1. 计时引爆摩天楼
新一收到了来自世界知名建筑家——森谷教授于其宅邸举行的晚会的请帖。柯南、小兰和小五郎应邀出席，同时凶手连续发来炸弹预告，城市陷入了恐慌。
2. 第14个目标
目暮警官、小兰的母亲妃英理、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。
3. 世纪末的魔术师
罗曼诺夫王朝的皇室秘宝，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗基德寄出"犯案预告信"准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防秘宝被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。
4. 瞳孔中的暗杀者
专针对警察的连续杀人案件发生了，已经连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。这时，小兰却因承受不了佐藤警官重伤昏迷的打击，从而患了逆性健忘！失去记忆的兰不断受到犯人的攻击，为了找回记忆，众人带兰去热带公园。
5. 通往天国的倒计时
柯南一行人来到全日本最高双塔摩天大楼参加开幕典礼，在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼，不久之后第一个杀人事件发生了。在那附近，柯南目击到难以置信的东西。黑色的保时捷356A。并且灰原也开始与什么人秘密联系。
6. 贝克街的亡灵
柯南等人闯入夏洛克·福尔摩斯活跃的100年前的伦敦。世界最先进的虚拟体感游戏"茧"操纵着50个人的生命。柯南和父亲工藤优作一同挑战人工智能"诺亚方舟"。
7. 迷宫的十字路
东京、大阪、京都的5名男子遭到杀害。警视厅的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部开始联合调查。与此同时，小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。
8. 银翼的魔术师
东京的最新景点。那里某栋大楼的屋顶上，与柯南对峙的是他的宿敌怪盗基德。柯南、小兰、小五郎和牧树里收到了怪盗基德的预告函。小五郎得知牧树里在舞台剧《约瑟芬》上使用蓝宝石戒指"命运的宝石"，做出了当晚基德会前来抢走宝石的推理。
9. 水平线上的阴谋
在太平洋航行的阿佛洛狄忒号。柯南小兰、小五郎，还有少年侦探团和阿笠、园子等一行人，参加了它的处女航。靠八代财团的威信建造的那艘船上，邀请了许多政界和演艺界的名人。在船上，有个可疑人影在行动。最终，发生了杀人案。
10. 侦探们的镇魂歌
小五郎接到了侦探委托。委托人将ID交给了少年侦探团和小兰，他们兴高采烈地去乘坐超人气过山车，可是那个ID设置了炸弹。如果不能解决委托，将会令其爆炸。时限为截至闭园的12个小时。不断提供提示的神秘男子，将柯南称为"工藤新一"同样和叶也被当作人质。在与服部平次会合的同时，柯南全力向真相逼近。
11. 绀碧之棺
柯南一行人在太平洋小岛"神海岛"上度假。传说中沉睡着300年前真实存在的两个女海盗安娜·邦妮和玛丽·里德留下的财宝，因此吸引了很多宝物猎人。这时，在海底宫殿附近潜水的小兰等人面前，猎人之一被鲨鱼袭击身亡，但柯南推理这不是意外。
12. 战栗的乐谱
柯南等一行人，受到了这位钢琴家的邀请，出席由他出资建造的音乐厅的落成典礼音乐会。可是，在音乐会正式举办前，陆续发生了许多可疑案件，而正式演出当天，柯南他们所在的音乐会会场突然发生了爆炸，陷入一片火海。
13. 漆黑的追踪者
以东京为中心发生了6起连环杀人案件。除目暮警部外，还有各县刑警和小五郎参加了调查会议。令柯南意想不到的是，他发现一位会议上的刑警进入了一辆跑车里。"黑衣组织"中的一人潜入了调查会议，并乘琴酒的车逃走了，危机一触即发。
14. 天空的遇难船
针对以全世界珍贵宝石为目标的怪盗基德，大富豪·铃木次郎吉发出了挑战书：有本事就来盗取世界上最大的飞艇铃木号中收藏的宝石"天空的贵妇"吧，时间限制为东京⇔大阪间的6个小时。被次郎吉招待的小五郎、小兰、柯南、少年侦探团的孩子们也乘上飞艇，就在此时，神秘组织"红色暹罗猫"袭击了飞艇。
15. 沉默的15分钟
"针对你这4年傲慢无礼的执政期，在此施下天诛的警告！"12月某天，朝仓东都知事收到一封恐吓信。第二天，刚开通的都营地铁隧道被炸毁。不过，多亏了从小五郎那里得知恐吓信的柯南，才避免了惨剧。柯南等人到建好水坝的新潟县去。迎接搬迁5周年纪念仪式的北之泽村，很多人在一起围观。柯南刚开始调查，却在雪原上发现了死因不明的遗体。
16. 第11个前锋
毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了。若不能根据犯人寄来的挑战书解读神秘暗号，便无法阻止接下来的爆炸。而正当柯南与灰原哀和少年侦探团一起、沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中的时候，得知了威胁电话的事情，为了解读暗号柯南独自一人离开了球场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。
17. 绝海的侦探
海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然发现了没有左臂的遗体,着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍"X"。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。
18. 异次元的狙击手
以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。
19. 业火的向日葵
曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，次郎吉打算召集通称为"七武士"的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。
20. 纯黑的噩梦
某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入,甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃，间谍的车被FBI赤井秀一的来福枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩，发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动，而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。
21. 唐红的恋歌
大阪的地标——日卖电视台突然发生了爆炸案。此时，台内正进行由日本百人一首协会带头的"皋月会"的发布会的录制。突发的事态引发了大恐慌，从轰隆作响的即将崩塌的大楼中，案件如恐怖袭击一般，然而犯人的目的无人知晓，甚至连犯罪声明都没有出现的无法理解的状况令柯南和平次不禁感到蹊跷。与此同时，在京都岚山的日式住宅内，发生了皋月杯冠军遭杀害的案件，那时，在杀人现场的显示器中映现的，是红叶的身影。
22. 零的执行人
东京湾的新设施"海洋边缘"成为东京峰会召开地。这样的超巨大设施，某天突然发生了大规模爆炸案！。现场留下的作为证据的指纹，与曾在警视厅就职的毛利小五郎的指纹一致！这是什么样的阴谋。柯南与安室围绕小五郎的逮捕开始敌对。神秘的存在——安室透，究竟是敌人，还是伙伴？"绝密任务"的倒计时，已经开始向"那个时候"转动起来了。
23. 绀青之拳
在19世纪末与海盗船一同沉入新加坡近海的世界上最大的蓝宝石"绀青之拳"。现场留下了怪盗基德沾有血迹的预告函。另一边，为了观看在新加坡举办的空手道锦标赛，小兰和园子来到了当地。不久，基德得到了在某个宅邸的地下金库中沉睡着蓝宝石的情报。他以为很简单就可入侵成功，但无比危险的陷阱等待着基德，挡在他面前的，是400战无败绩的最强空手道家——京极真。基德的命运是……在那之后，就如预兆着什么不祥之物一般，从新加坡的象征——鱼尾狮中喷出了被染为鲜红的水！
