以鞭毛运动的单细胞生物进化出了原生生物的几个类群，它们中的某些没有亲缘关系，但是在这一进化枝中占据重要地位。
鞭毛虫以一根或多根鞭状线体快速游动，多以更小的生物为食，如细菌。然而，与多变的变形虫不同，这些鞭毛虫的外形是固定不变的，其摄取的食物流入鞭毛基部的“胞口”中。值得注意的是，有些鞭毛虫，如眼虫，具有行为多样性，它们可以根据不同的环境进行植物性或动物性营养方式。当处于光亮的条件下，这些生物能进行光合作用；而在黑暗的条件下，它们吸收光的细胞组织——叶绿体会萎缩，就转而捕食其他生物。
生活在动物体内该类群的大部分鞭毛虫缺乏一般的、可进行呼吸作用的细胞结构，只能生活在动物肠道缺氧的环境中。许多鞭毛虫专门寄生在昆虫的腹腔中，以腹腔中被部分消化的食物为食，但不会对它们的宿主造成危害。还有一些寄生性鞭毛虫，会使包括人在内的动物患上致命性的疾病。其中一种臭名昭著的鞭毛虫——锥体虫——通过昆虫叮咬传播，是导致热带地区昏睡病和黑热病的罪魁祸首。
绿眼虫——50μm
绿眼虫是一种导致水华现象的常见生物，这种能自由运动的鞭毛虫具有一层柔韧的细胞壁。纤细眼虫——小眼虫——35-55μm
这种眼虫具有一根鞭毛，相互之间聚集在一起，形成凝胶状的黏液。易变眼虫——50μm
易变眼虫通常比较长，有点像虫子，可以改变身体的形状。卜J广THJ//眼虫属中的一些种具有鞭毛，其他则没有。雅氏巴哈马虫——10μm
该鞭毛虫生活在海底沉积物中，以碎屑为食。它的两根鞭毛中的一根能藏在摄食口中。兰伯士贾第虫——9-21μm
兰伯士贾第虫又被称为肠炎胎弧菌，这种肠道寄生虫会导致贾第虫病。它们寄生在宿主体内前，呈休眠包囊状，具有一对细胞核。热带利什曼原虫——10-20μm
热带利什曼原虫通过白蛉传播，该寄生虫会导致皮肤利什曼病。这种皮肤病每年在全世界感染人数超过100万。白蚁鞭毛虫——锥体毛滴虫——16μm
白蚁鞭毛虫寄生在白蚁的肠道中，帮助白蚁消化木屑。它们一端具有4根鞭毛，第5根鞭毛在身体四周摆动。螺纹眼虫——125-130μm
眼虫属的这种绿色或棕黄色眼虫具两根鞭毛、外壳上布满了一排排的疣突。布氏锥体虫——18-29μm
布氏锥体虫会导致睡眠病或者锥体虫病，通过采采蝇的叮咬在脊椎动物中传播。
讨论——细胞结构趋向简单的进化方式大多数原生生物以线粒体进行有氧呼吸，白蚁肠道中的鞭毛虫缺乏线粒体结构。有些学者认为，这些缺乏线粒体的鞭毛虫是最初的原生生物。也有学者认为，它们是更高级的生物，在进化的过程中，由于长期生活在缺氧的环境中，导致其细胞内的线粒体逐渐消失。
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