经过一夜的休息，阿雅重新振作起来，阿雅走出房间，这个时候阿雅在街道上发现了前田。前田和阿雅寒暄了几句得知阿雅已经完全振作起来了。不一会丹尼尔开着警车过来了，几个人商谈后，他们决定先去获得大量的武器装备和补给品。经过一番调查成功的获得了所需要的东西。
前田与阿雅
一行三人
商谈中
获得完补给品后，在车上一行人商谈要去哪里。这个时候前田称他在阿雅昏迷的时候发现了阿雅的衣服上沾有伊芙的一部分物质，前田打算前往附近的研究室去调查阿雅身上的残留物质。一行人继续一番商谈后，决定前往博物馆那个博士的研究所。一段时间后，一行人来到克拉姆的研究室，前田用研究室的显微镜做了一番详细的实验，一番实验后，前田得出了一些结论，伊芙的线粒体得到了一定的进化还是啥的，竟然能够控制细胞核。阿雅专心致志的听前田讲解道，这个时候阿雅对自己也越来越疑惑，便让前田采取自己的血液进行实验，通过显微镜前田发现阿雅的自身线粒体一直在保护阿雅抵抗外界其他线粒体的攻击。正在这一行人讨论的时候，克拉姆博士回来了，他突然开始质问这一行人为什么要来到他的实验室，前田慌忙做了一番解释。这个时候克拉姆博士发现有人懂了他的显微镜，于是他也来到显微镜下观察，发现了上面的情况，克拉姆很快猜到这就是阿雅的样本。与此同时，丹尼尔在电脑上发现了他的儿子本和妻子的名单，丹尼尔暴怒之下追问克拉姆，然而克拉姆什么也没说。一行人也没有其他办法，很无奈的返回了警局。
研究中
暴怒的丹尼尔
一行人返回警局，这个时候他们发现警局已经被伊芙袭击，阿雅和丹尼尔留下指挥研究的前田前去调查情况，阿雅在一系列的调查中发现了库房武器主管特雷斯战死【特雷斯一直没有用枪，这和当年他女儿的死有一定关系】。阿雅离开库管房继续探索，她发现了丹尼尔的儿子本不见了，于是便开始寻找本，在寻找本的途中，阿雅杀死了那一只杀害特雷斯的怪物。与此同时，本正在和那只希巴【狗的名字】玩耍，这个时候希巴突然发生了一系列的变化，在万分危机的时候，局长赶到拿起枪保护本，然而很快枪就没子弹了。这个时候，阿雅及时的赶到，变身后的希巴对阿雅发动了猛烈的攻击，经过一番战斗，阿雅成功的击败了变身的希巴。成功就下了局长和本，这个时候丹尼尔赶来，经过本的一番描述，得知局长为了保护本受伤了。丹尼尔心怀愧疚，受伤的局长决定暂时修养，便让丹尼尔暂时代理。
本和希巴
对阵怪物
变身的希巴
受伤的局长
对阵希巴
交谈中
丹尼尔代理局长后，紧急召开会议。会议主要内容又是关于线粒体的事情。一行人一番商谈后，还是决定继续寻找前田。阿雅经过一番寻找成功的在医务室找到了前田。随后丹尼尔也来到了医务室，一行人继续商谈，经过一番商谈，前田通过种种推断伊芙应该是打算进化自己，伊芙一定是前往附近的大医院。丹尼尔称他也想去，但是阿雅委婉的拒绝了【代理局长，你应该留在警局暂时指挥工作】。阿雅和前田经过一番休整和补给之后便出发了，一段时间后他们来到了一家大医院，前田打算进入医院进行调查，这个时候前田明显的感觉到身体的灼烧感。前田由此确定伊芙一定在这个医院里面。前田无法进入，阿雅一个人进入了医院调查。在调查中，阿雅发现了一些关于自己母亲和姐姐的诊断报告书【发生了一起交通事故，Aya的妈妈和姐姐被送到医院，母亲没能抢救过来，当要看到姐姐的情况时，却发现报告书没有了下文。】同时阿雅也发现了梅丽莎【被伊芙占据的那个人】也是在那一天同时到的医院，并且进行了移植手术。经过一番寻找，阿雅终于来到了楼顶。在阿雅寻找伊芙的过程中，美国军方调用了大量的战斗机打算对伊芙所在地进行轰炸，打算杀死伊芙。来到楼顶的阿雅开始嘴遁劝说伊芙不要在做伤害人类的事情了，然而嘴遁失败！正在二人谈话的时候，伊芙发现了美国的战斗机，伊芙利用线粒体能力使飞行员燃烧。失去控制的飞机随后向医院大楼奔来，伊芙轻松离开医院，此时的阿雅也不得不暂时撤退。
