1937年12月13日，南京被日本人占领。南京城里各类的人们都开始逃难，军人们开始撤退，女学生们疯跑，然而一群由卡车载着的十四个妓女极其显眼，她们也在逃亡的路上。
一个做殡葬生意的外国人约翰听说教堂的神父死了，于是冒险跑到教堂去给神父做殡葬。与此同时，学生们逃难到了教堂，妓女们也相继来到了教堂。
为掩护女学生逃跑，国军李教官带领自己的兄弟们在逃离南京时做了最后一次狙击，然而面对日本人的疯狂进攻，他们力不能敌，他的作战兄弟全都战死。
在掩护女学生逃跑的时候，李教官看到一个女孩的鞋掉在了地上，于是他捡了起来。
他没在狙击战中死掉，而是带着一个在南京城受伤的孩子去了教堂。然而当他进了教堂之后，妓女们却嘲笑他，认为他应该死在战场上，不应该跟她们抢占这避难所。而且，日本人有规定，一旦窝藏军人，罪不可恕。
李教官走到二楼正在祈祷唱歌的女学生门外，悄悄地把那双鞋放到了门外，而后含泪离去。
李教官没有远去，而是睡在了教堂对面已经炸毁的纸店。
第二天，日本人到了教堂。当他们发现教堂里有女学生时，兽性的欲望开始驱使他们作恶。由于教堂的地窖被十四个妓女占了，女学生们来不及躲进地窖，于是纷纷跑到二楼图书层。日本人疯狂不已，开始疯狂追着女学生跑。本来懦弱的外国人约翰听到女学生们一声声的惨叫，于是从自己躲避的衣柜里出来，拉开教会的十字架标志，以神父的身份斥责日本人正在干的暴行。
然而，日本人已经不管他是不是神父，用枪托将他打倒在地。此后，他们更加疯狂，更加肆无忌惮地强暴那些女学生。
就在此时，一声枪声响起，教堂外的李教官开了枪。日本人恼羞成怒，于是结合部队开始搜捕他。李教官最终寡不敌众，慷慨赴死。
此后，教堂里来了一个彬彬有礼的日本军官，名叫长谷川。他有文化，有教养，他为先前队伍士兵的无耻行为向约翰道歉，并保证她们将从此安全。于此同时，他还喜欢音乐，于是说一周以后他还会到教堂听女孩们唱歌。
在七天里，李教官救回来的那个人死了。妓女中有人把这人当他弟弟，决心要回妓院拿回她的琴弦以便给那死去的孩子弹唱一首曲子。另一个女人为了拿回自己的首饰，也跟着去了。然而两人皆被日本人发现，一个被打死，一个被凌辱后杀死。
七天后，长谷川来到教堂。听完歌后，他宣布了上级命令。上级要求他将教堂唱歌的女孩带去，为日军占领南京庆贺，并在庆功宴上唱歌。
每个人都知道将要发生什么，学生们也知道去了以后就等于羊入虎口。于是在晚上，她们相约一起跳楼。可就在她们准备跳楼时，余下的十二个妓女来了，她们愿意假扮成学生模样为她们去日本人的庆功宴。
在当天，约翰用他给死人殡葬的技术为妓女们修剪了头发，使她们重新焕然一新，十足像正在入学的纯洁的女孩。
然而，当她们的头发修剪好后，却发现还少一个，因为两个妓女被打死了，现在她们只有十二个人。这时，作为孤儿被神父收养的乔治愿意男扮女装，跟随这些妓女一起赴宴送死。
在临别之时，她们一个个被安排进了日本人大卡车。其中一个为日本人做事的学生的家长希望能看自己女儿最后一面，但却没有看到自己女儿。最后，日本军官以为他心愿已了，于是开枪结束了他的性命。
日本人走后，约翰修好了停放在教堂院里的卡车，学生们纷纷从地窖里出来，藏在卡车底下。上面装着空箱子及红酒。约翰拿着那为日本人做事的“汉奸”给他的通行证，顺利地带着这些女学生们离开了南京。
我只去过南京一次，但是我很喜欢南京。那一次去南京，我去了南京江东门纪念馆。
或许去这里跟去其它地方意义不一样，每一个到大屠杀纪念馆的人都不会在里面开玩笑。当那一页页死难者的名字呈现在我们面前时，我们感受到的是历史的沉重，民族的苦难。
如果到了南京，我们还喜欢整天喊打喊杀，那战争带给我们的教训就俨然失去了意义。
在南京大屠杀纪念馆，镌刻着三句话：
人道主义者拉贝说的：“可以宽恕，但不可以忘却。”
被日本兵刺了37刀的李秀英说：“要记住历史，不要记住仇恨。”
法学家梅汝璈说：“我不是复仇主义者，我无意于把日本军国主义欠下我们的血债写在日本人民的账上。但是，我相信，忘记过去的苦难可能招致未来的灾祸。”
因此，如果我们对历史足够尊重，我们就尊重那些把这段厚重的历史拍出来让我们感同身受的电影。
虽然说《金陵十三钗》是虚构的故事，但是当我看这部电影时，我感觉不到是虚构。在南京沦陷时，确有很多外国友人冒着生命危险在为南京的难民设置安全区，确有很多舍了自己生命，保卫同胞的士兵。
这部电影围绕着那群女学生展开。李教官为保护女学生丢了整个部队，甚至自己的性命；约翰为保护女学生，不惜痛斥日本军人；那为了保护自己女儿而做汉奸的父亲也是为了保护孩子而甘愿留在沦陷区；最后，这群做妓女的女人们也是为了保护女学生而甘愿代她们去送死。
如果要给这部电影一个主题，那我个人就把所有的归结为保护好我们的孩子。
战争很残酷，女性在战争中所受的摧残更加令人难受。女学生们就像孩子一样，她们纯洁，天真，她们并不懂男女之事，猛然间将她们推到罪恶的深渊时，她们无从应对。
剧中的每个人物都为保护这群女学生而存在。
李教官捡回女孩逃难时留下的一只鞋，看着她们唱歌而落泪；约翰眼睁睁看着一个女孩从楼上摔下死在自己面前；为了救自己女儿而甘愿做汉奸，遭人唾骂的女孩的父亲，他何尝不是如此呢？
保护孩子，使他们免于受战争的伤害，这是大人们的责任。
在环境恶劣的时代里，我们该怎么保护好我们孩子的心灵不受伤害呢？
为了这使命，亲爱的家长们，我们愿意奉献什么呢？
李教官和他的弟兄们奉献了他们的生命，约翰，妓女们，被教父收养的乔治，做了汉奸的父亲，他们都为那群年轻的孩子们奉献了自己的力量。
我能奉献什么呢？
我能做的就是把真理传递给孩子们，把那爱的福音深深种在孩子的心灵之中，把盼望的种子根植于他们内心深处。
电影的英文译名是《The flowers of war》，孩子们就像花朵一般。在战争时期，让我们保护好我们的花朵，不是用恨，而是用爱。
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