴为揽政教大权，匿不发丧，并与噶尔丹勾结进攻青海，反抗清朝。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹乘蒙古内战，发动叛乱，占领漠北。康熙帝为了确保边疆安定，三次出兵讨伐噶尔丹，康熙三十五年（1696年），清军在昭莫多歼敌数千，击败噶尔丹主力军队，平定了噶尔丹叛乱。
康熙三十七年（1698年），“清朝封达什巴图尔为和硕亲王，其余为多罗贝勒、固山贝子及辅国公等。于是青海和硕特蒙古正式成为清朝的藩属”。
继噶尔丹之后，康熙五十六年（1717年），准噶尔策妄阿喇布坦同样存有侵略野心，趁西藏局势不稳，派兵侵入西藏，发兵叛乱。康熙五十七年，清军出兵西藏，平定了准噶尔叛乱，之后青海蒙古内附。
雍正元年（1723年），罗卜藏丹津发动叛乱，清政府花费不到四个月的时间平定叛乱，此后和硕特蒙古在青藏地区的势力彻底衰弱，清政府乘这一时机接手了对青海和西藏的统治。随后清廷设立了驻藏大臣和西宁办事大臣。
清政府先后平定准噶尔及回疆大小和卓叛乱，统一新疆地区，逐渐完成了统一全国的趋势，西宁办事大臣正是在这一趋势下设置的，达到了安抚青藏地区的需要。
青海所处的地理位置十分重要，其北通甘肃、新疆，南接西康、四川、云南，西毗邻西藏，为“海藏咽喉”之地，地处西北要塞，是清代进军西藏的重要通道，也是清代准噶尔夷使进藏熬茶的必经之路。
无论是在宗教领域，还是地理位置上，青海都有其特殊的地位。《西宁府新志》上记载：“盖宁郡远通强虏，近逼羌戎，为河西之障，河西为河东之障，河东又为关中之障也。”
青海作为西藏的前沿门户，对青海的控制实际上达到了遥控西藏的目的，同时也能防御新疆准噶尔部的侵袭，所以青海一直以来成为了清廷与准噶尔争夺的地区。
早在西宁办事大臣设立前，清廷就曾派遣官员前往青海办理青海事务。到雍正时，正式设立西宁办事大臣管理青海蒙番事务。
西宁办事大臣的设置是清朝统一全国的一个步骤，以平定罗卜藏丹津叛乱为契机，推进了对青海地区的直接统治，将青海纳入到了清政府的行政体系之内。
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