日本人经常吹嘘：天皇“万世一系”，几千年来一直都是只有一位合法天皇统治整个日本。但其实在日本历史上曾经出现过两个天皇长期并存的时代，绝非“只有一位合法天皇统治整个日本”。而且两天皇并立的局面后来还将日本民族“不孝”的特点展现地淋漓尽致。
明治天皇
话说在日本镰仓幕府时代，日本天皇不仅大权旁落于征夷大将军，就连皇族内部也发生了分裂，形成了以后深草天皇后代为主的持明院统和以龟山、后宇多天皇后代为主的大觉寺统。这两大派系围绕着日本最尊贵的傀儡之位展开了激烈的斗争。
后醍醐天皇
但后醍醐天皇堪称日本幕府时代最有雄心的天皇，他一方面想让自己的儿子继承天皇之位；另一方面又想夺回旁落百年的国家大权。而要想实现这两个目标，就必须推翻镰仓幕府。于是后醍醐天皇便派自己的皇子以及亲信的公卿、僧侣到处活动，积极谋划“天皇御反乱”。
当时镰仓幕府的统治已是“天怒人怨”，特别是失去了占社会主体的中下层武士的支持。只是尚缺一杆可以将反幕府势力集结起来的大旗，镰仓幕府才可以勉强维持。而后醍醐天皇的“御反乱”恰恰发挥这样一杆大旗的作用，很快便在全日本掀起了针对镰仓幕府的燎原大火。
在楠木正成、足利高氏、新田义贞等名将的奋战下，镰仓幕府于1333年彻底灭亡。后醍醐天皇在京都建立天皇独裁机制，成为日本幕府时期唯一拥有全国性实权的天皇。在此基础上，后醍醐天皇开始推行改革政策，史称“建武新政”。
楠木正成
但“建武新政”的实质是逆历史潮流的政策，自然遭遇了失败。镰仓幕府时期的社会矛盾不仅没有通过“建武新政”解决，反而全部激化，最终引发针对后醍醐天皇的大叛乱。1336年，叛军首领足利尊氏（高氏）攻入京都，后醍醐天皇逃往京都以南的吉野。
足利尊氏
足利尊氏进入京都之后，拥立持明院统的光严天皇继位，自己则就任征夷大将军，开创了日本第二个幕府——室町幕府。但当时逃往吉野的后醍醐依然保持天皇身份，于是日本便出现了京都光严（持明院统）和吉野后醍醐（大觉寺统）“二皇并立”的局面，史称“南北朝”。
日本南北朝形势图
经过多年的战乱，南朝逐渐落于下风。于是在1392年，南朝后龟山天皇向北朝实际上的统治者、室町幕府三代将军足利义满投降，南北朝重归统一。不过作为投降的条件，南朝提出统一后天皇之位继续按照“两统迭立”的原则传承，北朝当时也表示接受。
《聪明的一休》里的将军大人——足利义满
但等到南北朝统一之后，北朝却违背诺言地立持明院统的实仁亲王（称光天皇）为太子，从而废弃了“两统迭立”，因此之后的日本天皇都是持明院统的后代。而持明院统是靠幕府的力量才完成对天皇之位的世代垄断，后醍醐时期好不容易建立起来的一点天皇权威也就此丧失了。
足利义满修健的金阁寺
但南北朝引发的各种争议并未随着统一而结束，其中一个大问题就是：既然日本天皇传承“万世一系”，一个时期内只有一位合法天皇，那么南北两朝谁是合法的正统天皇呢？
在室町幕府时代，自然是北正南逆。但到了德川幕府时代，随着“忠”逐渐成为日本文化的核心，有观点认为正统应该是天皇掌握实权的南朝，而不是幕府傀儡的北朝。德川家康的孙子、日本古代著名学者德川光圀（水户黄门）就是“南朝正统论”的代表。
德川光圀（水户黄门）
德川幕府灭亡之后，重掌大权的明治天皇睦仁一方面要清除原来幕府政治的影响；另一方面要在全国推行以“忠于天皇”为核心的思想观念，为军国主义发展服务。因此那些被幕府控制的北朝天皇祖宗们，此时在明治天皇眼中就异常地碍眼。
于是为了维护自己的统治，为了日本军国主义的发展，明治天皇最终在晚年正式宣布南朝天皇为日本的正统天皇，而北朝天皇为“叛逆”，虽然保持名号，但之后不再视其为正统天皇。
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