益生菌制剂进入肠道，结合微生态环境中近400种正常菌群，呈现共生、共生、竞争、吞噬等复杂关系，主要通过调节动物胃肠道微生态平衡，增强免疫力，提高饲料营养水平。
保持胃肠道微生态平衡在由动物正常微生物组成的微生态系统中，优势菌群对整个微生物群起着决定性的作用。一旦原有优势菌群数量减少，微生态平衡就会失衡。微生物优势种群的替代将导致生产性能和免疫功能的下降。益生菌制剂作为动物肠道的优势菌群，可以弥补正常菌群的数量，抑制病原微生物的生长繁殖，恢复胃肠道菌群的平衡。
牛羊
促进肠道优势菌群的形成，增强免疫功能。新生动物消化道接近无菌状态，胃肠道pH值接近中性，有利于肠道病原体的生长。乳酸菌益生菌制剂到达胃肠道后，形成乳酸菌优势菌群，形成正常肠道微生物的防御屏障结构，抑制过路菌或侵袭菌等病原微生物在胃肠粘膜上皮的定植和生长。微生物消化饲料过程中产生的VFA降低了pH值，从而抑制了有害细菌的生长。一些有益细菌产生抗生素，过氧化氢可以杀死许多潜在的病原体。一些活菌可作为免疫复活剂，刺激胃肠道非特异性局部免疫，提高免疫球蛋白浓度和巨噬细胞吞噬细菌活性，增强动物免疫力。
肉牛
促进营养的全面吸收动物添加孢杆菌等有益微生物可产生水解酶、发酵酶等作用。黑曲霉可产生淀粉酶、蛋白酶和果胶酶，有利于饲料中蛋白质、脂肪、纤维素和半纤维素的分解。米曲霉能产生植酸酶，使磷从植酸和植酸盐中释放出来，被动物吸收利用，同时提高钙、镁、锌和铜的吸收率。一些有益细菌可以合成多种B族维生素和未知的生长促进因子，提高饲料的营养价值，促进生长，提高生产性能。酵母和乳酸菌为前胃原虫提供营养，原虫自溶的虫蛋白也为动物提供了生物价值高的蛋白质。
营养 均衡
降低肠道内部氨气的产生益生菌制剂刺激瘤胃微生物合成菌体蛋白，从而降低瘤胃中氨气的浓度，增加瘤胃微生物蛋白从瘤胃向肠道的流出，改变微生物蛋白的an基酸组成，有利于动物氨基酸的营养平衡。指出酵母制剂降低瘤胃NH3的原因是NH3更多地转化为菌体蛋白。Williams还报道，当酵母制剂喂养绵羊时，十二指肠NAN的流入和吸收率都有所提高，主要是由于菌体蛋白合成增加。
牛羊
疾病的预防和治疗益生菌制剂的使用可以预防和治疗反刍动物的某些疾病。在奶牛的日粮中添加乳酸菌素益生菌制剂可以减少奶中体细胞的数量，因此具有治疗奶牛隐形乳房炎的作用，不会产生类似抗生素的药物残留，从根本上提高了牛奶的质量和经济效益。
奶牛
提高产奶量和乳制品质量在奶牛养殖中，微生物增奶剂可以通过微生物为身体提供营养，调节胃肠道菌群平衡，减少疾病，增强身体抵抗力，促进饲料的消化吸收和营养物质的转化利用。
促进体重增加，提高育肥性能饲喂反刍动物微生物添加剂发酵精料后，可调节动物微生态平衡；参与蛋白质、糖、脂肪和矿物质元素的代谢；产生多种酶、维生素、酸和An基酸；增加血液中钙镁离子的质量浓度，降低钾含量，改善矿物质吸收，提高饲料利用率，加快生长速度，促进反刍动物的生长发育。
地依龅牙杆菌
益生菌中的枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌在生长过程中需要大量的氧气。进入动物胃肠道，特别是瘤胃时，可消耗大量游离氧，降低氧化还原电位，改善反刍动物月形单胞菌、乳酸杆菌等厌氧菌的生长环境，限制有害需氧菌和兼性厌氧菌的增殖，恢复瘤胃及其后肠道菌群的正常状态，提高动物身体的抗病能力，从而快速消耗反刍动物消化道中的氧气，形成厌氧环境，从而抑制病原微生物的生长，有利于乳杆菌、双歧杆菌、粪肠球菌等专用厌氧菌的定植和生长。
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