雏形
明朝最初沿袭元朝制度，设立中书省，置左、右丞相。 洪武十三年（1380年），胡惟庸案之后，明太祖朱元璋废除了中书省和宰相，分中书省之权归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。同年九月，朱元璋设置四辅官，以儒士王本等为之。从明代起，由皇帝直接掌管六部百司的政务，实际上等于兼任宰相，把君主专制扩大到了顶峰。 洪武十五年，再次撤销，而仿照宋朝制度，设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，其中礼部尚书邵质、检讨吴伯宗、翰林学士宋讷、典籍吴沉分别为四处大学士。 之后，又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余诠、张长年等人担任，以辅导太子，品秩为正五品，其主要权力只是顾问。这就是内阁的雏形。
成立
建文年间，改大学士为学士，悉数罢免大学士，各设学士一人。此后改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。 大明永乐帝虽有洪武帝一样独揽大权的雄才伟略，但一次又一次的御驾亲征让他不能真正意义上地总揽政事，于是一个帮助皇帝的“助手”机构——内阁应运而生。明成祖即位后，特派解缙、胡广、杨荣等入午门值文渊阁，参预机务，称为内阁。内阁制度至此建立。 过去，宰相拥有决策权、议政权和行政权，明成祖成立内阁以后，把原来宰相拥有的决策权牢牢把持在自己手中，议政权分给内阁，行政权分给六部。地方上分三司，分管司法、军事、行政，直接对六部负责。 在明成祖掌控之下，内阁与六部各司其职，国家最高行政命令从紫禁城发出，通过全国1936处驿站，全长143700公里的驿道，层层下发到帝国每一个角落。 然而，“阁臣之预务自此始，然其时，入内阁者皆编、检、讲读之官，不置官属，不得专制诸司。诸司奏事，亦不得相关白。”也就是说：内阁此时仍然只是皇帝的私人秘书，不是权力机构。
发展
永乐中期以后，内阁职权渐重，兼管六部尚书，成为皇帝的最高幕僚和决策机构。 后明宣宗朱瞻基时期，权力开始上升（三杨辅政），形成了更为完善的政务流程：全国大大小小的奏章，甚至老百姓给皇帝提出的建议，都由通政使司汇总，司礼监呈报皇帝过目，再交到内阁，内阁负责草拟处理意见，再由司礼监把意见呈报皇上批准，最后由六科校对下发。 1425仁宗朱高炽时，明仁宗因杨士奇、杨荣等为东宫旧臣，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士，杨荣为太常卿兼谨身殿大学士，之后杨士奇、杨荣等人均兼有尚书职位，虽然身居内阁，其头衔均以尚书为尊。。自此，内阁权力加重，逐渐受到重视。 明代宗朱祁钰的景泰年间，王文以左都御史进吏部尚书后进入内阁，自后后，诰敕房、制敕房俱设中书舍人，六部承奉意旨，内阁权力更大。 虽有明英宗朱祁镇的正统末年的反复，可到成化年、弘治之际，内阁在已经成为足以对抗皇权的文官政府代表。 正德年间，明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。可也有有杨廷和等阁老撑着，未成大乱。 明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位大大提高。明代之内阁大学士虽无宰相之名，实有宰相之权。到嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年，内阁的权力已经完全与从前的宰相一样了。
顶峰
经过嘉靖、隆庆的发展，万历早期应该是内阁权力极盛的时期，张居正改革让内阁成为政府运转的中枢，张居正的实际上已经接近于现代首相的地位。
运作方式
内阁大臣的建议是写在一张纸上，贴在奏章上面，这叫做“票拟”。而皇帝用红字做批示，称为“批红”。按照规定，皇帝仅仅批写几本，大多数的“批红”由司礼监的太监按照皇帝的意思代笔。以往，按大明祖制，太监读书识字是被严令禁止的。大明宣宗不仅改了这个规矩，而且在他的鼓励下，宫里还成立了专门的太监学堂。后人猜测：明宣宗这一做法，其目的就是让太监牵制内阁的权力。久而久之，一种奇怪的政治格局出现了。 我们发现明朝内廷、外廷的机构完全对称。外有内阁，内有司礼监，外有三法司，内有东厂、锦衣卫，外廷有派往地方的总督、巡抚，而内廷派往地方的也有镇守太监、守备太监等等。这样，内廷、外廷相互制约，才能确保皇帝的决策地位。但是，这也造成了内外两大政治势力的争权夺利。 北京紫禁城东部的这片建筑在大明朝叫做文渊阁。明朝的内阁就设在这里。在明朝万历年间，内阁首辅张居正让这个紫禁城里最不起眼的房子成为声名显赫的所在。在文渊阁办公的内阁成为实际上的政务决策者。 表面上，例行的政务流程似乎并没有改变，但决策权却出现了转移。张居正做到这点，理由是： 首先，当时的大明万历皇帝还是个孩子，张居正身为皇帝的老师，很容易影响皇帝的决策。 再者，万历帝的“批红”是在司礼监冯保指导下完成，而冯保跟张居正关系密切。 内阁首相张居正把自己的意见授意他人，写成奏章，再由自己“票拟”赞同。幼年皇帝的批红自然毫无问题。 结果 就这样，大臣的“奏章”，阁臣的“票拟”，皇帝的 “批红”，由内阁首辅张居正一手操控，达到空前一致。他的新政也就毫无障碍地顺利推进。其实张居正的新政推行的并不是十分顺利，改革必定面临利益冲突的争斗，而张本人、冯保、万历（实际上是万历生母）三个权力体系代表者协作，尤其是万历年幼，冯保、张居正素有交情，二人不对峙，使得张居正掌阁初期拥有绝对的权力，可是万历成人之后，情况则有了变化。 自明朝初期以来，明朝的政务中心就在紫禁城这几个地方转换，权力的交替，左右着明朝的国运。宫闱重重之中、争权夺权的阴谋时有发生。 通过明朝几代皇帝的努力，明朝曾经形成了一套完整的内阁政务体系，它在权力平衡方面堪称完善。
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