《物种起源》全名《论依据自然选择即在生存斗争中保存优良族的物种起源》，是英国生物学家查尔斯·达尔文系统阐述生物进化理论基础的生物学著作，1859年11月24日在伦敦出版。
达尔文根据20多年积累的对古生物学、生物地理学、形态学、胚胎学和分类学等许多领域的大量研究资料，以自然选择为中心，从变异性、遗传性、人工选择、生存竞争和适应等方面论证物种起源和生命自然界的多样性与统一性。
《物种起源》不仅开创了生物学发展史上的新纪元，使进化论思想渗透到自然科学的各个领域，而且引起了整个人类思想的巨大革命，在世界历史进程中有着广泛和深远的影响。
《物种起源》全书共有15章，最前面有史略和绪论。作者在绪论后介绍了创作和出版经过并大胆说明了自己关于物种起源的观点，批判了创造论的观点，此后从第1章到第15章分别谈论的是：家养状况下的变异、自然状况下的变异、生存斗争、自然选择即最适者生存、变异的法则、学说的难点、对于自然选择学说的种种异议、本能、杂种性质、论地质记录的不完全、论生物在地质上的演替、地理分布、地理分布（续前）、生物的相互亲缘关系：形态学、胚胎学、残迹器官、复述和结论等。
从大结构上来看，全书可分3个部分来阅读。第1部分的内容是全书的主体及核心，在此，他首先提出的是随机变异自然选择学说，标志着自然选择学说的建立；第2部分中作者设想站在反对者的立场上给进化学说提出了质疑，并做出针对性解释；第3部分，作者用它的以自然选择为核心的进化论对生物界在地史演变、地理变迁、胚胎发育中的各种现象进行令人信服的解释，使这一理论获得了进一步支撑。
《物种起源》的目录
绪论
第一章：家养状况下的变异。变异性的诸原因/习性和器官的使用和不使用的效果/相关变异/遗传/家养变种的性状/区别物种和变种的困难/家养变种起源于一个或一个以上的物种/家鸽的种类，它们的差异和起源/古代所依据的选择原理及其效果/家养生的未知的起源/有计划的选择和无意识的选择/人工选择的有利条件。
第二章：自然状况下的变异。变异性/个体差异/可疑的物种/分布广的、分散大的和普遍的物种变异最多/各地大属的物种比小属的物种变异更频繁/大属里许多物种，正如变种那样，有很密切的、但不均等的相互关系，并且有受到限制的分布区域。
第三章：生存斗争。生存斗争和自然选择的关系/当作广义用的生存斗争这一名词/按几何比率的增加/归化的动物和植物的迅速增加/抑制个体增加的性质/斗争的普遍性/气候的影响/个体数目的保护/一切动物和植物在自然界里的复杂关系/同种的个体间和变种间生存斗争最剧烈；同属的物种间的斗争也往往剧烈/生物和生物的关系是一切关系中最重要的。
第四章：自然选择；即最适者生存。自然选择/它的力量和人工选择力量的比较/它对于不重要性状的力量/它对于各年龄和雌雄两性的力量/性选择/论同体间杂交的普遍性/对自然选择的结果有利和不利的诸条件，即杂交、隔离、个体数目/缓慢的作用/自然选择所引起的绝灭/性状的分歧，与任何小地区生物的分歧的关联以及与归化的关联/自然选择，通过性状的分歧和绝灭，对于一个共同祖先的后代的作用/一切生物分类的解释/生物体制的进步/下等类型的保存/性状的趋同/物种的无限繁生/提要。
第五章：变异的法则。改变了的外界条件的效果/与自然选择相结合的使用和不使用；飞翔器官和视觉器官/气候驯化/相关变异/生长的补偿和节约/假相关/重复的、残迹的及低等体制的构造易生变异/发育异常的部分易于高度变异；物种的性状比属的性状更易变异；次级性征易生变异/同属的物种以类似的方式发生变异/长久亡失的性状的重现/提要。
