沈鲤于万历十二年冬拜礼部尚书，方严刚介，强直谏言。朝中往来，摒绝私交，力荐贤士。好事做下了，却不声张，不买好。
在朝中，沈鲤与首辅张居正一样，心中都只装着大明王朝的振兴与安危，同样为官清廉，声气相投，算得上一对志同道合的好友。况且，他是在张居正的指导下，出任神宗万历皇帝的经筵讲官的，对张居正，他一向十分敬重。
但在沈鲤任翰林院掌院学士期间，张居正有病歇在家里，满朝官员为讨好买巧，争先恐后前去探望，并谋划为张首辅设坛祈祷。唯独沈鲤不去凑这个热闹。有官员"好心"劝他道："同官之谊，您应该去。"沈鲤却回答："事当论其可与不可，岂能论同官不同官！"这样的举止怕今天的人们也会以商丘沈鲤墓为太过于"迂"。
但沈鲤自有沈鲤的道理，某个官员病了原本不是什么大事，有交情的同事拎着礼品探望也无可厚非。可一旦那人位尊权重，有没有交情的都一窝蜂跟进，还要大张旗鼓地设坛祈祷。显然，这已经不是那位官员病大病小的问题了，而是一窝蜂前去探病的人各个思想里落下不可告人的病灶了。
一旦群体爆发，将很不利于"政风"、"行风"建设。沈鲤是将国家前程置于心中，他的谋虑已超越于个人恩怨，是担着背黑锅的风险——被张首辅怨怼甚至是从此与他绝交，而坚决不同流、不合污的。
沈鲤的"迂"，实在"迂"得可爱，"迂"得笃定。那之后，又一次，张居正约沈鲤在自家私宅同写奏折。沈鲤当即拒绝："国政绝于私门，非体也！"
他固执地以为，国事就是国事，私事就是私事，公与私决不能混为一谈，相提并论。若是私事，在你我谁家里都能办。国家大事，就只能放在朝堂上、摆在大众眼皮子底下公办，决不能躲到谁家现场办公，一样不成体统。
对一朝的首辅如此，对一朝之君万历皇帝，沈鲤同样不愿意让自己爱戴的国君有失国格、国体。万历皇帝爱钱，更爱珍宝，曾经为买进一颗宝珠花银两千万两。不怕你不受贿，就怕你没爱好。
上行下效，皇上的爱好往往就成了被臣民攻克的软肋。所以见万历喜欢珠宝，多半朝臣纷纷为他捐俸，并自以为得意。沈鲤很愤怒，面对跟风也建议他跟风的官员，他板着面孔说："我只知养廉，不知逢君之欲。"
令闻者无不自惭形秽。这还不算完，沈鲤又赶紧进宫面见万历，奏明道："圣上喜欢什么是小事，而传播出去可就成了大事。臣民纷纷进献，劳民伤财，怨声载道，岂不有损圣德？""好了，就这吧。"万历皇帝只好听从老师的奏请，不再明着收受捐俸。
沈鲤赤心报国，一身乾坤正气，纳忠论奏又无所避，因此也遭到当朝不少权贵们的怨恨，到万历面前告沈鲤黑状的不乏其人。
久而久之，万历皇帝也开始对沈鲤不信任了，口中也多了怨言。在沈鲤57岁那年，他决定辞官归里。已经快60岁的人了，这官不当也罢。首辅张居正死后，申时行任首辅。申时行本来就嫉妒沈鲤，一向认为沈鲤不是自己的人。
尽管万历皇帝坚持挽留说："沈尚书好官，奈何使去？"申时行还是趁火打劫，于万历十六年（公元1588年）一再请旨，放沈鲤告老还乡。
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