由于谐波减速器工作原理的优越性，因此谐波减速器的主要优点也是非常突出的，在很多的领域也得到广泛的应用，但是谐波减速器相比于传统的齿轮减速器，它也因为组成部件的局限性而产生缺陷，下面是国森科整理的五个谐波减速器的主要缺点。
谐波减速器
1.散热条件差。
2.不能用于传动速比小于35的场合。
3.转动惯量和起动力矩大，不宜用于小功率的跟踪传动。
4.柔轮周期性地发生变形，因而产生交变应力，使之易于产生疲劳破坏。
5.采用滚子波发生器(自由变形波)的谐波传动，其瞬时传动比不是常数。
谐波减速器基本构成部件
五个谐波减速器的主要缺点在一定程度上限制了谐波减速器的应用，但是谐波减速器的主要优点确实是太突出了，因此对于谐波减速器的使用，各个领域均采用放大优势规避缺点的方式进行最大程度榨取谐波减速器的价值。
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