在神奇宝贝系列中，除了搜集徽章挑战神奇宝贝联盟外，另一主线并是要对抗在各代活跃的反派组织，他们皆有各自不同的目的及阴谋。
以下将针对这些反派组织进行介绍：
第一世代反派- 火箭队（ロケット団Team Rocket）
作为初代的反派，火箭队并无特定的阴谋，他们就是十分单纯的，想经由贩卖神奇宝贝来赚钱及藉由神奇宝贝的力量来征服世界。
火箭队的首领为坂木（サカキGiovanni ），坂木同时亦是初代常磐市的道馆馆主，其擅长的属性为地面系，由于作为初代反派首领的缘故，使得他具有一定的人气。
在皮卡丘版中，动画版中的火箭队两人一猫组将会登场与玩家对战，这也是唯一一个他们会登场的版本。
•首领坂木、火箭队队员（火红.叶绿版官绘）
第二世代反派- 火箭队残党
在第二世代中，火箭队已被瓦解，然而，其残党正悄悄行动中，打算再次复出。
在金. 银. 水晶版中，火箭队残党并无特定的领导人，不过在心金. 魂银版，新增了四位干部（通称四将军），作为火箭队残党的领导人，他们分别是拉姆达（ラムダ）、兰斯（ランス）、雅典娜（アテナ）、和阿波罗（アポロ），四人的名字皆取自于火箭名称，最高领导人为阿波罗。其中拉姆达被设定为是一名变装高手。
四将军的原型可追溯至金. 银. 水晶版及火红. 叶绿版的火箭队NPC 和卡片游戏，不过他们正式登场仍是在心金. 魂银版。而漫画特别篇，他们被明显区分与以前的火箭队NPC （卡兹、沙姆）为不同角色。
在游戏中，他们为了唤回坂木来率领火箭队，而占据了满金市的收讯塔，打算透过广播传送讯息给坂木，最后被玩家给阻止了。而在隐藏任务中透露，坂木有接收到讯息，并有意打算再次领导火箭队，不过最后当然也是被玩家阻止了。
•阿波罗、雅典娜、兰斯、拉姆达
第三世代反派- 火岩队& 水舰队（マグマ団Team Magma & アクア団Team Aqua ）
在第三世代，反派首次被分为两个团体－火岩队和水舰队。
火岩队的目标是创造只有陆地的世界，水舰队的目标则是创造只有海洋的世界，为此他们的目标皆为唤醒超古代神奇宝贝－固拉多与盖欧卡，同时亦都将彼此视为死对头。
在红宝石版中，玩家将以对抗火岩队为主，在蓝宝石版则是以对抗水舰队为主，在这两个版本，另一反派皆会以非主要反派的身分登场。之后的绿宝石版，则统合了两大反派，替故事的剧情做了很好的诠释。
火岩队的首领为赤焰松（マツブサMaxie），水舰队的首领则为水梧桐（アオギリArchie），在游戏中，他们虽然处心积虑的搞对立及唤醒超古代神奇宝贝，然而固拉多与盖欧卡真正觉醒后却又被超出预期的力量给吓到而后悔了，动画版在这点采用了相同的诠释方式，反倒漫画特别篇采用了相反的模式，令赤焰松与水梧桐成了彻底的反派疯子，令人印象深刻。
•火岩队首领赤焰松、火岩队队员
• 火岩队干部火村（火焰）和篝火
•水舰队首领水梧桐、水舰队队员
•水舰队干部潮漩和泉美
第四世代反派- 银河队（ギンガ団Team Galactic ）
银河队是第四世代的反派，其首领为赤日（アカギCyrus ）。由于赤日对人心的腐败感到失望，而决心创造一个新世界，为此他必须唤醒掌管时空能力的传说神奇宝贝帝牙卢卡与帕路奇犽（在钻石版，银河队召唤出的是帝牙卢卡，在珍珠版则是帕路奇犽）。
然而时空神兽仅能藉由红锁链来操控，而红锁链则需要有栖息于神奥的三座湖中，掌管心灵（知识、感情、意志）的传说神奇宝贝的力量才能打造，为此银河队一方面以企业的名义行驶于社会上，一方面筹备资金及技术好执行计划，最终他们开发出了银河炸弹。
