KOF99赛场外
“师傅，是你吗?”自从KOF97三神器封印大蛇之后，草薙京便失踪了。如今站在矢吹真吾面前这个穿着带有烈焰标志的草薙京改装校服长相跟草薙京一模一样，眼神却有些空洞的人不禁让真吾又兴奋又迷茫。
“师傅，说话啊，我是真吾啊!”徒弟的话音未落，只见大蛇薙的烈焰已经袭来。眼看烈焰就要将真吾吞噬时，一个身影挡在了真吾面前硬吃下了这一必杀技，他就是八神庵。
“嘁!真弱啊!去死吧，你这个冒牌货!”草薙京的必杀技打在八神庵身上没有任何的效果换来的只是八神庵一句冷嘲，接着八神庵回敬了一个八稚女将这个冒牌草薙京撕得粉碎。
冒牌货，草薙京本人去了哪里?真吾和八神庵都说不准，真吾相信真正的师傅是不会如此轻易被八神庵撕碎。“京!不管你躲到了哪里，我都会找到并亲手宰了你的。”八神庵也随之离去。
与此同时哈迪兰的指挥基地
“哈迪兰上校，NESTS的秘密资料破译完毕现在发送给您，克拉克、拉尔夫和我以KOF99参赛者的身份去调查NESTS的中层干部古利查力度。”
哈迪兰看着资料喃喃自语“草薙京被他们绑架了，NESTS打算用草薙京的血液建造一支强大的克隆人军团。这个阴谋必须阻止!”
在众多格斗家的努力之下成功瓦解了古利查力度的克隆基地，但是并没有发现草薙京的下落。
KOF99结束，哈迪兰与凌先生计划举办一场格斗大赛KOF2000来查出NESTS的老巢，可谁知凌先生早已被NESTS高管ZERO杀害，并安排了克隆替身执行零式加农炮的计划，吸收格斗家的力量进行毁灭性打击。这一场KOF2000成为了一场阴谋的载体。
在众格斗家一步步胜出面对ZERO本人时，“ZERRO大人，他逃跑了。”ZERO淡定的回复“一个不能使出无式的废物叛徒，随他去吧。按原计划执行”ZERO低估了格斗家们的实力惨遭败北，躺在地上等待死亡的他面前出现了一个身影。
白色开襟夹克、内着黑色长衫白色双条十字架花纹，下身牛仔裤。“把偷取我的力量还给我!”
ZERO冷笑道“还?你的力量早就注入了零式加农炮。”
“开什么玩笑混蛋!”
“你能拿我怎么样?我已经是快死的人了。说到这里，好像有人在等着你呢。”
白衣男子转身，站在他面前充满杀气的人微微笑了下“终于找到你了!”
白衣男子回道“说的是啊，好久不见。我也很期待呢，八神庵!”
“来吧，真正的草薙京!战个痛快吧!”
数月后，“真吾哥哥，再给我讲讲京前辈的故事吧。”大门五郎的孩子缠着真吾。
“我师父啊，你知道他为什么穿那套白衣服么?”孩子摇摇头。
真吾看了看周围，悄悄对孩子说：“他从NESTS基地醒来的时候，光着屁股呐。逃跑的时候顺路顺的一套NESTS基地里的衣服，没付过钱哦”
哈哈哈哈!两人笑成一团，此时草薙京路过，孩子天真的问“京前辈，真吾哥哥说你的衣服是偷的，是真的吗?”
“啊~~~~~~~~呼啦伊拉咧!(大蛇薙必杀技配音)”
“救命啊!!!师傅不要啊!!!!!!!!!!!!”
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