佛教为了宣扬其教理，往往用一些浅显的故事来讲解很多深奥的道理；同时，为了强化释迦牟尼这一崇拜对象在信徒中至高无上的地位，就十分重视对佛教创始人释迦牟尼的宣传。所以佛教寺院和石窟中，雕刻或绘制的有关释迦牟尼传记的故事（简称佛传故事）随处可见。
敦煌壁画中主要有三类故事画：第一种是佛传故事，也称“本行”故事，主要讲述释迦牟尼生平事迹；第二种是本生故事，主要讲述释迦牟尼前世的故事；第三种称作“因缘故事”，讲与佛相关的一些因果报应故事。佛教是讲轮回、讲报应的，认为现世的很多福或难，都与前世种下的“因”有关。虽然这些思想具有很强的迷信色彩，但许多本生故事最初是来源于古印度的民间传说或寓言故事，具有朴素的劝善惩恶的思想，今天看来仍然具有一定的积极意义。此外，还有少量的佛教史迹故事画，是讲佛教发展史上的一些高僧或某些地方的佛教圣迹的传说故事。
出游四门，北凉，第275窟
释迦牟尼本名乔达摩·悉达多，大约在公元前565年诞生于古印度的迦毗罗卫国，父亲是净饭王，母亲是王后摩耶夫人。关于悉达多太子的诞生，有着种种神异的传说。据说摩耶夫人梦见了一个菩萨乘六牙白象而来，于是身怀有孕。按古印度的习俗，妇女生育当回娘家。于是怀胎将满十月之时，摩耶夫人在很多宫女的陪伴下回家，途中经蓝毗尼园，摩耶夫人觉得身体不适，便徐徐来到园中，当她手攀无忧树时，太子从她的右胁生了下来。原来，释迦不愿使母亲受到分娩之痛苦，就从腋下降生了。太子刚生下来就能行走，他走了七步，每走一步后，脚下就生出一朵莲花。他用手指天指地说：“天上天下，唯我独尊。”这时天上有九条龙喷洒甘露为太子沐浴。摩耶夫人和太子回到宫中，净饭王非常高兴，为太子取名叫悉达多。
乘象入胎，唐，第57窟
太子从小学文习武，受到很好的教育，并娶觉善王之女耶输陀罗为妻。他生活在宫中，享尽人间的快乐。然而，太子常常感到忧郁，因为他在城外出游时看到人间有疾病、衰老和死亡等诸多痛苦，陷入了苦苦的思索。这段经历称为“出游四门”。他想寻找一条解脱人间痛苦的途径，在29岁那年，悉达多决定出家修行。为了避免国王阻拦，他在一个夜晚离城，到山中开始了苦修的生涯。这一经历称作“逾城出家”。
他每天只吃一点豆羹以维持生命，经过了6年的苦行，他感到苦修并不能解决问题，于是到尼连禅河洗尽了6年的污垢，并接受了牧女施舍的牛乳，慢慢地恢复了体力，当他在菩提树下沉思默想时，战胜了心中的一切魔障，突然间得到了大悟，从此，明白了人间的真谛。这件事称作“降魔成道”。他开始收徒讲学，宣扬他的理论，这就是“初转法轮”。他所主张的教义就是佛教。他被尊称为释迦牟尼，意思是释迦族的圣人。后人又称他为佛陀，意为大彻大悟的人。佛教成立后，发展并不是十分顺利，释迦牟尼不断地到各地说法，扩大佛教的影响。公元前484年，释迦牟尼于拘尸那城的双树林中涅槃。
夜半逾城 唐，第57窟
描绘释迦牟尼生平的佛传故事，大多是依据佛经中的有关记载来画的。佛经中往往把释迦牟尼神格化，带有很多神异的色彩。这也是敦煌壁画故事画的一个特色。在莫高窟时代最早的洞窟第275窟南壁就出现了佛传故事画，表现悉达多太子在出家前“出游四门”，分别遇见老人、病人、死人及僧人的情景，由于壁面损毁，只剩下三个场面。画中人物形象具有西域人物的特征，而城门的建筑则是明显的中国传统建筑形式，门楼的屋檐及斗拱等历历可见。
石窟中的佛传故事画大多选取一两个有代表性的情节来表现，如释迦诞生前摩耶夫人梦见白象的场面，称作“乘象人胎”。悉达多太子决定离家修行而骑马逾城的场面，称为“逾城出家”。这两个情节，一个象征着释迦的诞生，一个象征着释迦牟尼修行的开始，是壁画中最为常见的佛传场面。在隋及唐初的洞窟中往往在正面龛两侧分别画出这两个情节，具有装饰效果。如第57、209、329窟就是典型。一边是菩萨骑白象从空中而来，伴随着还有很多天人演奏音乐；另一侧是悉达多太子乘马腾空而起，有四个小天人托着马足，周围飞天散花飞行，气氛热烈。
