根据《于阗国授记》、《于阗古史》、《于阗教法史》等藏文佛教古籍记载，印度孔雀王朝的君主阿育王抛弃了一个儿子，只因为他的这个儿子经过占卜后显示，会在阿育王活着的时候夺取王位，所以阿育王抛弃了这个儿子，菩萨收留了他，后来阿育王的弃子来到了于阗，创建了于阗古国。
阿育王是印度孔雀王朝的第三代君主，大约生活在公元前304年~前232年，在位期间，正是印度佛教的鼎盛时期，其控制区一直从今天的西边的阿富汗到东边的孟加拉国，还包括印度中北部，也就是这个时候，佛教经丝绸之路向西域扩张，早期的西域几乎都是信仰佛教的，包括楼兰、龟兹、于阗等国。
佛教从印度传入西域
根据《于阗国授记》的推断，于阗古国的创建时间大概是在公元前252年左右，正好是阿育王统治时期，但是这些记载都是用藏文书写的佛教古籍，传说故事居多，连史书都算不上，而且这些藏文古籍成书于8世纪到9世纪左右，离于阗古国创建的时间差了将近一千年，所以没有一定的事实基础，一般不为学术界所承认。
于阗位于今新疆和田县，这里是新疆最南边的地方，地处塔克拉玛干大沙漠的南边，昆仑山的北边，再向南翻越昆仑山，就到达了今西藏地区，于阗的西南边是今克什米尔地区，于阗的东边是且末、楼兰和罗布泊，西边是葱岭，西北边是莎车、疏勒。
于阗是古代丝绸之路南道的必经之处，只要从南道走的人都要经过于阗，同时这里也是西域南下西藏及印度的道路之一，所以早期的于阗受到印度的影响是有可能的。
新疆山普拉古墓遗址
1983年及之后的数年，在新疆和田地区洛浦县城西南14公里的戈壁高台上发现了一处古代的墓葬群，被命名为山普拉墓葬，墓葬出土了一批文物和古人尸骨，经过考古学家的研究，尸骨有蒙古人种的特征，也有欧罗巴人种的特征，还有两个人种的混血。
这些古墓存在的时间从公元前3世纪到公元5世纪都有，山普拉墓葬离和田县只有30多公里的距离，几乎可以当作是古代于阗人的墓地，而在于阗东边的楼兰，也曾出土过一些两汉时期的尸骨，经过DNA检测，楼兰人也是蒙古人种或欧罗巴人或两个人种的混血，与于阗非常相似。
《北史 西域传》：自高昌以西，诸国等人，深目高鼻。惟此一国，貌不甚胡，颇类华夏。
北史是南北朝时期的历史，当时占据中原的是北魏，这话的意思是说西域从高昌往西，诸国的人种都是深目高鼻的外貌特征，唯独只有于阗国，外貌不像胡人，而与华夏类似，与华夏类似的人种就是蒙古人种。
于阗王
学术界大多认为古于阗人是古代吐蕃人的后代，吐蕃人是藏族人的祖先，而吐蕃人又被认为是古羌人的后代，属于蒙古人种，但是吐蕃崛起并影响西域的时代已经是公元7世纪了，相当于中原王朝的唐朝，在此之前的很长一段时间中，吐蕃人一直存在，只是处于分裂状态。
《汉书 西域传》记载了在帕米尔高原有几个羌人建立的国家，比如蒲利、依耐、无雷、西夜等，《魏书 西域传》也有同样的记载，说葱岭以西有阿钩羌国和波路国是羌人建立的，这说明古羌人很早就进入了西域，当然也会进入于阗。
于阗这个名字在古代吐蕃语中是玉城的意思，于阗玉闻名与世，在新石器时代，古人就发现了于阗玉，在商朝王后妇好的陵墓中发现了700多件玉制品，其中大多数就出自于阗，这说明中原很早就与于阗有过交流。
塞种人
而于阗地区的欧罗巴人种则来自于斯基泰人，塞种人的一支，这是公元前8世纪~前3世纪位于中亚和南俄草原上的游牧民族，他们的语言属于印欧语系东伊朗语族，后来在于阗地区出土了的文字-于阗文，同样属于东伊朗语族，而于阗文又与印度的婆罗米字有着相似之处。
不同人种在于阗甚至整个西域的汇合，于是就产生了混血人，所以于阗人最早来自吐蕃人（古羌人）以及斯基泰人，然后双方形成混血，形成于阗人，同时也建立政权。
于阗最早出现在华夏史书上是在《史记 大宛列传》中，
骞因分遣副使使大宛、康居、大月氏、大夏、安息、身毒、于窴、扜鰛及诸旁国。
这里的于窴就是于阗，只是这个名字一笔带过，没有详细的记载，时间是在公元前139~前126年之间，这也是张骞出使西域的时间，当时就有汉朝的使者到达于阗。
汉朝的西域都护府
《汉书 西域传》中记载于阗国的都城在西城，离长安有9670里，人口有19300人，军队有2400人，虽然这个规模不算大，但在西域已经算大国了，于阗是丝绸之路南道上最大的政权。
