《四库全书》囊括了中国古代的文化知识和学术成就，也是中华文明集大成的工程。可是经过学者的研究和考证，纷纷指出，这部“全书”并不全！除了任何人不能做到穷尽网罗天下的书籍这个因素外，还有不少人为的因素，即在编的过程中大兴文字狱。龚自珍《咏史》云：“退席畏闻文字狱，著书都为稻粱谋。”显然是有感于文字狱的残酷及对文化的破坏而作。乾隆为什么一边修《四库全书》，一边实行文化专制？
好大喜功的乾隆帝的一生确实做了许多了不起的大事，为了体现他的文治武功，决定组织大量的人力、物力、财力编纂一部超越前人的大丛书。由于此书分经、史、子、集四大部类，故称《四库全书》。四库以下又分门别类，如经部分成《易》类、《书》类、《诗》类、《礼》类，《春秋》类、《孝经》类、《五经总义》类、《四书》类、《乐》类、小学类等十个门类。
史部下设正史类、编年类、纪事本末类、别史类、杂史类、诏令奏议类、传记类、史钞类、载记类、时令类、地理类、职官类、政书类、目录类、史评类等十五个门类。子部下设儒家类、兵家类、法家类、农家类、医家类、天文算法类、术数类、艺术类、谱录类、杂家类、类书类、小说家类、释家类、道家类等十四个门类。
集部下设楚辞类、别集类（个人的文集）、总集类（诗文的汇编或选编，如昭明太子的《文选》）、诗文评类、词曲类等五个门类。在有些门类下又细分小目，如史部传记类下分圣贤、名人、总录、杂录等目。以今日的学科分类法言之，则为经学、史学、哲学和文学。可以说《四库全书》囊括了中国古代的文化知识和学术成就，也是中华文明集大成的工程。可是经过学者们的研究和考证，纷纷指出：全书并不全！
除了任何人不能做到穷尽地网罗天下的书籍这个因素以外，还有不少人为的因素，曾经一度是一个难解的谜。在了解这些迷惑前先了解一些《四库全书》的编纂情况是必要的。编纂全书的第一步是要网罗天下的书籍。为使蒐罗齐全，乾隆曾多次下求书诏，如乾隆三十八年五月十七日诏曰：“前经降旨，博采遗编，汇为四库全书，用昭石渠美备，并以嘉惠艺林。
旋据浙江、江南督抚、及两淮盐政使等奏到购求呈送之书，已不下四五千种，并有称藏书家愿将所有旧书呈献者，固属踊跃奉公。尚未能深喻朕意，方今文治光昭，典籍大备，恐名山石室储蓄尚多，用是广为蒐罗，俾无遗佚，冀以阐微补阙。所有进到各遗书，并交总裁等，同《永乐大典》内现有各种详加核勘，分别刊钞。择其中罕见之书，有益于世道人心者，寿之枣梨，以广流传。”
为了动员民间的藏书家献书，乾隆帝规定将所献之书经抄写后发还原主，并表彰献书百种以上的藏书家。各地购求和献进的书籍一般存放在文渊阁内，经四库馆臣写了提要后进呈乾隆帝阅鉴。乾隆帝亲自将各地所献之书决定为“应刻”、“应钞”和“存目”三类，应刻指除了编入全书外，还要刻版印刷，应钞即将书钞入全书，存目指将某书的书名和提要编入全书而不编入内容。
四库馆设在文渊阁，四库馆臣的队伍庞大，由皇六子永瑢、皇八子永璇、皇十一子永瑆、大学士刘统勋、舒赫德、阿桂、于敏中等16人任正总裁，梁国治、曹秀先、刘墉、王杰等10人任副总裁，德保、庄存与等15人任总阅官，纪昀、陆锡熊等26人任总纂官。还有“武英殿提调官”、“总目协勘官”、“校勘测《永乐大典》纂修兼分校官”等各类官职，有姓名的官员总数在350人左右。
从乾隆三十七年(1772)开始，约经十年的努力，《四库全书》编成，其后缮钞工作又延续了数年。《四库全书》共抄写了七部（一说加上最初编就的正本共为八部），分别藏于文渊阁（在紫禁城内）、文源阁（在北京圆明园内）、文津阁（在河北承德避暑山庄内）、文溯阁（在沈陽故宫内）、文汇阁（在江苏江都）、文宗阁（在镇江金山寺内）、文澜阁（在杭州）。
