蓝藻是一种分布广、适应性很强的藻类，特别是高温季节和养殖后期，蓝藻就会大面积的繁殖。对于蓝藻问题，一般是不建议以杀为主，为什么呢？就因为治标不治本，杀完藻后几天就复发，而且我们想要培起来的优良藻类也会被杀灭，甚至比蓝藻死得更彻底，整塘水都寡寡清清，没肥力，培不起藻。
那么，用生物的方法处理蓝藻，是最彻底最安全的方法，也是没有任何副作用，主要的处理方法如下：
1、本质上要快速提高水体碳氮比，降低PH值；（高碳氮比的“发酵碳肥”用量要足）
蓝藻泛滥之时，实质上也是池塘水体碳氮比严重失衡之时，其他的池塘生物物种被显著抑制，极大幅度地提高碳氮比，可以破坏蓝藻一家独大的生态局面，促进其他生态链中的生物如菌相和优质藻相的繁殖和占比，做到这一点，一定要狠下碳源；而且要使用“发酵碳肥”，“发酵碳肥”的用量要足；
“发酵碳肥”可以用碳氮比最高的“发酵玉米液”，木薯红薯多的地方也可以采用“发酵木薯液”或“发酵红薯液”，总之是要发酵淀粉含量高，蛋白含量低的原料为准，这些原料的碳氮比都非常高，大都在60比1以上的碳氮比；
2、接种强势菌相，量要大；（最好能充气扩培活化处理）
首先大量的“发酵碳肥”中本身也含有大量的乳酸菌、低耗氧芽孢杆菌、酵母菌等；然后要用到相对强势的菌株，如繁殖极快的粪肠球菌、低耗氧低营养的芽孢杆菌等。
3、采用必要的辅助手段
上面两条是从根本上处理蓝藻所处水环境，是最主要的手段，但也不能忽视一些辅助手段；
（1）让水流动起来，蓝藻喜欢静水，而其他特别是优质的菌相和藻相则喜欢流动水，所以，开动增氧机，让水流动起来，是必要的措施；
（2）适当的遮光处理，蓝藻喜欢强光，采用腐植酸钠进行遮光处理，可以抑制蓝藻的繁殖，促进其他有益藻的繁殖；同时也地促进了水体中被蓝藻破坏的微量元素和矿物质的营养平衡；
处理蓝藻不能靠杀，更主要的还是用以上生物的方法处理蓝藻，高效又安全。
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