宋慈，字惠父，福建建阳童游人（今属福建南平），生于宋孝宗淳熙十三年（1186年），是唐朝著名宰相宋璟的后代。宋璟的四世孙从邢台（今河北邢台县西南）迁至睦州（今浙江建德县）。又经历三代，宋璟的七世孙宋世卿担任建阳县长（县丞），死于任上，于是他的后代定居在此。他的曾祖叫宋安，祖父叫宋华。
宋慈的父亲宋巩公元1147年出生，字宜卿，生性聪慧，读书的时候不拘泥于字句的解释，公元1214年，宋巩通过特设考试（特科）考试（按万历《建阳县志》第五卷《选举志·甲科》），与参加同场考试的年轻人相比，他的文采更为优秀，因此成为进士，被授予候补官员（承事郎）。稍后，担任广州副州长（通判）或者广州军政长官（节度使）清廉干练受到民众称赞。后来辞职，闲游山林，公元1219年病逝，享年73岁。
宋慈出生于公元1186年，那一年他的父亲宋巩已经39岁，属于晚年得子。宋慈年轻的时候便出类拔萃，耸秀轩豁，曾拜朱熹的弟子吴雉为师，并且参考朱熹其他弟子诸如杨方、黄干、李方子以及蔡渊、蔡沉的学说，学习孜孜不倦，能将各家学说融会贯通起来。进入皇家学院（太学）之后，真德秀观看了他的文章，评价他的文章说儒学已经成为他的血脉，于是收他为弟子。1217年的科考中，宋慈在南宫考试的赋科考了第三名，并中了当年的进士第二等（乙科）。公元1219年，被任命为鄞县副县长（县尉） ，还没来得及上任，父亲去世，宋慈只好回家守丧。公元1226年，宋慈出任江西信丰县办事员（主薄）。1224年，赣州州长（知州）郑性之将他招为幕僚，对他多为帮助。
任期结束以后，南安军中发生三峒叛乱，摧毁了两县和两寨（两县具体不知何指，两寨当为石门寨和高平寨），以南雄、赣州、南安三郡为中心的数百里的地区都被叛军攻占。江西司法官（提刑）叶宰认为之前招安决定是严重失误，决定彻底消灭叛军，于是创建节制司，任命宋慈为机要秘书（准遣）。在宋慈前往南安之前，他的好友诗人刘克庄为他写下《满江红·送宋惠父入江西幕》，劝他不要多加杀戮：“满腹诗书，余事到、穰苴兵法。新受了、乌公书币，著鞭垂发。黄纸红旗喧道路，黑风青草空巢穴。向幼安、宣子顶头行，方奇特。 溪峒事，听侬说。龚遂外，无长策。便献俘非勇，纳降非怯。帐下健儿休尽锐，草间赤子俱求活。到崆峒、快寄凯歌来，宽离别。”幼安是辛弃疾的字，宣子是王佐的字，这两位都是文人从军的典型，刘克庄以此鼓励他建功立业。
当时副总指挥（都统）陈世雄手握大军却不进兵，宋慈立即奔赴山前，先赈济六堡的饥民，让他们不参与三峒叛乱。继而率兵三百，并向部队总长（隅总）提议攻占石门寨，俘虏敌方首脑。陈世雄以此为耻，逼迫部下冒进，敌人设下陷阱诱惑陈世雄，士兵和军官死亡的有十分之二。陈世雄逃往赣州，敌人更加猖獗，三个军区（路）大为震惊。宋慈向叶宰报告，想继续使用之前赈济六堡的方法，最后意见转达至后勤部（文仓司，又名提举常平司）长官魏大有手中，魏大有将报告放置一旁，听说宋慈是提议人，对此深为痛恨。宋慈率领义务士兵（义兵）拼命战斗，最终攻陷高平寨，捉到谢宝崇以及大胜峒的曾志等人，都是叛军的重要领袖。三峒之乱评定后，幕府向上请功，将宋慈特别奖擢升为官员（改合入官，宋慈的原来身份为吏员，即官僚协助官，按照宋朝的制度，不能担任正式官员，改合入官之后，宋慈便有了成为官员的机会）。叶宰离职后，魏大有曾当庭羞辱宋慈，宋慈没有屈服，拂衣而去，对别人说：“这个人狠心又固执，一定会有灾难降临他身上。”魏大有大怒，多次弹劾宋慈，宋慈因此罢官归家。不久，魏大有为士兵朱先所杀。
福建地区汀州（今福建省龙岩市及三明市的部分地带）、剑州（今福建南平）、邵武军（治所在今福建邵武）出现叛军，皇帝下令升任陈韡为招捕使，真德秀给陈韡写了一封信，说宋慈可以重用，于是，陈韡上奏洗刷了宋慈以前的冤枉，恢复了原来的品秩，传命宋慈与李华一同商议军事。主将王祖忠率领淮西军抵达福建，认为宋慈不过是个书生，假意和宋慈约定分兵前进，约定日期在老虎寨会师。
