在一次巡查任务中，马克和塔尔玛发现了叛军的秘密隐藏基地。然而因为飞机靠得太近，遭到了叛军基地防御系统的攻击。马克命令塔尔玛迅速返航并呼叫部队前来支援，自己则去破坏叛军的通信装置。本来马克的计划一直都比较顺利，但是却突然收到总部的求助呼叫。似乎总部那边正在遭受某种力量的致命攻击。
当马克返回总部时，这里已经被夷为平地，正规军几乎全军覆没。马克完全无法接受这一事实，叛军何时已经发展到拥有歼灭正规军的实力了？总部幸存者告知马克，叛军的到来完全避开了正规军的雷达系统，神不知鬼不觉的就将坦克部队带到了眼皮子底下。正规军甚至来不得反应已被打得措手不及。塔尔玛、英里和菲奥虽然也参加了战斗，但是面对强烈的炮火攻击，三人似乎也未能幸免，成为失踪人员。
马克有点懵逼了，到底发生了什么事？
另一边，情报部门负责物质配送的“相川留美”居然在叛军的轰炸之下活了下来，而且毫发无伤。这到底得有多少的幸运才能次次化险为夷？在总部被歼灭之后，相川留美发挥了她情报部门独有的能力，为马克提供了一手资料和战略物质，并在马克的授意下重新编制残存的部队。
根据相川留美提供的资料，马克发现了一些端倪。叛军之所以拥有了碾压正规军的实力，或许就是因为他们和一家名为“奥格玛”的公司合作。“奥格玛”公司的首脑就是奥格玛，一个看起来像是“博士”的老头，他的公司为叛军提供了最先进的高科技和资金。而他的目的和动机无人得知，到目前为止并没有关于“奥格玛”公司更深一步的资料。
随着剧情的深入马克先后遇到了塔尔玛、英里和菲奥。铁四角再次重组，成为正规军部队的核心力量。而另一边相川留美将残存的正规军进行了编制，并成立了作战指挥中心，肩负着正规军最后的使命。在深入叛军的基地之后，马克等人发现了叛军基地中竟然拥有大量超越这个时代的科技。这显然不是目前的人类可以达到的技术。难道这也是“奥格玛公司”的杰作？
在相川留美的帮助下，马克等人卷土重来，带上最后的装备冲向叛军的基地。经过连番苦战成功的摧毁了摩登基地。然而对于摩登来说，基地被毁并不代表失败，因为他还有一处秘密的隐藏基地，那里拥有他最后的底牌：Alator（阿拉托尔）。不过，摩登似乎并不知道“Alator（阿拉托尔）”的来历。
十年前，正规军在南极发现了一个远古的遗址。其中有一个奇怪的机器，也就是后来被命名为：Alator（阿拉托尔）的控制器。当时正规军负责调查此事的正是摩登将军，那时候他还没有叛变。而Alator中存在的信息以人类目前的科技是无法解读的，因此摩登最终无功而返。不过在这个遗址中也发现了不少有价值的信息。在摩登叛变之后，这里被打造成为秘密基地，多年来摩登的人一直都在研究“阿拉托尔”。但始终无法参透，甚至无法进入到核心部位。
基地被毁之后，摩登带领奥格玛进入了这个秘密基地。让奥格玛惊喜的是，居然在这里找到了失落多年的文明：阿拉托尔。摩登并不知道，奥格玛拥有启动“阿拉托尔”的能力，因为这台控制器本来就是奥格玛族人的文明。倒霉的摩登再次被盟友背叛，奥格玛在发现“阿拉托尔”后当场反叛，并放狗驱赶了摩登，掌控了整个秘密基地。在剧情中“阿拉托尔”就是古代人用来记录历史的控制器，奥格玛就是来自3亿年前的古代人，也就是“达南族人（全称是：图阿汗.德.达南）”。而“阿拉托尔”正是“达南族”创造的文明，用来开启历史记录器，记录这3亿年的历史演变。
