作为宫廷妇人，随着容颜的衰老，卫皇后尊宠程度也在逐渐下降。 元朔元年后，卫子夫在汉武帝面前的宠幸地位被王夫人所代替。之后又有李夫人、尹婕妤、邢夫人、赵婕妤(钩弋夫人)，在她立为皇后的第38年，也就是汉武帝征和二年(前91年)，因遭巫蛊之祸陷害，不能自明而自杀。
其实也就是年老色衰不得宠，这也没什么，毕竟还是皇后嘛，但后来一件事，让他不得不死。汉武帝老了有点糊涂，也活不长了，当时一个大臣与卫子夫的儿子太子刘据有隙，害怕武帝死后被新帝诛杀，故而欲构陷太子为先，即妄言武帝生病是因为有人行巫蛊诅咒天子。于是武帝命江充为使者治巫蛊之案。而武帝却因年迈体病愈加相信巫蛊之事。江充趁机说宫中有巫蛊之气以致天子之病久不见好。于是开始查办后宫中不受宠幸的夫人，再延及皇后卫子夫。太子刘据欲往甘泉行宫辩白却遭江充等人限制，无法向武帝辩明情况， 情急之下又无上策，便听从少傅石德之计。于七月壬午，将江充缉拿，并斩杀韩说。刘据起兵后，武帝认为太子一定是受到了江充等人的陷害才这样做。便派遣使者入长安探查。使者却因胆怯未敢入城，对武帝谎称太子造反要杀自己。这样一个美妙的误会便成了，皇帝老儿一怒，随手就把太子哪一点兵马杀光了，太子就逃到了湖县，后在湖县被人发现行迹而自缢身亡，这是皇后卫子夫的状况就糟糕了，年老色衰也就算了，儿子现在又被说成谋逆，皇后玺绶又被收了，汉武帝意思很明确了，卫皇后你看着办吧，卫皇后就算不说自己不能自明，然后以死明志，说不定皇上也会赐杯毒酒，退一万步来说，即使不死后来也要生不如死，还不如自缢，给大家留点面子。
一年之后，汉武帝才查清了此事的原委，方知错怪了太子，也连累了皇后卫子夫.后悔不已，可是已经太迟了。后来，汉武帝为了追思太子，在长安城内修建了思子宫，以寄托自己对卫氏母子的哀思.可无论如何，他的妻子，他的儿子，都死于他的一时昏庸和不辨是非.可叹卫子夫当年如此专宠，到头来竟落得个如此悲惨的结局!太子刘据也是自幼就深受父皇和母后的喜爱，可谓是衔金而生，最后却死于非命.就是因为汉武帝一时糊涂，大兴巫蛊，害死了众人，导致汉朝宫廷混乱，也直接害死了自己的皇后和太子，使自己晚年尝尽了苦果。
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