王祖忠和李华全从别从明溪（今福建省三明市明溪县）、柳杨（今属福建省三明市宁化县）出兵，宋慈率领一支孤军从竹洲（今属福建省南平市）出兵（从地图上看，明溪和柳杨都今在福建省西部，且相互毗邻，方便接应，而宋慈所处竹洲则在今福建省北部，与二人所处地域较远，不方便接应，故称为“孤军”），边打边走行进了三百多里，最终如期在老虎寨会师，王祖忠惊叹道：“您的智慧与勇敢超越了武将。”从此有关军事方面的事多向宋慈征询意见。当时敌方首领成犄角之势相互救援，而宋军主将却不和睦。宋慈对外抵抗强敌，对内调和鼎鼐，先统一计策，然后作战，每战都能获胜。他率军直取招贤、招德等地，擒获王朝茂，收服邵武军。杀掉严潮，降服王从甫，与李华一同进驻潭州飞漈，敌人盘踞数百年的巢穴为之一空。只有敌方首领邱文通和他的重要幕僚吴叔夏、刘谦子逃往石城的平固，宋慈和偏将李大声迅速奔驰，救援平固，抓住三人返回招德。敌方首领徐友文打算在途中解救三人，宋慈将徐友文擒获后一并献上，重要的叛军首领没有一人漏网。
汀州士兵囚禁州长（知州）陈孝严，据城抵抗。陈韡传令让宋慈和李华共同处理。宋慈、李华赶到汀州，先进行防守，暗中写下招安文书（旗榜）。宋慈与李华一同坐在堂下，命令州中的士兵来支取赏赐，士兵们都带着兵器前来。李华变了脸色，宋慈面色如常，下命杀了七个参与叛乱的主犯，同时出示招安文书，宽恕了从犯，众人都不敢对此表达不满。陈韡认为宋慈有奇才，便推荐他作长汀县长。
过去运送福建地区的盐过了一年才能到，办事人员减少盐的重量，民众也为这种多出的收取感到负担。宋慈请求改在潮州运输，往返只需要三月。又将盐减价出售，官民都觉得方便。公元1235年，朝廷派出两员重臣巡视军队，曾从龙视察江淮地区，魏了翁视察荆襄地区。曾从龙将宋慈征召为自己的幕僚，但宋慈还没有入职曾从龙便去世了。朝廷下命，命魏了翁兼任该职，魏了翁送信和钱物给宋慈，双方都很高兴。魏了翁常说：“全赖有这个幕僚”，最后向魏了翁请辞回家，魏了翁为他发放路费计黄金五十星（按：按照字义，“星”应该为钱的量词，有分、厘、毫、星、忽，星为千分之一分，五十星只是二百分之一分的黄金，不知何以如此之少？但古人时常以此数形容钱多，如金代董解元《西厢记诸宫调》卷一：“生曰：‘有白金五十星，聊充讲下二茶之费”又兰陵笑笑生《金瓶梅》第七十三回：“盒内封着五封分资：周守备、荆都监、张团练、刘薛二内相，每人五十星，组帕二方”，似不应为一小数，完全不懂，求教方家）。不久改任邵武军监察官（通判），治理郡县在多年之后还被民众想念，随后又改任南辕剑州监察官（通判）。
李宗勉升任主管粮食部门的首长（天府），掌管各地粮食局（料院）。浙西闹了饥荒，一斗米卖到一万钱，毗陵地区长官（太守）改任，李宗勉提名宋慈担任毗陵长官。宋慈抵达毗陵后询问当地情况，感叹道：“郡官是当不得的，我现在知道的太晚了！豪门大族在灾难来临之际离开原籍逃避贼寇，到最后又不卖粮食以哄抬粮价、牟取暴利，我应该替百姓好好谋划此事。”命令使者按照《诉旱状》，核实各大户应该缴纳的粮食情况，对这些大户待之以礼，号召他们拿出米来赈灾。并 将这些民众分为五等，第一等的大户粮食捐献一半，另一半卖出；第二等只卖粮食，不必捐献；第三等既不捐献也不出卖，第四等自己买一半由政府救济一半，第五等完全由政府救济。米由政府承担，民众都遵从命令。又几次请求朝廷蠲免税收、开仓赈灾，朝廷下令将租税降低一半。第二年大旱，经过祈祷而下雨。等到宋慈离开毗陵的时候，毗陵有余粮三十多斛，钱二十万串，纸币四十万。
升任农业部部长（司农丞），赣州州长（知州）。当地让一位高官将宋慈收为同党，宋慈没有接受，被弹劾免职，后来该高官果然以依附之罪被贬谪。后来被起用蕲州长官，担任广东司法官（广东提刑）一职。名义上统帅摧锋军，实际上摧锋军根本不听他的指挥。宋慈请求在危急时刻调遣摧锋军，得到了摧锋军长官的允许。南方办事员多行不法之事，有的案子拖了几年都没能结案。宋慈定下规章，限期审阅，八个月的时间里处决了二百多桩死刑案件，并在部内按时限进行工作。他洗刷冤案，禁止暴力。
