日月神教常被人当做是明教的延续，常见的说法是朱元璋称帝之后，残酷镇压明教，明教于是将日月分开，演变成了日月神教，这种说法毫无依据，事实上两个组织是毫无关系的。
金庸在2004到泉州游玩时，就曾和人说过明教并非日月神教。
《泉州晚报》：这时导游说到，“您笔下的任我行，张无忌都是明教中人……”金庸突然与导游较起真来了，说：“任我行不是明教的。”旁边的工作人员连忙解释：“有人说，日月神教，就是将‘明’字拆开来。”但金庸显然不赞同这一说法，他很认真地又重复一遍：“不是，任我行不是明教的，张无忌是。”
就算不扯虎皮作大旗，回到小说中，也会发现两个组织相差甚大。
总部所在位置不同明教总部光明顶位于西域昆仑山，而日月神教的总部黑木崖则是在河北境内，按理说如果是被明王朝镇压，那更应该远离中原，明王朝的首都在朱棣之后便迁往北京，如果日月神教就是明教，把总部设在河北，那么不是公然和朝廷唱对台吗？难道是最危险的地方就是最安全的地方？
黑木崖
与白道、黑道的关系不同明教在元末，经过张无忌的努力，已经彻底化解与中原武林数百年的恩怨，中原英雄倾心归附明教，张无忌号令到处，无不凛遵。明教数百年来一直为人所不齿，被目为妖魔淫邪，经此一番天翻地覆的大变，竟成为中原群雄之首。
日月神教与白道结仇已逾百年，虽然金庸说过笑傲江湖没有年代，但联系到书中有武当峨眉，鹿鼎记里又提到过“前朝有个令狐大侠”，所以时间线位于明朝中期的可能性极大。总不至于明教被朝廷镇压后，还去招惹白道吧？就算招惹白道，张无忌和武当派什么关系？日月神教会不顾念前代教主的恩泽，去武当派盗取真武剑和太极拳经？
张无忌
武当派创派之祖张三丰先师所用佩剑名叫“真武剑”，向来是武当派镇山之宝，八十余年前，日月教几名高手长老夜袭武当山，将宝剑连同张三丰手书的一部《太极拳经》一并盗了去。
至于和黑道的关系，江湖上所有的黑道势力、邪道门派都归日月神教统帅，像田伯光这样的人物，可能不怕岳不群，天门，余沧海，但是绝对会无比惧怕日月神教，因此田伯光这样的为非作歹的江湖恶人，也是受日月教统治的，只是并未真正入教，但是日月神教一个黑木令下达，天下如田伯光这般人物，定然也必须前来投奔。而明教呢？在张无忌之后天下归心自不必说，张无忌之前，黑道同样视明教为妖魔鬼怪。
常遇春道：“张真人，你于我有救命大恩，何况你也早知晓我的来历，自也不用相瞒。小人是事奉明尊的明教中人，朝廷官府当我们是十恶不赦之徒，名门正派的侠义道瞧我们不起，甚至打家劫舍、杀人放火的黑道中人，也说我们是妖魔鬼怪。你老人家明知我的身份来历，却仍出手相救，这番恩德，当真不知如何报答。”
教义不同明教的镇教之宝是乾坤大挪移，是每代教主必练的神功心法。日月神教的传教之宝则是葵花宝典。礼节也不一样，日月神教在东方不败之前，教主与部属兄弟相称，相见时只是抱拳拱手而已，而明教教规极严，即使是殷天正和谢逊见到张无忌，也要下拜。
任我行
任我行以前当日月神教教主，与教下部属兄弟相称，相见时只是抱拳拱手而已。
谢逊大喜，站起身来，便在船舱之中拜倒，说道：“属下金毛狮王谢逊，参见教主。”
连载版的线索在连载版中，日月神教原名是朝阳神教，那就更没有什么日月为明，而且按连载版，朝阳神教极有可能是清真教门：
那老者见到这只光鸡，说道：“店家，也给咱们煮两只鸡来，有牛肉便切两盘。”说的却是中州口音。店主人道：“啊哟，这可难了，眼下店里只有这一只鸡，这位军爷已经要了，牛肉可没有，蒸两斤腊肉好不好？”那老者皱眉道：“【咱们不吃猪肉】，好吧，有鸡蛋给炒一大盘来。”店主人道：“鸡蛋刚刚吃完了，真是不巧。”令狐冲心想：“【他们不吃猪肉，那是清真教门的了】。”
明教在张无忌之前是什么肉都不吃的，被官府称为菜魔，在蝴蝶谷大会后，为了反元需要，张无忌便废除了这一道禁令：
张无忌又宣示道：“本教历代相传，不茹荤酒。但眼下处处灾荒，只能有甚么便吃甚么，何况咱们今日第一件大事，乃是驱除鞑子，众兄弟不食荤腥，精神不旺，难以力战。自今而后，废了不茹荤酒这条教规。咱们立身处世，以大节为重，饮食禁忌，只是余事。”自此而后，明教教众所食月饼，便有以猪肉为食的。
明教蝴蝶谷大会
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