1、元朝汉化程度很低，清朝汉化程度高
尽管忽必烈有意识融合汉文化，但始终没能找对方法，蒙古人在中原的97年时间，就是中华文明停顿的97年,甚至是倒退的97年，南宋时期极为繁荣的文化、科技、经济，受到极大的破坏，而蒙古统治者并没有想要恢复这一切，他们甚至还想把中原的城市房屋道路都拆了，建成大草原方便畜牧。
满清则恰恰相反，虽说满清不如北魏孝文帝改革那样汉化的彻底，但是却比之元朝强上许多，虽说满清一直没有形成对中原的主人翁意识，一直觉得自己是客人，所以晚清时期的清政府，成为洋人的政府。不够清朝也有很多可取之处，如允许八旗子弟与汉人联姻。
2、元朝没有获得蒙古族中下层的支持，而清朝八旗满族底层始终与大清站在同一阵营。
元朝不重视对蒙古中下层的生活保障，后期纷纷沦为赤贫，甚至不少底层蒙古人沦为汉人地主奴隶，还需要朝廷花钱赎回。元朝不重视基本盘，没有形成稳定的特权阶级与国家休戚相关。所以，蒙古贵族自身无法独立支撑暴力政权
反观清朝，在八旗制度上有一定优越性，使得所有的八旗子弟从中获益，并被牢牢地绑在大清的马车上。
3、元朝官员贪腐严重，清朝相对清廉
元末引起全国起义，很大一定程度上归咎与腐败的元朝官吏，元朝前期极少举办科举，主要采取世袭、恩荫与推举制的方式，选出的官吏个个贪恋财物，想尽方法盘剥民脂民膏，老百姓为了生存，反抗是唯一的道路。而清朝在雍正以及乾隆的整治下，贪腐情况好了许多。
4、由于元朝二元制的不彻底，所以大元在汉地仍建立了许多实施草原联盟和分封制度的飞地，经济上则是由色母人掌握命脉，实施贸易和包税制，实际上仍是将元帝国的统治体制凌驾于汉地郡县编户齐民制度之上，因此必不能取得长治久安。
而反观清朝，在满蒙贵族联合管制汉民的这个大框架下，汉地的治理严格遵循了汉地的传统，郡县、里甲、赋税，软的就如同儒家宗族控制，甚至颇有些一国两制的感觉。
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