邪恶的组织刚刚被假面骑士消灭，可怕的克莱西斯帝国再次将魔爪伸向了地球，他们有更加强大的实力，各位观众老爷还记得克莱西斯帝国的领导层吗？克莱西斯帝国分为四个大队，妖族、兽人、机械人、异能兽，每个队都有队长，而且还有一个将军，他们对于侵略地球信心满满。
大队长加迪森
事实真的如此，仅仅三个发光柱子就差点让光太郎的直升机失控坠毁，紧接着三个骷颅怪魔就直接冲上了街头，他们的行径引起了光太郎的注意，光太郎跟随这三个骷颅怪魔来到了一个废弃的游乐场，这是光太郎与克莱西斯帝国的第一次较量，他们比戈尔戈姆更强大，他们直接用机能停止光线控制了光太郎，光太郎连变身的机会都没有，就这样光太郎战败了，还被吸进了克莱西斯的战斗艇。
嚣张的柴将军
这是全剧最高光的时刻吧，光太郎在四大队长手里就像是一个木偶玩具一样，加迪森单手就能拎起半死不活的光太郎，妖魔女更是想让光太郎当场下跪，还把一只脚踩在了光太郎的身上，光太郎真是好样的，就算自己的生命受到了威胁，光太郎都没有丝毫畏惧，丝毫不愿意向邪恶势力低头，就算本领强大的柴将军都搞不定光太郎。
痛苦的光太郎
画面一转，光太郎被绑在了柱子上，这时候反派向光太郎抛出了橄榄枝，他们给了一个条件，他们可以给假面骑士两倍的能量，但前提是光太郎必须投降克莱西斯帝国，与人类为敌，帮助克莱西斯帝国占领地球，不管真假，这个条件是真诱人啊，他们认为，光太郎也好，假面骑士也好，都是头脑简单的战士，他们最渴望的只是力量，但是他们错了，光太郎虽然很难受，却依然没有答应他们的要求，他要保护人类，他深爱着地球。
吃惊的妖魔女
反派就是反派，在得到否定答案之后，反派直接变了脸，既然敬酒不吃，那么只能让光太郎吃罚酒了，柴将军大手一挥，就把光太郎丢进了无穷的深渊里，那里虚无缥缈，突然，一道强光刺穿了光太郎的身体，光太郎直接昏死过去了，真是可悲，昔日的英雄在第一集就战败了，可是奇迹发生了，太阳的光辉笼罩了光太郎，帝王石再次闪耀起来，光太郎化成了一道光，坠落在了地球上，而且他还得到了重生。
假面骑士RX
光太郎面对自己的身体非常惊讶，他感觉力量比以前强了无数倍，就连曾经被摧毁的战斗蝗虫也复苏了，看来光太郎的决定是正确的，因为他热爱地球的炽热的心让他重新获得了生命。但紧接着的一战让事情再次扑朔迷离，为了消灭占据上风的假面骑士，骷颅怪魔居然想要牺牲自己，他们紧紧抱住假面骑士，一声巨响之后，一切归于平静，骷颅怪魔壮烈牺牲，但是假面骑士却生死未卜。
怪魔妖族骷髅怪魔
得知消息的反派已经开始对地球发动总攻击了，他们派出了机械人大队里最强的战士，可是就在这时，帝王石再次闪耀出了耀眼的光芒。
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