一、从发病条件这个维度去讲。
①、机体条件：因大杆属于条件致病菌，成鸡以后很难造成群发性疾病。因此呢发生大肠杆菌病时，鸡群体质并未发生多大异常，而感染沙门氏菌病时，鸡群体质条件普遍比较差。
②、环境条件：大肠杆菌病多发于潮湿，气温较高的环境之中或者是由湿热病、温热病等继发而来；而沙门氏菌病则发生于低温高湿或由寒湿性疾病继发而来。
二、从外在的临床表现，这个维度去讲。
①、从鸡冠上来看，大肠杆菌病鸡冠肥较红或是呈现桔黄色，而沙门氏菌病鸡冠较小，色发白而淡黄。
②、从精神头上看，感染大杆的鸡群，精神尚可，几乎看不到病鸡而表现突然死亡。而发生沙门氏菌病时，鸡群精神普遍较差、萎靡、打焉的鸡较多。
③、从食欲上来分析，发生急性大杆的鸡群，食欲普遍较好，很少会发生掉料的，而沙门氏菌病的鸡群则相反，减料的现象比较多。（不过也会存在个例，这个不排除）
④、从粪便上来说，发生大杆的鸡群，粪便多粘稠甚至发干的粪便比较多，即使有绿便也以黄绿色为主，并有强烈的腥臭味；而沙门氏杆菌病则粪便多白、稀、黄、深绿，有时拌有未消化料便，多不臭的。
⑤、从生产性能上来讲：因大杆属于条件致病菌，很难造成群发性疾病。为此呢鸡群生产性能普遍还可以，诸如生长速度和产蛋性能基本上没有太大的变化的；而感染沙门氐菌的鸡群的生产性能则表现的比较差，如生长缓慢、产蛋无高峰或下降、蛋重小、壳上有石灰样沉积物等。
三、从病理剖检上，来加以鉴别。
①、胃：感染大杆病鸡胃内食物充盈，食物及肌胃内壁多呈黄色鲜亮；而沙门氏菌病则料和胃壁呈暗黄甚至发黑发绿，并时常伴有肌胃溃疡。
②、肝：发生大杆时，肝脏除表现为肝周炎以外，多数呢是正常的。而沙门氏菌发病时，肝脏多发黄或是铜绿色，肿胀，有点状坏死。
③、腹膜炎：大杆所引起的腹膜炎多呈黄色粘稠状，并有恶臭味。卵泡比较完整鲜红或深黄色的。而沙门氏菌病引起的腹膜炎多数是比较稀薄的 颜色也比较淡，并且无嗅味，卵泡退色。
④、肾脏：大杆肾脏无特定表现，而沙门氏菌病肾脏多发黑，微肿并有轻微的尿酸盐沉积。
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