银河炸弹是具有强烈爆破能力的炸弹，尽管主角等人想阻止，银河炸弹仍旧在三座湖中的立志湖引爆了，并引出了三湖神，让他们给抓走了，最终玩家仅能前往时空神兽的苏醒地－天冠山去阻止银河队的阴谋。
而在白金版，在赤日同时召唤出帝牙卢卡和帕路奇犽后，反物质的象征－骑拉帝纳并会从神秘的异次元空间－崩溃的世界（反转世界）里头打开入口，将赤日给拉进去，之后玩家也必须跟随冠军竹兰进入崩溃的世界。
之后虽然找到了赤日，但是赤日却不肯出去了，由于操纵传说兽的这个方法失败了，他决心待着这里，直到找出另一个创造新世界的方法。
由于赤日打算创造的是一个没有精神的新世界，因此银河队的所有下层队员，也都是去除自己的意志，按照指令行动的。另外，银河队被指出是不收小孩当队员的。
银河队的三位干部都是根据行星命名的，分别是伙星（マーズ）、岁星（ジュピター）、和镇星（サターン）。
此外还有个在白金版登场的神秘研究员冥王（プルート），他会在赤日离开银河队后，私自掌管银河队，不过最后仍被玩家给解散了。
尽管冥王私自掌管银河队，银河队多数成员仍在镇星的掌管下，而伙星和岁星则在赤日离去之后并退团了。
官方有略为提到，赤日的年龄为二十七岁，尽管如此，他的外表看起来却十分老成。
在动画版中，赤日自愿走进异次元空间，之后并再也没下落，而在其他漫画媒体（特别篇、DP 物语），赤日皆被漂白了。
•首领赤日、银河队队员
•银河队干伙星、岁星、镇星、研究员冥王
第五世代反派- 电浆队（プラズマ団Team Plasma ）
作为第五世代的反派，电浆队的目的和前面几代反派的目标有些不太一样，他们的目标是解放神奇宝贝，然而其背后所暗藏的动机却并不单纯。
在黑. 白版，电浆队表面上是由其内部的王N所统率，实则由其父魁奇思（ゲーチスGhetsis ）统领，其下又有近伺暗黑三子，六位贤人（和魁奇思并称七贤人），以及帮忙照顾N 的爱与和平女神（同时也是魁奇思的养女）。
在剧情中N 会不断的与主角接触，并且向主角阐述自己的理念，玩家甚至还会在摩天轮上与他面谈。N 希望自己的朋友（神奇宝贝）不被人们所利用，因此想从人类手上解放它们。
然而电浆队的做法却有些争议，他们除了到处去演讲传教外，私下还会夺走其他训练家的神奇宝贝来解放，甚至希望能藉由合众两龙的力量来压制神奇宝贝联盟，进而达到解放所有训练家的神奇宝贝，这么做的理由并是因为魁奇司希望能自行掌握兵武（神奇宝贝）而不让其他人也拥有，然而N 并不知道这点。
在黑版，N 会选择复苏代表理想的捷克罗姆，在白版，则是代表真实的雷希拉姆，并且他会早先一步击败冠军阿戴克，实践之前超越冠军的说词。
玩家必须在挑战完四天王后，于联盟地底升起的N 之城里，收服与其对应的合众之龙，与之对抗。之后随着剧情的发展，魁奇思并会露出真面目，同时也揭示了N 的身世。
原来N 是魁奇思捡来的，因为N 具有神奇的能力，除了天资聪颖外，还能够与神奇宝贝互相沟通，于是魁奇思并将他培养成电浆队的王。
为了不受到外界干扰，他将N 关在房间里养大，并且只让他接触受过人类伤害的神奇宝贝，好让他不对电浆队的行为产生质疑。
在玩家击败他之后，国际刑警大帅并会将其逮捕，而N 也重新有所体悟及思考，并且还说一开始并听见玩家神奇宝贝的心声，说与玩家在一起很快乐，但他不想轻易被动摇信念，于是并不断试探玩家。之后他并向玩家道别乘着他的龙离开了。
而在两年后的黑版2. 白版2 ，魁奇思再次率领电浆队复活了，这次他的目标是利用合众三龙的酋雷姆的冰封之力来征服世界，并搭乘电浆队的飞行巡防舰在合众地区到处移动。
