发酵床养鸡是通过在垫料上接种菌种，然后通过垫料对鸡粉的吸附作用与菌种的分解作用实现零排放、无污染、无臭味的一种养鸡模式。但是使用发酵床养鸡并不是一劳永逸的，平时还是需要做好日常的维护与管理，不然就会容易造成死床。导致鸡粪臭味无法分解。
鸡进发酵床鸡舍内第一周为观察期，防止垫料表面扬尘。此周内一般不用特殊管理，主要观察鸡排粪拉尿区分布情况，鸡活动情况，发现有无异常现象，做好相关记录。
一周后，一般每周根据垫料湿度和发酵情况翻动垫料1-2次。若垫料太干，灰尘的出现，应根据垫料干湿情况，7-10天定期向垫料表面、圈舍喷洒适量的“加强型活力发酵床复合菌”的激活液，一是补充水分，二是起到“消毒”除臭的目的（以菌治菌）,同时也加快对排泄物粪便的降解、消化转化速度；用粪叉等工具把特别集中在一起的鸡粪分散开来；在特别湿的地方撒入一些干的锯末、谷壳等新垫料原料；用叉子或翻耕机把比较硬（结块）的垫料翻松 。
从进鸡之日起每30天，大动作地翻垫料一次。在鸡舍内用叉子或耙子等工具，在粪便较为集中的地方，把粪尿分散开来，并从底部反复翻弄均匀；水分很多的地方添加一些干的锯木、谷壳等垫料原料；看垫料的水份决定是否全面翻弄。如果水份偏多，氨臭较浓，应全面上下翻弄一遍。看情况可以适当补充分些有营养的垫料原料和发酵床菌种（加强型活力发酵床复合菌种）。
夏季垫料维护技术要点：夏季垫料的维护与其它季节不同，首先夏季垫料深度可适当调低一些，但最基本的高度在15cm以上是必要的，一般20cm深的垫料比较合适，在保证发酵的同时还能避免发酵产热太多。其次，夏季不用将粪便均匀散开，让鸡只排粪尿自然形成一个排粪尿区，如何稍微集中一些掩埋粪便，具体根据发酵床自身的实际情况而定。
由于夏季气温相对高，其本身及附近区域发酵效率相当高。如有粪便堆积，可顺势向后堆积，其他区域由于发酵营养源的缺乏，其发酵效率得到抑制而使垫料表面凉爽。再次，当用常规降温措施均不太理想时，如当天最低气温高于25℃时可考虑向垫料滴水降温。由于滴水使滴水区域垫料水分过大而达到抑制该区域及周边区域发酵菌的发酵，同时受高温气候影响该区域形成较大的水分蒸发区，由于水分蒸发而带走周边热量而达到降温效果，这种方法一般很少用到，只要圈舍本身的通风效果好，周边有遮阳物体就不会特别热。
