在宗教传说中，古巴比伦灭亡的原因很简单，因为巴比伦人要建一座通天塔，由此登上天堂，上帝很愤怒，就发了一场洪水，于是古巴比伦灭亡。
其实古巴比伦真正的灭国原因，是在汉谟拉比死后，他的继承者没有汉谟拉比如此强大的强制力，国内多地出现暴动，奴隶逃亡严重，加之古巴比伦这个国家是个四城之地，没有战略纵深的空间，没有天堑可以防守，北方的赫梯人，东部山区的加西特人就会来掠夺。游牧民族的生产力最重要的是两个：放牧与战争。通过掠夺获取财富，也是他们最主要的生产和经营方式。所以，赫梯人、加西特人在巴比伦最薄弱的时候入侵。
约公元前1595年，古巴比伦王国被赫梯所灭，赫梯后来又被亚述吞并，之后在公元前612年，亚述又被迦勒底王国也就是新巴比伦王国所灭，迦勒底王国后来又被波斯帝国所灭。所以，两河流域的政权更替频繁。这就说明，在此很难形成类似中国稳固的王朝和政权。因为这里的地理环境就是一个交通要冲，且是在沙漠之中最富庶的地方，所以周边竞争者众多，国家发展得文明富庶，亦成为众矢之的。
古巴比伦王国灭国了，但是巴比伦的文化基因得以保留，精美城池的遗址、《汉谟拉比法典》、数学、神学、建筑学的启蒙传播于世，巴比伦的文化基因仍然存在于欧洲和中东的土地，这就是亡国与亡种的区别。巴比伦人亡国而没有亡种，因为他们的文化至今保存。独特而辉煌、灿烂的巴比伦文化和更为古老的苏美尔文化一起，成为人类文明发展历程中璀璨的明珠，对中亚地区文明的发展起到了非常重要的作用。当然，现在生活在两河流域的主要是阿拉伯人。他们所信奉的是伊斯兰教，虽然已经不是完整的巴比伦文化，而是通过变异，形成了不同的文化流派，但依然传承了巴比伦的文化基因。