第六章：学说的难点。伴随着变异的生物由来学说的难点/过渡变种的不存在或稀有/生活习性的过渡/同一物种中的分歧习性/具有与近似物种极其不同习性的物种/极端完善的器官/过渡的方式/难点的事例/自然界没有飞跃/重要性小的器官/器官并不在一切情形下都是绝对完善的/自然选择学说所包括的模式统一法则和生存条件法则。
第七章：对于自然选择学说的种种异议。长寿/变异不一定同时发生/表面上没有直接用处的变异/进步的发展/机能上不大重要的性状最稳定/关于所想象的自然选择无力说明有用构造的初期阶段/干涉通过自然选择获得有用构造的原因/伴随着机能变化的构造诸级/同纲成员的大不相同的器官由一个相同的根源发展而来/巨大而突然的变异之不可信的理由。
第八章：本能。本能可以与习性比较，但它们的起源不同/本能的级进/蚜虫和蚁/本能是变异的/家养的本能，它们的起源/杜鹃、牛鸟、鸵鸟以及寄生蜂的自然本能/养奴隶的蚁/蜜蜂，它营造蜂房的本能/本能和构造的变化不必同时发生/自然选择学说应用于本能的难点/中性的或不育的昆虫/提要。
第九章：杂种性质。第一次杂交不育性和杂种不育性的区别/不育性具有种种不同的程度，它不是普遍的，近亲交配对于它的影响，家养把它消除/支配杂种不育性的法则/不育性不是一种特别的禀赋，而是伴随不受自然选择累积作用的其他差异而起的/第一次杂交不育性和杂种不育性的原因/变化了的生活条件的效果和杂交的效果之间的平行现象/二型性和三型性/变种杂交的能育性及混种后代的能育性不是普遍的/除了能育性以外，杂种和混种的比较/提要。
第十章：论地质纪录的不完全。今日中间变种的不存在/绝灭的中间变种的性质以及它们的数量/从剥蚀的速率和沉积的速率来推算时间的经过/从年代来估计时间的经过/古生物标本的贫乏/地质层的间断/花岗岩地域的剥蚀/在任何一个地质层中中间变种的缺乏/物种群的突然出现/物种群在已知的最下化石层中的突然出现/生物可居住的地球的远古时代。
第十一章：论生物在地质上的演替。新种慢慢地陆续出现/它们的变化的不同速率/物种一旦灭亡即不再出现/在出现和消灭上物种群所遵循的一般规律与单一物种相同/论绝灭/全世界生物类型同时发生变化/绝灭物种相互间以及绝灭物种与现存物种相互间的亲缘/古代类型的发展状况/同一区域内同一模式的演替/前章与本章提要。
第十二章：地理分布。今日的分布不能用物理条件的差别来解释/障碍物的重要性/同一大陆上的生物的亲缘/创造的中心/由于气候的变化、土地高低的变化以及偶然原因的散布方法/在冰期中的散布/南方北方的冰期交替。
第十三章：地理分布（续前）。淡水生物的分布/论海洋岛上的生物/两栖类和陆栖哺乳类的不存在/岛屿生物与最近大陆上生物的关系/从最近原产地移来的生物及其以后的变化/前章与本章提要。
第十四章：生物的相互亲缘关系：形态学、胚胎学、残迹器官。分类，群下有群/自然系统/分类中的规则和难点，依据伴随着变异的生物由来学说来解释/变种的分类/生物系统常用于分类/同功的或适应的性状/一般的、复杂的、放射状的亲缘关系/绝灭把生物群分开并决定它们的界限/同纲中诸成员之间的形态学，同一个体各部分之间的形态学/胚胎学的法则，依据不在幼小年龄发生的、而在相应年龄遗传的变异来解释/残迹器官；它们的起源的解释/提要。
第十五章：复述和结论。对自然选择学说的异议的复述/支持自然选择学说的一般情况和特殊情况的复述/一般相信物种不变的原因/自然选择学说可以引申到什么程度/自然选择学说的采用对于博物学研究的影响/结束语。
