《牡丹亭》是“临川四梦”的代表作,也是汤显祖最为著名的剧作。汤显祖曾说:“一生四梦,得意处惟在牡丹。”此剧共五十五出,描写杜丽娘和柳梦梅的爱情故事。据汤显祖自己所说,《牡丹亭》一剧“传杜太守事者,仿佛晋武都守李仲文、广州太守冯孝将儿女事,予稍为更而演之”（《丹亭题词》）。
但其真正的蓝本,则应该是杜丽娘慕色还魂》话本,汤显祖将话本的审美价值提到了一个新的高度和层次。《杜丽娘慕色还魂》作为原话本,原是两个太守、一对儿女,门当户对、终结连理的戏剧框架,而汤显祖则将男主角下降为穷酸秀才的身份,连科考也必须靠他人资助,这改变了杜、柳二人门当户对的关系,增强了戏剧主要人物冲突和矛盾。原话本男女主角门当户对,婚姻也自然得到家庭的认可;而《牡丹亭》中的杜大人则很难认可女婿,突出了杜宝、
陈最良等人的卫道士立场。话本中正反两大冲突十分单薄,而剧本则增添了不少新的角色,如腐儒陈最良、判官、花神等。原话本中的杜丽娘是个封建淑女；而汤剧中的丽娘则成为一个活脱脱的为追求爱情不惜一切的叛逆女性。话本很匆促地在讲一个言情故事,而剧本则刻画了一幕幕让人如痴如醉的抒情场面,更加丰富,更加逼真。汤显祖对原话本的继承和改编更加进一步体现了作者对文化遗产的尊重和发展,使这一传统的“还魂”母题具有了崭新的思想内容。
南宋时期的南安太守杜宝只生有一女,取名丽娘,年十五六岁,尚未婚配。丽娘才貌双全,从师于陈最良。《诗经·关雎》惹动了丽娘的情思,伴读的丫头春香又偶然发现了杜府后的花园,并引领丽娘偷偷游了花园。久困闺房的丽娘在大好春光的感召下伤春寻春。丽娘在昏昏睡梦中见一个书生持半枝垂柳要她题诗,后被那书生抱到牡丹亭畔,二人在牡丹亭畔幽会。
丽娘醒来后,恹恹思睡,第二天又跑去花园寻找梦境。可是现实让她失望,从此愁闷消瘦,一病不起。她在弥留之际要求母亲把她葬在花园的梅树下,并嘱咐丫鬟春香将其自画像藏在太湖石底。杜宝夫妇听说女儿病重,忙叫陈最良用药,让石道姑来念经,但都不见效。
中秋之夜,丽娘香逝。这时,投降了金国的贼王李全,领兵围准、扬,杜宝被升任安抚使准备前往淮安,他委托陈最良为他葬女并修建“梅花庵观”,半途中又让夫人和春香乘船回了临安。广州府秀才柳梦梅,原名柳春卿,因一天梦见在一个花园中,有一个美丽的女子站在梅树下,说与他有姻缘,自此才改名为柳梦梅。柳梦梅去临安考试借宿于梅花庵观中,在太湖石下拾得杜丽娘画像,发现杜丽娘乃是他梦中所见到的佳人,把那画像挂在床头夜夜烧香拜祝。
丽娘在阴间一待就是三年,阎王发现她阳寿未尽令其回家。丽娘鬼魂游到梅花庵里,恰遇柳生正对着自己的画像拜求,丽娘大受感动。与柳生再度幽会,自称是西邻之女。因为二人的说笑
声惊动了石道姑,二人被其冲散。第二天柳梦梅得知丽娘为游魂,便请道姑助他掘开坟墓使丽娘还魂。道姑怕柳生与丽娘的事情被发觉、当夜雇船三人一道去了临安。
陈最良看到杜丽娘的坟墓被发掘,就准备去淮安告发柳梦梅盗墓之罪。陈还没到淮安就被叛军俘获,李全听说陈最良是杜家的私塾老师,又得知杜宝还有夫人和丫鬟春香,就听从了妻子的计策对陈最良谎说已杀了夫人和春香,然后放了陈最良。陈见到杜宝,即把小姐纹掘,老夫人、春香被杀的事禀知杜宝,杜宝听后大恸。后杜宝忍痛修书两封送给了李全和其妻子,封官许钱,招降了李全,淮安围解。
丽娘他们到了临安,在钱塘江边住下,科考时间已过,多亏主考官是旧识苗舜宾,才得以补考。这时丽娘得知淮、扬兵事,让柳生先去扬州看望她父母。柳生走后不久,来临安的老夫人和春香因天晚找宿处恰与丽娘、石道姑相遇。
柳生到了扬州想见杜宝,杜宝认为女儿已死,并以假冒罪名将其拿下押往临安候审。杜宝到了临安,因功升为宰相,陈最良也升为黄门奏事官。这时,科考榜单公布,柳生考中状元。而柳生却被杜宝吊打,因为杜宝认为柳生就是盗墓贼。苗舜宾听说后,赶到杜府,救下了柳生。杜宝得知女儿又活了,而柳生就是女婿,认为这是鬼妖之事,并奏请圣上明鉴。皇帝在金銮殿里确认了杜丽娘实为活人,并让父女、夫妻相认。丽娘又劝柳生拜认了岳父杜宝,全家人大团圆。
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