金庸武侠小说《射雕英雄传》中是以华山论剑为开端的，当年华山五绝齐聚华山，为的就是争夺九阴真经，最后王重阳夺得这本秘籍，但是王重阳获得以后，并没有修炼这套武功，可能也是为了平息江湖纷争，但是后来王重阳修炼了部分九阴真经，因为王重阳的老对头林超英的武功很厉害，王重阳为了破解林超英的玉女心经，看了九阴真经，并从中得到了启发，破解了玉女心经。
后来周伯通、洪七公、欧阳锋、一灯大师都修炼了这套武功，周伯通将九阴真经背诵了下来，但是没有修炼，因为王重阳在死前特别强调不可以修炼这套武功，洪七公修炼的是九阴真经的疗伤篇，当年被欧阳锋偷袭导致武功尽失，一灯大师也得到了部分的九阴真经，欧阳锋一直都想要得到这本秘籍，后来逆练了九阴真经，虽然经脉错乱，但是武功大增，根据他们几个人来看，九阴真经确实是一套高深的武功。
九阴真经在《射雕英雄传》中引起了不小的反响，就连郭靖都将这套武功倒背如流，但是为什么到了《神雕侠侣》时期，九阴真经的威力和名声已经很小了，不仅如此，还出现了其他武功，就连郭靖的身份都发生了变化。
郭靖当年修炼《九阴真经》以后，为自己的武功打下了夯实的基础，快速提高了自己的内力，武功实力也大大增加，还将自己的伤治好，不仅如此，最后还解出了关于九阴真经的秘密，郭靖还帮助一灯大师和洪七公打通了全身的经脉，可见九阴真经确实了不得。
后来欧阳锋逼迫郭靖写出《九阴真经》，还让郭靖用《九阴真经》学到的武功与他进行对决，当然这也是为什么郭靖能成为第二次华山论剑的天下五绝之一，郭靖还能够与洪七公和黄药师对战三百多招，郭靖从一个傻小子变成了一个武功高强的人物，这中间和《九阴真经》有很大的关系。
九阴真经在《射雕英雄传》中最具代表的一个人物就是郭靖，但是到了神雕江湖中，主角变成了杨过，郭靖也成为了一个守护襄阳城的将领，杨过带有主角光环，为了能够彰显杨过的魅力，金庸先生不能继续将九阴真经作为一套厉害的武功，所以在神雕江湖中又出现了很多神秘的色彩。
譬如杨过修炼了独孤求败的独孤九剑，在海边还自创了黯然销魂掌，还有金轮法王这样的反派人物，他还将龙象般若功修炼到了第九层，在神雕江湖中，各种武功层出不穷，还有小龙女古墓派的武功，郭靖已经不再是这部小说中的重点，可以说他已经不是一线的人物了，这也是为什么九阴真经很少被人提起，但是九阴真经仍然是武学界的百科全书，它的威力仍然不容小视，只是到了神雕江湖以后，它的影响力就逐渐降低了。
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