交谈中
伊芙
一番努力后，阿雅撤出医院，丹尼尔和前田赶到现场，一行人继续开车返回警局，在一番调查后，丹尼尔称博物馆的那个研究员的博士有不可推卸的责任，回到警局后华纳警官也称梅丽莎一直不断的出入克拉姆博士的研究室。经过一番商谈众人一致认定伊芙打算前往寻找一个安全的地方受胎【进化成完全体】。为了阻止伊芙，一行人开始分头行动，阿雅去了很多地方，做了大量的调查，消灭了很多线粒体怪物，获得了大量的经验，经过一番层层的寻找，阿雅还是来到了博物馆，这个时候阿雅发现了一个可疑的人影闪现，阿雅开始追逐那个人影，经过一番仔细的调查，阿雅来到了博物馆的恐龙化石展出馆，这个时候伊芙的歌声突然响起，所有的恐龙化石都复活了。阿雅紧急回避这些怪物，来到了克拉姆博士的研究室，在研究室内他发现前田正在进行一个样本的研究，阿雅和前田交谈了一会得知了克拉姆博士已经完全沉迷于线粒体的研究，克拉姆博士打算让伊芙完成进化。正在二人商谈的时候，克莱姆博士突然闯了进来，并承认了自己所做的一切，这个时候克拉姆博士突然打算爆炸自杀炸死主角一行人，然而主角一行人轻松躲避。至此，克拉姆博士燃烧，此时的阿雅决定用自己的能力救助克拉姆博士，但是克拉姆博士已经无药可救。
交谈中
救助中
阿雅继续寻找伊芙，清理了大量的化石龙之后，阿雅终于在一间大厅当中发现了伊芙，此时的伊芙已经完成了受胎，正当阿雅与伊芙交谈的时候，突然外面很多黏贴的物体慢慢的融合成了一个巨大的怪物，这个怪物慢慢的朝博物馆这边走过来，来到博物馆的巨大怪物把伊芙带走。见伊芙被带走，阿雅无奈的离开了博物馆，这个时候前田和丹尼尔正在博物馆外面等着阿雅，此时的丹尼尔已经完全调查出了克拉姆博士以及阿雅的秘密，丹尼尔便把调查的真相告诉了阿雅【阿雅的妈妈和阿雅的姐姐遭遇了一场严重的车祸，在救治当中，阿雅的妈妈没能活过来，阿雅的姐姐也没能抢救过来，于是克拉姆便把阿雅姐姐的器官移植到了玛丽莎的身上，之所以会发生现在的事情，是因为伊芙移植存在阿雅母亲的体内，母亲生下阿雅和阿雅姐姐后，便把伊芙遗传到了阿雅和阿雅姐姐身上，后来阿雅姐姐不幸去世，加上移植到了阿丽莎的体内，由此伊芙也便存在了阿丽莎体内，阿丽莎由于身体极其的不好，伊芙很容易就占据了阿丽莎的身体】。
阿雅
伊芙
巨大怪物
此时，军方为了阻止大怪物，派遣了大量的战斗机，然而却没有起到任何的效果。军方看这样下去不行，于是便派了一个人前去寻找阿雅，一段时间后那个人找到了阿雅，并向阿雅说明了一些情况，这个时候的阿雅便决定去消灭那个大怪物，不一会阿雅来到了军舰上，和众人商量一番后，阿雅登上了战斗机，在众多飞行员战斗机的掩护下，阿雅成功的打败了那个大怪物，阿雅深知这一切远还没有结束，于是便跳伞来到了陆地上，在这里阿雅再一次见到了伊芙，随后阿雅与伊芙展开了激战，经过一番苦战，阿雅终于将伊芙击败，然而伊芙却诡异的笑着消失了。
大怪物
阿雅
战败的伊芙
原以为已经结束的一行人打算庆祝，然而就在这个时候，从刚在的废墟当中再次出现了一个婴儿的怪物，这个婴儿也就是伊芙刚才诞生的，那诡异的一笑也正是为此，这个时候阿雅不得不再次与这个婴儿展开激战。这个最终BOSS竟然有四个形态。阿雅经过一番战斗后，轻松击败第一形态。
第一形态
随后，该BOSS不断的进化，直到第四形态，阿雅经过了层层的苦战，
第二形态
第三形态
第四形态
在第四阶段阿雅决定引爆船只，一番操作后，进入倒计时，阿雅成功逃出船只。随后船发生了爆炸。后来，阿雅，丹尼尔 本，前田，一行人再次来到剧院，继续观看当时没有看完的剧，这个时候在新的‘女主角【台上的表演者伊娃】的歌唱声中，台下观众的每个人的眼睛都在变红，至此，寄生前夜1代的剧情正是结束，致逝去的童年！
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