为了标明是皇家的收藏，还专门刻了藏书章，“文渊阁宝”，青白玉，方4寸，龙钮；“文源阁宝”，青白玉，方4寸，交龙钮；“文津阁宝”，青白宝，方3寸，龙钮；“文溯阁宝”，青白玉，方4寸，交龙钮。既然以上四阁有宝，另三阁也应该有藏书宝。文汇阁、文宗阁本《四库全书》毁于咸丰间战火，文源阁本毁于八国联军炮火，文津阁本现迁藏北京图书馆。
文澜阁现为浙江省图书馆，文澜阁本曾有所毁坏，经人抄补，现藏浙江省图书馆。文溯阁现为辽宁省图书馆。文渊阁《四库全书》于1949年前运往台湾，现已大量影印发行。
文渊阁本是七部《四库全书》中最精良的一部（实缺30卷，经部缺《四书大全》10卷、子部缺《天经或问》前集4卷、《天步真原》1卷、《天学会通》l0卷、《邓子》1卷、《公孙龙子》1卷、《尹子》1卷、《鬼谷子》1卷，集部缺《李太白集补注》1卷）。就连专供乾隆皇帝阅读的文渊阁本也并不全，更何况其他诸本。这当然可以归因于编纂中的失误，或有被窃现象。
《四库全书》不全的真正原因是专制独裁的政治制度。在编修期间，清朝又大兴文字狱，如乾隆三十九年十一月，借口屈大均的诗词文章中有悖逆语，遂禁止将他的著作编入，还刨毁了他的坟墓。四十三年连续五起，山西学者王尔扬为作墓志铭，文中用了“皇”字，被人告发，为山西巡抚逮捕严审。徐述夔在《一柱楼》诗中有悖逆语，遂戮毁他及其儿子的尸体。
沈德潜为徐述夔作传，也遭到严惩，虽然已死，也要毁坏他的尸体。总之，文字狱是很残酷的，有的被处死，有的被流放，有的沦为奴隶。所谓的“悖逆语”大体上存在三种情况：一是明末清初的学者在他们的诗文中表达一定的反对满族统治的情绪；二是有思念明朝的文句；三是在行文作诗时不避清朝的讳，如皇、玄、烨、胤等字不能随便用，不能避开时需采用缺笔或加笔的方法。
当然，更多的情况是最高统治者的捕风捉影和牵强附会，如周亮工有“清风不识字，何必乱翻书”的诗句，本来只是一种偶感：在夏日读书时，从窗中吹来的风把正在读的书翻乱了。可是清朝最高统治者却以为在讥讽满族人不识字。龚自珍《咏史》云“避席畏闻文字狱，著书都为稻梁谋。”显然是因有感于文字狱的残酷性及其对文化的破坏性而作。我们再来看毁书的实际情况。
乾隆四十一年十一月十七日的上谕：“第其中有明季诸人书集，词意抵触本朝者，自当在销毁之例。节经各督抚呈进，并敕馆臣详晰检阅，朕复于进到时亲加披览，觉有不可不为区别甄核者，如钱谦益在明已居大位，又复身事本朝；而金堡、屈大均则又循迹缁流，均以不能死节，靦颜苟活，乃托名胜国，妄肆狂狺。
其人实不足齿，其书岂可复存！自应逐细查明，概行毁弃，以励臣节，而正人心。”我们看到乾隆帝要毁书的理由虽然说得冠冕堂皇，但是本质上就是出于维护清朝的统治，维护他至高无上的尊严。其造成的结果却滑稽可笑、荒诞不经，恰同无知的村妇所为。
乾隆三十九年至四十七年，浙江曾进献书籍24次，但每次都有被查出要烧毁的书。据《咫进斋丛书》所载的书目，第一次销毁144种，军机处奏准销毁的书749种，浙江销毁的164种。抽毁书181种，又抽毁40种。内有钱谦益、沈德潜、龚鼎孳、金堡的书5种。
应毁的个人著作：钱谦益、金堡、王锡侯、陶煊、黎元宽、殷宝山、鲁之裕、石卓槐、屈大均等，一律销毁，当然更不准编入，即使已经编入的，也要抽毁。连明末清初的一些石刻，如触犯者，也要磨毁，被毁石碑和摩崖石刻，山东有7种，山西有14种，被毁的古籍约有二千余种。为了使这一文化专制政策落到实处，他和亲近的大臣开列了《禁毁书目》。
四库馆臣在完成了全书的编纂以后，还开列过《四库全书未收书目》。上个世纪90年代，分别由中华书局和山东齐鲁书社出版了《四库全书禁毁书》丛书和《四库全书未收书》丛书，挽救了乾隆帝文化专制政策造成的损失。可是有些被毁的孤本和手稿却已无法挽回，终成遗憾。
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