三格化粪池无害化卫生户厕由地上的厕屋和地下的粪池两部分组成。三格化粪池由三个相互连通的密封粪池组成，根据三个池的主要功能，依次可命名为截留沉淀与发酵池、再次发酵池和贮粪池。
粪便由进粪管进入池，依次顺流至三池后，基本不含卵和病原微生物，达到粪便无害化要求，可以供农田直接施肥用。池子分成三格或四格，三格叫三级化粪池，四格叫四级化粪池。污水首先由进水口排到格，在格里比重较大的固体物及卵等物沉淀下来，利用池水中的厌氧细菌开始初步的发酵分解，经格处理过的污水可分为三层：糊状粪皮、比较澄清的粪液、和固体状的粪渣。
经过初步分解的粪液流入二格，而漂浮在上面的粪皮和沉积在下面的粪渣则留在两格继续发酵。在二格中，粪液继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液得到进一步无害化，产生的粪皮和粪渣厚度比格显著减少。
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