在黑版2. 白版2 中，电浆队的制服也从白色换为黑色了，而白色制服的电浆队仍然会登场，秉持着单纯解放神奇宝贝的理念，与之抗衡。七贤人亦分成了两派，其中白色制服的电浆队是由红贤人带领的，爱与和平女神亦在这一方，紫贤人则是黑色制服电浆队的一员，暗黑三子亦在这一方。
这次率领电浆队的新首领是研究员阿克罗玛（アクロマColress ），而里首领依然是魁奇思。不同的是，阿克罗玛是魁奇思雇来的，并非魁儡首领，而阿克罗玛本身的态度也很中立，只是因为魁奇思提供其研究，才加入电浆队，本人只对神奇宝贝如何变强感兴趣，甚至之后还会帮主角一把。
在玩家遭遇魁奇思后，他会操控酋雷姆命令他消灭玩家，不过被N 及时赶到阻止了，然而魁奇思就是在等N 来，马上并让酋雷姆进行合体，把N 的黑龙（黑版2 ）/ 白龙（白版2 ）给吞了，转换型态为黑酋雷姆/ 白酋雷姆，玩家必须击败转换型态后的酋雷姆，之后魁奇思并会因为计画再次失败而崩溃飙骂，然后被暗黑三子给架走，并表明他已精神失常。
N 在历代角色中，算是人气十分高的角色，同时也是黑. 白版投票中人气最高的角色，以及任天堂于2012 年举办的人气角色TOP20 中的第十二名。在动画版，不同于游戏，N 被彻底漂白了（尽管仍给予了暧昧的立场），在漫画特别篇，则是有些微黑化。
其全名为Natural Harmonia Gropius，并且设定为二十岁（黑. 白版），身高180 （而魁奇思则是将近200 ）。由于Gropius和热带龙的英文Tropius很像，官方又有设定他疑似是人类与神奇宝贝的小孩，因此经常被同人恶搞为热带龙的小孩。另外，他还被描述具有看透过去和未来的能力天然鸟。他亦是个数学天才，喜欢玩门格海绵，讲话有时会参杂数学用词并且速度很快。
阿克罗玛由于发型的关系，经常被戏称为卫星头。在动画版，其立场为标准反派。
由于暗黑三子并未曾露出真面目过，因此在黑. 白版时，很多同人猜测他们其实是三曜市的三胞胎道馆馆主，游戏中亦对此添加了一些暧昧的要素。然而于黑版2. 白版2 ，官方并于游戏剧情中表明他们与三曜馆主是不同人。
魁奇思的右手臂，于各媒体皆很少露出，不过官方已有明显的图片表示其右手臂是黑色的。此外，他的眼罩，以及与三头龙的关系，亦是不少同人创作的题材。
魁奇思亦是七贤人中，唯一不是以颜色命名的角色。
•表首领N（黑.白版）（黑版2.白版2官绘）、里首领魁奇思（黑.白版/黑版2.白版2官绘）
•表首领阿克罗玛（黑版2.白版2）
•电浆队队员（黑.白版/黑版2.白版2）
•七贤人中的红贤人ロット与紫贤人ヴィオ（黑版2.白版2像素图）
•暗黑三子（黑版2.白版2官绘）
•暗黑三子漫画特别篇前期造型
•爱女神巴贝娜（左）&和平女神荷莲娜（右）（黑.白版截图）
而第六世代的反派则是フレア队（Team Flare ）
，他们的目标是创造美丽的世界，因为他们觉得生物过多了（特别是人类）让这个世界变的很污秽，为此他们打算牺牲所有人和神奇宝贝，启动隐藏于卡洛斯地区（カロス地方）的最终古代兵器，将世界纳入他们的管理。
该兵器据说曾在三千多年前中止了战争，不过为此牺牲了很多生命，因此被封印了起来，而要启动该兵器，他们并需要传说神奇宝贝ゼルネアス（X 版）和イベルタル（Y 版）的力量，而它们的能量来源据信是众生命的能量......
该团体是由フラダリ（Lysandre ）所率领，他与卡洛斯地区的神奇宝贝博士プラターヌ博士亦是好友，此外，フラダリ亦是三千多年前卡洛斯地区国王的后裔。
•首领フラダリ、フレア队队员
•フレア队研究员干部
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