根据《后汉书 西域传》的记载，到了公元2世纪时期，相当于华夏的东汉末年，于阗就发展壮大了，其人口已经扩大到83000余人，军队有3万余人了，可算是扩大了10倍，在整个西域的实力也算是前三。
根据史书的记载，于阗国的创始人姓尉迟，这是根据读音翻译过来的，于阗在东汉光武帝晚期差一点被灭国，当时西边的莎车王贤攻打并吞并了于阗，将于阗王俞林迁到别处，汉明帝时期，于阗将领休莫霸率军反叛莎车，并自立为于阗王。
张骞通西域
休莫霸去世后，其侄子广德为于阗王，之后于阗灭掉了莎车，还吞并了精绝、扜弥、疏勒等十三个小政权，与同样强大的鄯善（楼兰）一起成为南道最为强大的两个政权。
公元73年，东汉开始重新经营西域，派班超以使者身份带了36个人经鄯善来到了于阗国，当时正值于阗王广德攻破莎车，当时于阗并未臣服汉朝，班超杀死了于阗国的巫师，并迫使于阗王杀死了其国内的匈奴使者，最终于阗臣服汉朝。
不久，班超在西域借用诸国的力量以及汉朝的支援重开西域都护府，班超治下的西域是东汉对西域管理最强的时期，班超去世后，东汉对西域的控制力度减弱，公元129年，于阗王攻灭了扜弥，并立自己的儿子为扜弥王，同时反叛汉朝断绝丝绸之路南道，这引发了东汉的不满，几年之后，汉顺帝派出敦煌太守徐由与疏勒王臣磐发兵两万人攻打于阗，恢复扜弥政权，并迫使于阗再次臣服。
班超出使西域
公元175年，汉灵帝熹平四年，于阗王安国复叛，再次出兵攻打扜弥，汉军再次出兵平叛并恢复扜弥政权，不仅，东汉持续衰弱，再加上与羌人旷日持久的战争，无力经营西域，而于阗则逐渐靠吞并周边小政权而强起来。
三国时期，于阗曾与鄯善、龟兹一起派遣使者到曹魏政权朝贡，魏晋南北朝时期，于阗要么臣服于中原政权，要么与西域诸国各自为政，直到唐朝灭亡高昌开始经营西域后，于阗才开始臣服于唐朝，在唐太宗时期，于阗曾派侍子到唐朝为质。
唐朝在西域击败了西突厥势力后，设置了安西都护府管辖之下的安西四镇，分别是：于阗、龟兹、碎叶、疏勒，四镇互为犄角，龟兹在丝绸之路北道，于阗在丝绸之路南道，疏勒在丝绸之路中道，碎叶在天山以北，唐朝以四镇控制了整个西域。
唐朝安西都护府
公元648年，唐朝命令突厥降将阿史那社尔率军讨伐龟兹，大获全胜并威震西域，当时的于阗国王尉迟伏阇信随唐军一起回到长安朝拜皇帝，正值唐太宗去世，刚刚即位的唐高宗接见了尉迟伏阇信，并封其为右骁卫大将军，赏赐不少财物，尉迟伏阇信在长安逗留数月才回到于阗，后来尉迟伏阇信的形象被制作成石像放置在唐太宗昭陵的北方宫殿之下。
同年，唐朝在于阗设置毗沙都督府，任命于阗国王尉迟伏阇信为都督，为唐朝管理西域，同时他还是于阗国王，并与唐军一起并肩作战击退吐蕃军队。
7世纪中后期，吐蕃崛起，开始与唐朝在西域反复争夺，而于阗是离吐蕃最近的地区，深受其害，唐朝与吐蕃谁强大，于阗就投靠谁，到7世纪末期，唐朝才完全占据了西域，暂时将吐蕃势力驱逐出西域。
唐朝与吐蕃不断争夺西域控制权
唐玄宗时期，于阗国王尉迟胜也到长安朝拜过唐玄宗，唐玄宗还把宗室女嫁给尉迟胜，安史之乱发生后，尉迟胜把国王之位让给弟弟尉迟曜，亲率五千于阗兵到中原参与平定安史之乱，唐肃宗李亨非常感动，封他为殿中监。
安史之乱平定后，尉迟胜不愿意回于阗，而是一直生活在唐朝，并且成为唐朝中央政府的官员，还被唐代宗李豫封为武都郡王，尉迟胜一直生活到64岁，并死在唐朝，他的子孙后代仍然在唐朝生活，成为唐人。
而留在西域的于阗国王尉迟曜则被任命为唐朝四镇节度副使，与唐军一起抵御吐蕃的进攻，这一段时期，是于阗和唐朝关系最好的时期，直到公元790年及之后，吐蕃占领了安西四镇，唐朝势力退出西域，于阗开始臣服于吐蕃。
于阗最终被喀喇汗王朝灭亡
吐蕃控制西域50多年，到9世纪中叶，吐蕃衰弱了，于阗摆脱控制，曾与沙州的归义军有过联系，五代十国时期，于阗臣服于后晋石敬瑭政权，当时的于阗国王李圣天被后晋封为大宝于阗国王，李圣天之所以姓李，是他自己把尉迟姓改为唐朝国姓李姓，并自认为唐朝后裔。
十世纪中叶，西域崛起了一个由回鹘人建立的黑汗王朝（喀喇汗王朝），与于阗之间爆发了长达数十年的战争，最终灭亡了于阗国，于阗国是如何灭亡的，史书中没有明确记载，可以肯定的是灭亡在黑汗王朝之手，灭亡的原因是战争。从十一世纪初开始，于阗作为国名已经不复存在，其土地、人口归属于黑汗王朝。
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