光绪皇帝是在1908年11月14日去世的，慈禧是在次日下午五点病逝，两人死亡时间相隔了不到一天时间。光绪死的时候才37岁，正直壮年，慈禧死的时候已经74岁，算是一个垂暮老人了。他们两人死亡时间的蹊跷，再加上两人剑拔弩张的关系，使人们觉得是慈禧杀了光绪。
史书记载光绪是暴毙而亡，但没有交代清楚光绪暴毙而亡的原因。晚清文人恽毓鼎的《崇陵传信录》和徐珂编著的《清稗类钞》中表示，是慈禧杀了光绪，但是英国人濮兰德·白克好司的《慈禧外传》和德龄的《瀛台泣血记》等书认为，是慈禧宠信的太监李莲英等人杀了光绪。
溥仪又在《我的前半生》中说，戊戌变法时，袁世凯背叛了光绪，导致光绪皇帝被慈禧软禁，所以他害怕光绪掌权后对他打击报复，于是让人毒杀了光绪。清宫御医屈贵庭也在民国杂志《逸经》上发文章说，他最后一次给光绪看病时，光绪在床上乱滚，大叫肚子痛，不久光绪就暴毙了。
现代专家也对光绪之死做了研究，他们在光绪的发丝中找到了发现了大量的砷，这说明光绪是砒霜中毒而死，也印证了人们关于光绪是非正常死亡的猜测。但这并不能说明光绪是谁杀的，理论上来讲，上面几人都有杀光绪的动机和机会。
慈禧是大清的实际掌权者，她在宫廷杀个人易如反掌。慈禧和光绪关系很差，两人虽然名义上是母子关系，但因为权力之争，几乎没有什么情分。光绪是皇帝，理应由他治理国家，但慈禧贪恋权势，始终不愿将权力交给光绪。同时慈禧为了更好的掌控光绪，还在光绪身边遍布耳目，监视光绪。
在甲午战败后，光绪想变法图强，改变国家落后的局面，但他的变法损害了慈禧和旧贵族的利益，最终遭袁世凯告密后，慈禧将光绪软禁了起来。同时，慈禧还杀害了光绪最喜欢的珍妃，这使得两人仇怨很深。
慈禧死后，若让光绪掌权，他可能不但不会以大礼祭祀慈禧，还可能会了泄恨，将掘坟鞭尸等，这也让慈禧忌惮，所以慈禧不愿将皇位交给光绪，于是可能在自己行将就木之际，将光绪毒杀。
李莲英也有杀光绪的动机，他是慈禧的心腹，处处帮助慈禧，这让他和光绪皇帝存在过节。光绪掌权后，他们这一众慈禧旧党，必会成为光绪打击的对象。还有，李莲英因为有慈禧的宠信，在宫中权势很大，他也有能力毒杀光绪。
袁世凯更不用说了，很少有人会对叛徒心慈手软，光绪掌权后，他必会遭殃。同时，袁世凯为讨好慈禧，在宫廷中买通了有不少眼线，袁世凯也可能借助他们之手，毒杀光绪。
正因为有能力和动机杀光绪的人不在少数，现存的资料关于杀害光绪的人，又有着不同的记载，再加上这些资料都非正史，可靠性不高，所以光绪之死也成了清朝的一个疑案。光绪死后，慈禧也进入了人生的最后时刻，所以她在最后的一天时间里依然有不少事要做。
首先慈禧安排了光绪的身后事，虽然她和光绪二人之间有很多过节，但光绪是慈禧抚养大的，她还是对光绪有一些感情，再加上人之将死，其言也善，所以慈禧要求厚葬光绪，并安排了光绪的身后事宜。
其次，慈禧需要为大清找一个新的掌舵人了，若光绪不死，她死后大清将由光绪掌管，但光绪先她一步离世，所以她需要为大清寻找一个新的皇帝。在她病危之际，她召见了大臣，并留下遗诏，确定溥仪为皇位继承人，由他的父亲载沣和隆裕太后共同辅政。还有慈禧在遗诏中规定，以后不许女人干政。
安排好一切后，大臣退去，慈禧在她的寝宫中安静地度过了人生最后的时光。
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