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组成成分决定功效，组成成分是基础，香砂养胃丸和香砂六君子丸的不同的实质在于二者的组成不尽相同。
香砂养胃丸是由白术、木香、砂仁、豆蔻（去壳）、广藿香、陈皮、姜厚朴、醋香附、茯苓、枳实（炒）、姜半夏、甘草等组成,其中，白术和木香为君药，豆蔻、藿香、陈皮、厚朴以及香附为臣药，茯苓、枳实、半夏为佐药，甘草调和诸药，为使药。诸药合用，共奏温中和胃之功，适宜用于胃阳 不足、湿阻气滞所致的胃涌、痞满，症见胃痛隐隐、脘闷不舒、呕吐酸水、嘈杂不适、不思饮食、四肢倦怠等。
香砂六君子丸由党参、炒白术、茯苓、陈皮、木香、砂仁、姜半夏、炙甘草等组成，其中党参为君药，白术和茯苓为臣药，陈皮、木香、砂仁和半夏共为佐药，炙甘草为使药，诸药合用，共奏益气健脾、行气和胃之功，适宜用于脾虚气滞、消化不良、嗳气食少、脘腹胀满、大便溏泄等。
通过对比，香砂六君子丸中白术、茯苓、陈皮、木香、砂仁、姜半夏、炙甘草等组成与香砂养胃丸是共有的，但是香砂六君子丸中的君药党参是其独有的，而香砂养胃丸除了共有的组分，它还有豆蔻、藿香、厚朴、香附、枳实等成分，而且共有的组分在其中扮演的角色也不太一样，也就是君臣佐使不太一样，因此在用量上也不一样。两者在适应症上也有所不同，香砂养胃丸重在补脾阳、祛湿，而香砂六君子丸重在健脾和胃以及行气。
在临床应用方面，两者均可以用于胃痛和痞满，但是香砂养胃丸还可以用于纳呆，而香砂六君子丸可应于泄泻。
在药理作用方面，香砂养胃丸具有抗消化性溃疡、促进胃酸分泌、镇痛、调节胃肠蠕动等药理活性；香砂六君子丸具有调节胃也分泌、保护胃黏膜以及调节胃肠运动等药理活性。阴虚内热胃痛、湿热痞满、泄泻者慎用香砂六君子丸，而胃阴不足或湿热中阻所致痞满、胃痛、呕吐者应慎用香砂养胃丸。
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