酶的命名有习惯命名法和系统命名法。习惯命名法大多根据酶所催化的底物、反应的性质以及酶的来源而定。系统命名法规定每一酶均有一个系统名称，它标明酶的所有底物与反应性质，底物名称之间以“∶”分隔。由于许多酶的系统名称过长，为了应用方便，国际酶学委员会又从每种酶的数个习惯名称中选定一个简便实用的推荐名称。
国际酶学委员会根据酶催化的反应类型，将酶分为六大类：
（1） 氧化还原酶类（oxidoreductases） 催化底物进行氧化还原反应的酶类。例如，乳酸脱氢酶、琥珀酸脱氢酶、细胞色素氧化酶、过氧化氢酶、过氧化物酶等。
（2） 转移酶类（transferases） 催化底物之间进行某些基团的转移或交换的酶类。例如，甲基转移酶、氨基转移酶、已糖激酶、磷酸化酶等。
（3） 水解酶类（hydrolases） 催化底物发生水解反应的酶类。例如，淀粉酶、蛋白酶、脂肪酶等。
（4） 裂解酶类（或裂合酶类，lyases） 催化从底物移去一个基团并留下双键的反应或其逆反应的酶类。例如，碳酸酐酶、醛缩酶、柠檬酸合酶等。
（5） 异构酶类（isomerases） 催化同分异构体之间相互转化的酶类。如葡萄糖异构酶、消旋酶等。
（6） 合成酶类(或连接酶类，ligases) 催化两分子底物合成为一分子化合物，同时必须由ATP（GTP或UTP）提供能量的酶类。例如，谷氨酰胺合成酶、DNA聚合酶等。
国际系统分类法除按上述六类将酶依次编号外，还根据酶所催化的化学键的特点和参加反应的基团不同，将每一大类又进一步分类 。每种酶的分类编号均由四个数字组成，数字前冠以EC（enzyme commission）。编号中第一个数字表示该酶属于六大类中的哪一类；第二个数字表示该酶属于哪一亚类；第三个数字表示亚-亚类；第四个数字是该酶在亚-亚类中的排序。
以乳酸脱氢酶(EC1.1.1.27)为例，其编号解释如下：
EC代表国际酶学委员会。
