公元1673年，康熙帝玄烨为了消除“隐患”，下达了撤藩令，具体来说就是将平西王吴三桂、靖南王耿精忠、平南王尚可喜三大藩王撤除，并剥夺他们的权力，统一归朝廷管理。
消息传出，平西王吴三桂第一个坐不住了，他决定先下手为强，起兵反叛。同年11月21日，吴三桂眼看准备的也差不多了，于是派刺客将康熙帝派来“监视”他的云南巡抚朱国治秘密暗杀了，然后正式扯旗造反，他自称“天下都招讨兵马大元帅”，打出的口号也极具感染力，四个字：反清复明。为了证明自己的忠心，吴三桂还做了三个举动，一是改头换面：他令部属全部剪辫蓄发，并且改穿汉服；二是祭奠先皇。他亲自去祭祀以前被他绞死的南明永历帝朱由榔；三是戴孝出征：他令军旗全部用白色，士兵全部戴上白毡帽，为“故明”营造良好的声势。
也正是因为这样，吴三桂的大军出云南后，势如破竹，接连攻克了好几座重镇。此后，吴三桂兵分两路，一路攻四川，一路攻湖南，短短半年时间里，云、贵、川、湘、桂等五省全成了吴三桂麾下的“一亩三分地”。
第二年，另两位藩王尚之信和耿精忠也分别在广州、福州举兵响应，就这样，“三藩之乱”的大格局形成。
形势看似一片大好，但吴三桂却有两大致使弱点，这也为他最终失败埋下了伏笔。一是吴三桂的人品不好。吴三桂原本就是明朝的叛徒和真凶，所以他举事后，大多数百姓都选择冷眼旁观，而没有积极响应和支持。二是吴三桂的眼光不好。吴三桂刚举事时看似兵势强大，但他目光短浅，手下又缺乏能人辅佐，没有乘胜渡江追击，直捣帝都，而是固守荆州、襄阳、武昌、宜昌一线，和清军打僵持战，结果贻误了战机，给了清廷喘息和反击的机会。
年少的康熙却显得很成熟老练，他稳住阵角后，马上上演双管齐下的两步走。
第一步：采取“集中兵力、各个击破”的策略。他把湖南当成重点，集中兵办“大跃进”式的进攻，然后对其他地方则采取“小动作”对付，利用阴谋、阳谋，通过分化、收买、瓦解的办法。很快就取得了良好成效，耿精忠和尚之信两大藩王不久便兵败投降了。不久，西北察哈尔蒙古的叛乱也被平定。清廷度过了亡国的“危险期”。
第二步，采取“运筹帷幄、重用汉将”的方式。康熙一方面让清廷图海、赖塔、杰书、岳乐等悍将挂帅出征，同时，还重用赵良栋、蔡毓荣等能征善战的汉将攻伐湖南吴军。清廷至此开始了“反攻期”。
而这时的吴三桂又出现了三个不利的状况。一是他年过67岁，身体状况也不是很好。二是他因长期被扣押京城的长子吴应熊和孙儿吴世霖被诛杀而意志消沉低下。三是犹柔寡断的吴三桂在失去直捣中原的绝佳机会后，已开始走向穷途末路了。四是急于求成的吴三桂为了过把皇帝瘾，不及待地在衡州登基称帝，定国号周，改年号昭武。而这时他取消了复明口号，完全暴露了他的真识面目，更不得人心，许多将士因此离他而去。士兵士气进一步涣散和低迷。
公元1678年，清军开始进行最后的大反攻，接连在湖南收复了好几座重镇，并逼降了吴军水师将军林兴珠。很快，“大周昭武帝”吴三桂管辖的国土只剩下云、贵两省了。
5个月之后，吴三桂病逝。他死后，由其孙吴世蹯继位，他率残部继续“革命”，但坚持了三年后，清军彻底击溃吴军，攻克了吴军老巢昆明，吴世蹯服毒自尽。
事后，康熙对吴三桂进行了诛灭九族之举。据说，清军为了将吴氏一族斩尽杀绝，不仅在全城大肆搜捕，而且还通令全国，不使一人漏网。
但就是这样，吴家并没有因此就绝后，有一人成了漏网之鱼。这个人就是吴三桂的次子吴应麒。
原来吴三桂有吴应熊、吴应麒两子儿子。吴应熊一直在京当人质，吴三桂起兵选择后，吴应熊被康熙斩立决。而吴应麒则随吴三桂起兵，吴三桂死后，他随继位的侄儿吴世蹯退守昆明。但《清史稿》、《东华录》等史籍中再也没有吴应麒回昆明后的任何记载。
关于吴应麒的最终下落，相传吴应麒随吴世蹯退守昆明后。吴家自知大势已去，为免遭灭族之灾，吴世蹯于是让吴应麒化名潜出昆明城，逃到荒僻的山野间藏匿起来。和吴应麒一起潜逃的还有吴三桂的爱妾陈圆圆。
后来，吴应麒带着陈圆圆等人辗转来到贵州东部岑巩县马家寨，并在隐姓埋名，在那荒山野岭间搭建茅舍，开荒种地，顽强的生存了下来。
300多年后，也就是2010年，有人在岑巩县马家寨发现了吴三桂次子吴应麒的坟墓，同时还发现了陈圆圆墓。专家考证后给出的结果是：吴应麒、陈圆圆墓是康熙年间的古迹，应是真的。
由此可以基本认定，现在马家寨近2000人的吴氏应该都是吴三桂的后裔。
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