循环水系统通过管道、换热器、冷却塔填料及配水管道系统所提供的大量表面积，给大量微生物、藻类的生长提供了良好的栖息地，有效地促进了微生物、藻类的生长，微生物、藻类会在循环冷却水系统中形成生物粘泥，对循环水系统管道、设备产生腐蚀，影响冷却塔的效率，降低热交换设备的热传导率，堵塞换热器管束，另外对水处理药剂也会产生影响。微生物、藻类滋长给循环水系统带来极大危害，所以控制微生物、藻类对循环水系统十分重要。
循环水系统在夏季时是出现菌类大量繁殖的情况最为严重的时期，滋生大量生物粘泥，凉水塔壁、填料表面均附着有青苔、绿藻和一系列絮状、条状物。循环水的浊度、化学需氧量及设备腐蚀速率升高，导致这些问题的根本原因是微生物、藻类的大量繁殖。目前针对循环水系统出现的问题。通过多年的经验及循环水处理工程师交流，根据循环水系统补充水的特点，总结了循环冷却水的最有效的处理技术有以下几种：
1、投加阻垢剂：在循环水中投加阻垢剂，破坏CaCO3的结晶增长过程，以达到控制水垢形成的目的。目前常用的阻垢剂有聚磷酸盐、有机多元膦酸、有机磷酸脂、聚丙烯酸盐等，这也是目前应用最广的控制水垢的方法。
2、增加旁滤设备：如果在系统中增设旁滤设备，控制好旁流量和进、出旁流设备的浊度，就可保持系统长时间运行下的浊度在控制指标内，减少污垢形成。
3、高能物理水处理装置：它是通过物理磁场和电场结合的方式，不用添加任何化学药剂，即可达到污垢防垢、有垢除垢、杀菌灭藻等多重功效，也可根据客户要求（结合水质、流量、压力、管径等参数）量身定制， 在对企业现行的循环水管理保持不变的情况下，对现有循环水系统进行技术改造，安装简便，无任何运行成本，无须人工操作，运行和维护费用低，完全可以在十年左右的时间里实现循环水的零动能、零污染、零排放的多重效果。
4、循环水处理仪：它是以电化学的电解原理和极性水分子理论为基础发展起来的环保新技术，具有除垢、防垢、缓蚀等功能，可以吸附循环水中的水垢、降低盐类离子浓度、降解有机物质，大大降低了系统的盐含量、硬度，提高浓缩倍数。而且运行过程中没有添加药剂，不会造成其他的污染，很容易处理。
通过对循环水处理使用的客户统计，采用以上几种方法后，整个循环水系统异样菌总数、化学耗氧量等指标均能控制在较低水平，水质清澈干净，凉水塔塔壁干干净净，没有藻类生长，循环水系统水质各项指标控制非常好，腐蚀速率和粘附速率远远低于控制指标，有效地控制了系统中微生物、藻类的繁殖，收到了较好的效果。