公元1244年，移任江西司法官，赣州农民在农闲时就携带兵器，在福建广东一带贩盐，号称“盐子”，所到之处，一路劫掠，沿途州县兵力薄弱，所以也不敢对他们怎么样。宋慈让百姓住在一起相互作保，控制他们的出入，使奸徒无处容身。最初执行的时候，民众还有持不同意见的，等到盐子被荡平，大家才开始对宋慈心服。监察官员（台谏官）上奏把宋慈的办法下发给浙南各行政区，成为定法。
兼任赣州州长（知州），旴河地区发生盗贼叛乱，监察官员将此归咎于宋慈的相互作保之法，朝廷有为宋慈辩护的，双方争执不下。公元1246年，游似被授为丞相，任命宋慈为广西司法官，宋慈在部内巡视，所到之处平反冤案禁止暴行，即使是环境恶劣贫瘠的地方，宋慈也必然亲自走一走。又升任直秘阁，担任湖南司法官，上书陈述有关大理各少数民族的事情。皇帝任命陈韡为湖南军事长官（安抚大使）并处置广西事物。陈韡征召宋慈作为幕僚，事无大小都和他商量，然后再施行。并将宋慈手写的有关岭外事务的奏章上报给皇帝，皇帝赵昀批复：“宋某所上奏的意见，确实可用。如果他能全心全意辅佐你，保护治理南部疆域，那时再奖励、擢升他也不晚。”
鬼国和南丹州争夺金矿，南丹州称蒙古军队逼近边境，希望朝廷出兵。宋慈对陈韡说：“蒙古军队不可能直接越过大理、特摩两国，直捣南丹”，不久证明宋慈的猜测是正确的。朝廷加封他宝谟阁高级学问官（直学士），出使四路，都是司法有关的职务。他处理案件公正果断，对待善良之人好为安抚，对待作恶的权贵十分威严，从他的附属官吏以至偏僻陋巷、深山之中的百姓，都觉得宋慈就在自己面前一样。
公元1249年，宋慈升任焕章阁高级学问官（直学士）、广州州长兼任广东军事长官（经略安抚使）。执政期间只顾大局，而宽恕末节，恩威并用。开设办公处两个月后，忽然感到四肢不协，但仍然亲自处理政务。州立学校举行祭祀孔丘的礼仪（释菜），属下请求宋慈让其他官员代为行礼，宋慈却毅然前往。从此之后身体愈发不适，公元1249年4月21日（三月七日）在任内去世，享年64岁，被朝廷追封为高级政务官（朝议大夫），皇帝赵昀在宋慈的墓门上亲自题字以旌表他的功绩。
公元1250年8月14日（七月十五日）宋慈被葬于崇乐里的张墓窠。先后娶过两位正房太太，头一位姓余，第二位姓连。有三个儿子，分别为：宋国宝、宋国子、宋秉孙。宋国宝和宋国子都是州县高级知识分子（乡贡进士）。宋秉孙，字彝父，博学多闻。公元1244年考中进士，最初担任建宁县长，当时县内歉收，宋秉孙尽力赈灾。县城破败，宋秉孙选地重建，后来担任本郡的副郡长（通判），又拨多出的盐钱买田为修缮费。最后官至高级政务官（朝奉大夫），国家档案馆馆长（尚书省主管架阁文字）。元朝建立后不再当官，以吟咏自娱，最后在加重趋势。
宋慈还有两个女儿名叫宋学美和宋济美，大女儿嫁给候补官员（将仕郎）梁新德，小女儿嫁给候补官员吴子勤。宋慈的三个孙子：宋宪、宋焘、宋湘，都是候补官员。
宋慈博览群书，擅长辞令，写作时能洋洋数千言，文采卓绝酣畅淋漓。为人廉洁有威信，但并不恃才傲物。哪怕看到晚辈们有一点长处，他就立刻提出表扬或对该人提拔。经常诵读诸葛亮的话说：“治世以大德，不以小惠。”他的志趣就像这样。宋慈生性没有其他嗜好，只喜欢收藏孤本书籍和名人书法，不喜欢在饮食上和穿着上多费钱财，晚年尤其谦逊，自谦他的屋子为“自牧”。
宋慈，从师于朱熹的高足吴稚，也受教于黄干、杨方、蔡渊、蔡沉、李方子等人。开禧元年（1205年），宋慈入太学学习，师从真德秀；嘉定十年（1217年），宋慈登第，后因父病待阙，又因父丧丁忧，一直未任官。宝庆三年（1227年），宋慈赴赣州的信丰任主簿，刘克庄送别。淳祐二年（1242年）到淳祐九年（1249年）的七年时间，宋慈四任提刑官，辗转广东、江西、广西、湖南，积累了丰富的检验和断案的经验，在此期间，宋慈撰成《洗冤集录》一书。
《洗冤集录》是世界上最早的法医学专著。在成书两百年后陆续传到朝鲜、日本，至近代传入荷、法、德、英、俄等国，他比意大利人佛图纳图·菲得利写成于公元1602年的同类著作要早350多年，该书成为世界法医学发展的一块基石，奠定了宋慈在世界法医学史上的鼻祖地位。
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