中国近世哲学可以分为两个部分来讨论，一是理学时期，公元1050-1600年。二反理学时期，公元1600-晚清。
理学的实质是什么？所谓的理学，不过是禅宗、道家、道教、儒教各种思想潮流的混合品，但是他们却挂着儒家的名号。其理论之中，先天太极等是道教的东西，心性之说是佛教的内容，灾异感应论是汉代儒教的遗产。
理学大师改造了古代道家的自然主义“天道观”，他们把客观存在的“天道”改造为心可感知的“天理”。程颢认为，把“体认天理”确定为人生的最高境界。程颖则确立了“涵养须用敬，进学则在致知”两条学问路线。
“敬”是带有宗教性的东西，凡静坐、省察、禁欲等等都是“敬”的具体功夫。而“致知”是宋儒结合《大学》做出来的新道路，只有“格物”才能“致知”，宋儒认为所谓的“格物”就是“穷理”。程颖给出来的具体方法是“今日格一物，明日又格一物；今日穷一理，明日又穷一理”。
后来有些自认为天赋异禀的人物，他们讨厌这种日积月累的“格物”，受到禅宗顿悟思想的影响，认为找到了“体认天理”的捷径。宋代的陆象山、明代的王阳明都属于这一派的。有的人自认为愚钝，便耐心性子来日积月累的下功夫，最后追求一个“豁达贯通”的境界，宋代的朱熹就是这一派的。
王阳明走上心性学说的道路，是有历史根源的。他年轻的时候，也曾信奉程子的主张，跑到亭前“格竹子”，竭尽心思终究看不出来什么“天理”来，以至于劳神成疾。因为没有科学的工具和理论指导，无非对具体事物进行科学研究，别破向“一朝顿悟”的路子靠拢。
再看朱熹这一派，同样面临着不知道具体如何“格物”的问题，于是朱熹下功夫去“格古书”，毕竟经过汉儒到唐宋的积累，格书是有系统的方法的。反对朱熹的人，往往说他们支离破碎，不大道之贯通。我们今天观《朱子语录》却是很破碎，基本上没有系统地讨论过问题，中心思想比《论语》还有零散。
五百多年的理学，始终没有解决“方法论”这个问题，一派别批评成了空虚玄谈之流，一派被批评成了支离破碎的迂儒。这两派都无法解现实的社会问题，于是在政府腐败、盗贼横行、外族入侵的背景下，有责任心的读书人掀起了浩浩荡荡发反理学运动。
黄宗炎、毛奇龄等人是要打破太极图、河图、洛书等迷信理学；费迷、颜元等人是要打破空谈心性，不务实事的玄谈理学；戴震、袁枚等是要打破一切武断的、没有切实依据的人生观。这些人的“反动”建立起一套科学的学问方法，建立起来一套新的，具有客观意义的人生哲学。经学方面用考证的方法取代了主观臆断，治术方面用务实的态度取代了玄虚空谈，他们代表了古代哲学的新发展。
清儒盘点了儒家的学术系统，他们认为很多宋儒表彰的东西，原本不属于儒家学问，甚至不属于古人传承下来的学问，而是宋儒妄自杜撰的。这些邪说，有悖于圣人之道，必须严厉的批评。李塨在跟颜元的书信中，提到了宋儒八罪：
（1）《太极图》。
（2）伪传《河图》、《洛书》。
（3）静坐。
（4）教人以性为先。
（5）朱子凭虚臆造：“小学学其事，大学明其理”之说。遍考三代教法皆无之。
（6）致良知。
（7）立道学名，但取注经讲性天者为道学。
（8）立书院，专以读书为事。
六经六艺中都不曾提及过“太极”两个字，到了北宋有人画了张阴阳鱼图，周敦颐二百多字的《太极图说》就取代了《易传》里面的儒家正统宇宙观。这是很了不得的变化，信奉太极生两仪的，那都是道教派系的儒家，而不是正统的儒家。正统的儒家是信奉“天命”的。
《河图》《洛书》是系统的造假弄出来的，翻遍史料也无法证明孔孟见过他。汉儒只知道有图谶，却不知道《河洛》是《周易》的起源。宋儒有五行学术数派的，勾画了易图，朱熹认定了它就是失传已久的《河图洛书》。这纯粹是主观上的武断论述。要知道儒家的圣人，都是视阴阳术数为异端的。
静坐、以性为先。这些纯粹是禅宗的功夫。孔子虽然终身不得志，但终究是个务实的人。孟子虽然谈人性，但也没有陷入空谈心性，不务实事。儒术本是经世致用之学，到了宋代跟魏晋南北朝的玄学走了同样的路子。一些儒生跟禅宗和尚，打禅机，斗玄说。这是有悖于圣人之道的。
朱熹引发了务实重要？还是务虚重要？的大讨论。大学在于明理，这是把人往务虚上面引导。圣人都是靠干实事，才能有圣功、圣名。王阳明的致良知，压根不是孟子的“良知良能”，而是禅宗的“致吾心”。这些人的共同毛病就是，借助古代圣贤传承下来的经典，把自己所感染的禅宗、玄学习气，强注于经典之中。直接导致圣人之到，散寄于天下。禅宗之说，道教之论，充斥于儒家经典。清儒认为这是要不得的，这是把异端当正统。颜元说：必破一分程朱，始入一分孔孟。
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