在2亿九千年时，整个“达南族”即将消亡之时，为了让族人可以永远的延续下去。“达南族”制造了历史记录器“鲁格斯”和“夫留”，用来记录未来3亿年历史的演化。而“阿拉托尔”就是历史记录器的控制器。达南族的目的在于选择一条正确的进化之路，这样的话达南族人就永远不会消失。他们穿越到3亿年后翻阅历史记录器，查看这期间生物进化过程是否存在永久性。如果没有的话就再次回到3亿年前，重新开始历史。而每次历史重演的时候，他们只需要在其中投下一个小小的契机，历史就会犹如“蝴蝶效应”一样展开，如果最终生物进化在3亿年后仍然没有终点的话，就说明这次的历史可以作为“达南族人”演化的参考，只要按照相同的历史进程就可以得到相同的结果。
最初的几次历史都比较顺利，然而反复的历史实验让时空扭曲，出现了大量无法预料的事件。达南族也就是在这一段历史中，遗失了控制器“阿拉托尔”。而在经过亿年的沉寂，“阿拉托尔”控制的历史记录器“鲁格斯”、“夫留”居然出现了自我意识，成为拥有无限进化能力的“怪物”。
奥格玛启动了“阿拉托尔”，准备收回历史记录器“鲁格斯”和“夫留”，并抹杀这三亿年的历史记录重新开始。
然而如果重新开始的话，那么这段历史将不复存在，人类的整个进化史都会被抹杀。得知真相的马克四人奋起反抗，这可是关系着整个地球的命运啊！经过艰苦的一战后，正规军勉强击败了历史记录器之一的“鲁格斯”。然而令奥格玛意外的是，另一个历史记录器“夫留”突然吞噬并合并了“鲁格斯”，成为一个巨大的“肉球”，将正规军四人吞噬，而且还在不断进化。
难道这就是进化的最终秘密？
马克开始质疑奥格玛的理论。生命的进化本来就存在无限可能性，为什么要阻止？为什么要改变？顺其自然不是很好吗！达南族最终走向没落，这似乎就已经说明了不会存在永远的种族，只有通过不断的进化才能建立更好的生命秩序。
如果任由历史记录器进化下去，或许整个世界都都会被吞噬。相川留美将她的运气送达给每一位正规军成员，在她的帮助下最新型的Metal Slug直接穿透了肉球来到马克眼前。而另一边发现事态严重的奥格玛，最终选择和正规军一条阵线，希望可以控制“夫留”。
然而似乎一切都太晚了。人类根本无法对这只怪物造成任何伤害。
这，已经不是人类可以抗衡的了。
为了营救正规军成员，相川留美亲自驾驶飞机冲进了肉球。奥格玛望着眼前不断膨胀的“夫留”，此时他才明白马克说得没错，自然进化才是生命的真谛。于是他通过族人的科技将“夫留”短暂的控制住，为正规军创造了逃离的空间。马克劝奥格玛一起走，然而奥格玛不愿放弃属于“达南族”的文明。
随着一阵爆炸，整个基地被夷为平地，“夫留”也彻底消失。奥格玛一族不知所踪。
人类的命运将何去何从？没人知道。进化就是一个取代过程，没有人可以真正的控制万物的生长。
在彩蛋中，完成历史使命的相川留美悄悄的溜出了指挥所，继续履行她的职责，当一名物资配送员。拥有幸运之神眷顾的相川留美，在任何时候都是非常走运的。这一次她又遇到了大难不死的奥格玛，看来奥格玛已经成功的控制了“夫留”，然而他却将历史记录器交给了相川留美。“我们也是一个无法抗拒灭亡的种族啊，希望你们人类可以找到答案。”说完之后奥格玛进入了时空之门。
游戏的最后字幕：历史的长河，生生不息
一切似乎又回到了原点，正规军和叛军的战斗永无止尽。而这段故事仅存于《合金弹头3D》中，并没有被载入正统剧情。
小编的图文主要专注于街机游戏和红白机，希望可以唤起这代人的美好回忆。
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