公元800年前后，玛雅人放弃了高度发达的文明，大举迁移，他们所创建的每个中心城市也都终止了建造新的建筑，城市在某一天被完全放弃，繁华的大城市变得荒芜，任由热带丛林将它们吞没。关于玛雅文明的消失，世人有着种种的猜测，它的消失和它的崛起一样，充满了神秘的色彩，为世人瞩目。
一种说法是外敌的入侵和战争造成的。在1000多年前的玛雅古代时期，玛雅人生活的区域是由几个强盛的所谓城市政权来统治的。因皇室之间为扩充势力的联姻剧增，皇室世袭开始分裂。一部分皇室后裔离家出走，出外寻找新的领地，一部分则留在家中固守他们的继承人地位。由于贵族阶层的扩大，他们想从其他国家城市掠夺奢侈品和战利品的需求也随之扩大，因此，战争一发不可收拾，贸易开始遭到破坏，大批工匠和农民惨遭杀害。玛雅人之间相互偷袭逐渐演变为无休止的战争，土匪和海盗开始大量毁坏农田、掠夺城市乡村、大批屠杀平民百姓。玛雅民族所剩无几，最后仅存10%左右的居民。
还有一种观点认为是自然灾害造成的灾难，美国斯坦福大学的地球物理学教授阿莫斯.努尔认为古老的特洛伊文明和玛雅文字都毁于自然灾害，而其中地震可能是罪魁祸首。他指出，公元9世纪晚期发生的地震将玛雅文明的两个中心——奇尔里瓜和本克韦埃罗夷为平地，而这又进一步动摇了玛雅帝国统治者的执政基础，使他们在一片混乱中无法控制局面。也就是说，当玛雅社会内部出现问题的时候，地震成了一个导火索，引发社会动荡，并最终将玛雅文明推向灭亡。
对于玛雅文明的突然消亡，还有其他解释。一些学者认为，这可能是因为建于丛林中的玛雅帝国在发现城内粮食供给不继后，选择了一次种族大迁徙，玛雅帝国有之逐渐崩溃。玛雅文明的基础，是一种“刀耕火种“式的农业系统：即在每年12月至来年3月的旱季用来石斧清除一片林地，在雨季来临之前用火烧，然后种植玉米和大豆，秋季收获。开垦的土地在使用几年之后，因肥力的下降和杂草的入侵而被放弃。应该说，这种农业系统在热带地区非常适宜。而且生产力也很稳定。但是因为使用过的土地必须等到地力恢复，丛林再生以后才能再次使用，这段时间一般需要20年或者更长。所以，大片的土地只能维持一小部分人的生活。然而据考古学证据，当时整个玛雅低地丛林中生活的人口最高可能接近500万，而今天这志人土地却仅生活着几十万人。如此庞大的人口对其生存的土地来说，很明显不可能靠“刀耕火种“式的农业系统来维持。公元800，食品的生产开始下降，墓葬发掘显示出婴儿和妇女因营养不良而大量死亡。随之而来的是统治者和军队加重对农民的剥削，并频繁发动城市之间的战争。在这种情况下，玛雅人为了生存，只能选择迁徙。
玛雅石碑
还有较多的学者认为，随着海上运输的发展，内河水上贸易被海上贸易所取代，于是处于密林深处同河流相连、靠内河贸易为生的玛雅城市失去了存在的依托，导致玛雅社会的瓦解。
在近年来对玛雅木乃伊所做的医学方面的检查，说明很多玛雅城市莫名其妙地衰落下去的原因，很可能和疾病——特别是花柳病的蔓延有关。我们知道，把梅毒带进旧大陆，是阿芝克人和印加人对西班牙人的报复。这种新兴的疾病和几世纪前横行一时的黑死病一样，使死亡席卷了欧洲和亚洲。的确，在公元700年至公元1000年间托尔忒克和阿芝克与玛雅人接触时，也正是大部分玛雅城市莫名其妙地被废弃的时期。一些美国的科学家推断说，玛雅文明遭受毁灭的原因就是花柳病，因为玛雅人对这种病毒没有免疫力。
能源匮乏也是一些专家猜测玛雅文明消失的原因。据推测，玛雅人那个年代还没有电力作为能源，也不可能用煤炭或石油作燃料，也没发现用风作能源或动力的迹象，只能认为是可能依靠太阳的热能为他们的生活服务。然而，从他们残留的遗址中表明，仅仅依靠太阳热量作为生活服务的能源供应显然捉襟见肘。而随着人口的急剧增加和各项工程的不断建设，能源折匮乏更是一件急需解决的问题。在丛林中那么狭小的地区，养活几十万的人口，建设各项浩大的工程，显然能源达不到要求。久而久之，能源匮乏也将产生“穷则思变”的想法。那么，玛雅人的头领也可能因为能源的严重供不应求而寻求移民的措施。
玛雅人的雕像
最大胆的一种猜测是，玛雅人来自宇宙中另一个具有高度发达文明的星球，玛雅文明的崩溃，是由于作为他们中转站的太阳系X行星的爆炸毁灭而引起的。
这种种猜测都没有得到证实，但是毕竟玛雅文明还是消失在了茫茫丛林中，直到西班牙人带着枪炮踏上这片神奇的土地。
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