某一日，在青鸾峰居住十数年的云天河像往常一样焚香祭父，抓猪吃饭，盗墓少女韩菱纱的闯入打破了这种平静。
从此天河在菱纱的带领下，下青鸾峰入世，太平村遭逐，巢湖边初遇剑仙，开始正式寻仙。
在寿阳城，两人结识知县之女柳梦璃（云天河之父云天青交予知县抚养），三人同闯女萝岩调查妖怪伤人原因，不想却是人类太贪心的采集妖类食物所致。
梦璃拜别父母，三人携手寻仙，入淮南王陵，战鬼魂，灭淮南王。一路赶到陈州，遇琴姬，夜入千佛塔，见识了琴姬与其夫君还有妾室姜氏生死纠葛的爱情，最终以一曲绝美的《仙剑问情》结束。
之后三人与琼华派璇玑、怀朔御剑飞天，到得昆仑脚下播仙镇，以此为起点，过太一仙径，体验春夏秋冬四时风光，过酒、财考验，拜入琼华。
之后三人御剑过沙漠，援手月牙村，天河夜闯禁地遇玄霄。天河、菱纱、梦璃、紫英四人决定合力救玄霄，破除冰封。过醉花阴，清风涧寻访门内长老，最终踏上了寻找三寒器（光纪寒图、梭罗果、鲲鳞）的旅程。
山东即墨隐香山，狐三太爷成仙却愚弄百姓，四人救下被狐三太爷掳走的书生夏元辰养女莲宝，获得谢礼光纪寒图。此剧情后山东即墨的烟花成为众人最美好的回忆。返回后天河玄霄结拜。
神农洞目睹妄图飞升的梭罗树仙楚碧痕（妹妹）因私欲灰飞烟灭，获得姐姐楚寒镜赠与的梭罗果。返回后天河等人对修仙一事产生动摇，决定寻找到最后的鲲鳞后离开琼华。
四人御剑落在巢湖湖边，发现了湖底的殷商遗迹，俨然成为了一处妖界世外桃源。并再次遇到女萝岩妖兽幼崽槐枝等，紫英欲杀妖，被天河所阻，两人决裂。
其实此地是“居巢国”，住在这里的都是心地善良的小妖，不会害人。最近水面上出现的漩涡也不是居巢国所为，反而落水之人都是妖怪所救。为感谢天河等人再三相助，小槐妖前去居巢国长老处取得“鲲鳞”相赠。
集齐三寒器，再加上羲和望舒的辅助，玄霄终于破除冰封，却不曾想这是灾难的开始。双剑合璧，再次缚住妖界，梦璃也觉醒了记忆，她是妖。梦璃进入妖界，天河三人困于结界却无法进入，不甘如此的三人决定强闯不周山，入地府盗取翳影枝。
在地府，天河见到了自己的父亲云天青（鬼魂），菱纱也遇到了自己的大伯，终于知道韩家人全部短命皆因盗墓，打扰亡灵有损阴德。然而待出得地府，菱纱却要最后再做一次盗墓贼，即使天河百般劝阻也是无用，最终三人一起前往封神陵，这次菱纱非为自己，而是为了天河盗取后羿射日弓。
之后三人进入妖界，看到已成妖界少主的梦璃无事，三人也就放心了。但此时玄霄正在率领琼华派弟子杀入妖界，夺取紫晶石，慕容紫英阻止琼华弟子，双方刀剑相向，怀朔为救紫英而死，自此紫英退出琼华。三人冲出结界阻挡玄霄，却完全不是对手，而收集够能量的玄霄决定放妖界离去，天河玄霄两人反目。
接下来的时间可以说是最悠闲也最紧张的一段时间了，三人加一个梦璃的幻梦之影回了一趟青鸾峰便开始为最后的决战做准备，这里说一个仙剑四的小福利（BUG），在太平村的铁匠铺后面有个红宝箱，打开之后再回屋子，再出来发现又可以开了，钱不够的可以卖药换钱铸造终极武器。
准备充足后的天河菱纱紫英前往琼华派，一路过关斩将终于找到玄霄，天河试图劝回心魔深种的玄霄，当然不可能。双方两次大战，最后依靠先打败掌门夙瑶取得最终胜利（有玩家试过光速菱纱打死玄霄，一般人还是别尝试了）。九天玄女降临，发配玄霄囚于东海，而玄霄立誓成魔。
玄霄一去而琼华坠，山下百姓何辜，但这些对于高高在上的九天玄女显然很无所谓，但天河有所谓。经过玄女指点，天河以人力开神器，用后羿射日弓射碎琼华，而自己也双目失明。
百年之后，梦璃再回青鸾峰，看到屋旁的“爱妻韩菱纱之墓”，不禁垂泪，一袭白发的紫英也御剑而来（走），而天河，闭目从屋中走来，一如百年前的少年模样。
仙剑四的主题便是寻仙，最终却无一人飞升，妄图寻仙者皆无善终。而世间凡人，却多次让我们垂泪。
琴姬的爱情，璇玑与怀朔，陈州的欧阳小姐，即墨知恩图报的勇敢村民，爱护弟弟的蜀山剑侠，以及逗比的蜀中巨富，这些都让我们记忆深刻，所以，多做一些支线吧，你会收获一个更加完美的仙剑四。
关于哪一部仙剑最经典，我没办法评价，但仙剑四，绝对不会让你失望。
