哥斯拉、金刚两位如同神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。
此前我们都以为金刚是最厉害的，可是电影开始就是人类为了保护金刚而将它囚禁起来，而当金刚成年后，发现这里安稳的生活原来是个骗局，然后用一根树枝，敲响了人类的大门。此刻，人类为了找到能源核心，进入地球内部，于是，将金刚运到南极洲。同行的有吉雅内森和好友艾琳，由于无法跟金刚沟通，内森一行人只能强行把金刚锁在航母上。原本一切顺利，在半路上，失去能量庇护的金刚被仇敌哥斯拉感应到了，上演了一场大战：金刚在水中打不过哥斯拉，哥斯拉是两栖动物，除了不会飞，水中陆地都来去自由，所以在水中打架，金刚不行。金刚水性不好，第一次交手金刚就差点被淹死。好在哥斯拉并没有置金刚于死地，最终以损失多艘舰船为代价，其他人员最终还是平安到达南极入口。
如同来时所预料的，地心的世界跟地上世界完全不同，处处充满了危险。金刚进入地心世界拿到祖先留下的战斧，在金刚的保驾护航之下，一行人找到了能源所在。尔特的女儿玛娅不顾众人反对，将能源信息传回到埃佩克斯总部，这也导致基多拉借由机械哥斯拉的身体复活。
如果说金刚在水里打不过哥斯拉，那么在香港大战时，金刚在暴风巨斧的加持下，仍然不敌哥斯拉，终究被哥斯拉死死踩在了脚下，让金刚知道自己是最厉害的怪兽之王，金刚这才认怂了。此时基多拉借着机械哥斯拉的身体复活了，狂傲的哥斯拉怎么能够容忍机械哥斯拉撒野？然而在机械哥斯拉的面前，强大的哥斯拉变得不堪一击，被撕打得快要废了，此时金刚来了，金刚和哥斯拉携手一起打败机械哥斯拉之后，两兽四目相对，金刚把手中的战斧放下了，而哥斯拉也转身离去，最终两个上古宿敌恩怨就此化解。在更强大的敌人面前，金刚、哥斯拉放下仇怨，共同战胜机械哥斯拉，既保护了自己也保护了人类。
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