降魔变 北魏，第254窟
降魔成道和初转法轮也是表现佛传的重要场面。前者表现释迦牟尼成道时，魔王波旬深恐释迦的成道威胁到自己，就率众魔军前来企图杀死释迦牟尼。可是面对众魔围攻，释迦镇定自如，以神通力击败了魔军，使众魔伏首归降。表现这一主题的画面也称降魔变，在印度和犍陀罗的雕刻中就很常见。敦煌北魏壁画中的降魔变在构图上完全继承了外来构图形式和形象性，如第254窟南壁上，佛安坐在中央，周围各式各样的妖魔手执各种武器，向佛袭来。画面下部描绘魔军败北后跪在佛前的样子，左侧还描绘了三个美女正对着释迦搔首弄姿，而下部右侧则有三个面貌丑陋的老女人。这是表现魔王波旬见魔军不能战胜释迦，便施美人计，企图以美女来诱惑释迦；但释迦不为所动，并施神力，把美女变成了又丑又老的老婆子。
初转法轮表现的是释迦牟尼成佛后到鹿野苑第一次说法的情景，也称鹿野苑说法。通常描绘佛在说法，佛前有两只鹿象征着鹿野苑，并有三个圆形的法轮。佛两侧画有比丘5人，代表最早跟随释迦的5个比丘，在北魏第260、263窟都画有初转法轮图，特别是第263窟壁画保存如新。
涅槃图 北周，第428窟
涅槃图也是佛传中的一项重要内容，释迦牟尼的涅槃意味着肉体的消失和灵魂的升华，从此进入不生不灭的状态，对于佛教来说，从此佛不再是一个实体的人物，而是一个永远存在的精神导师。因而涅槃就是佛教的最高境界。涅槃图在佛教艺术中具有十分崇高的地位，这一点与基督教艺术中描绘被钉在十字架上的耶稣表现的是同样一种宗教境界。北周第428窟西壁的涅槃图是莫高窟最早的涅槃图，其表现方法与中亚的佛教艺术一致，描绘佛安详地卧在双树下，周围有众多的弟子环绕，弟子们表情悲哀，大弟子迦叶抚足悯哭。全图充满了伤感的情调。
佛传图局部 北周，第290窟
最完整地表现佛传内容的壁画当数第290窟人字披顶的佛传图，表现了从佛的诞生、出家直到成道为止的故事。如连环画一样，在人字披的两披各以三段长卷画幅相接续，共六段画卷，画出87个情节，可称为最长的连环画了。画面线描流畅而清晰，色彩简淡，以建筑、山水为背景，人物造型简练，体现出早期壁画故事画艺术的成就。五代的第61窟也在南、西、北三壁的下部利用屏风画分割的形式，画出完整的佛传故事。它的内容更为丰富，从佛诞生之前的种种传说故事到佛涅槃为止，共画出128个情节，是莫高窟内容最为丰富的故事画，在现存的佛教艺术中也是十分罕见的。画面中还可以看到当时人们的社会生活的种种面貌，如宫中生活、歌舞宴乐、骑射比武、市井生活、农耕景象等等，反映了中古社会的种种生活状况。
九色鹿本生局部 北魏，第257窟
九色鹿本生故事本来是古印度流传很广的传说，佛教产生后，这个故事也编入了佛经中。故事讲的是在古代印度的恒河岸边，住着一只美丽的鹿，它的皮毛花纹灿烂，有九种颜色，所以称为九色鹿。一天，九色鹿正在河边散步，突然听到河里传来一阵急促的呼救声。九色鹿循声跑去，只见一个落水的人正在激流中挣扎。善良的九色鹿见状，不顾自己的安危，毅然跳进激流中，游到落水人跟前，把那人背在背上，奋力游回了岸边。
落水的人千恩万谢，跪在九色鹿前说：“恩人啊，真不知道怎样报答你才好。”九色鹿平静地说：“不用感谢，但有一点请你答应我：就是你回去后千万不要把我所在的地方告诉任何人。人们贪图我的毛皮，可能会加害于我。”落水之人指天发誓说：“我决不把您的行踪告诉任何人。如果违背誓言，让我全身长满毒疮，痛苦而死。”当他回到城里时，看到城门口贴着一张告示，很多人正在围观。
原来这个国家的王后做了一个梦，梦见一只十分美丽的九色鹿。醒来后她要求国王把九色鹿捕来，取下毛皮来为她做衣服。国王以为只不过是一个梦罢了，未必就真有九色鹿；但为了满足王后的要求，就叫人贴出一张告示，上面写着：有知道九色鹿行踪者，愿意分一半的国土给他，并赏赐金银无数。那个落水人看到的正是这一则告示，在重金的诱惑下，落水的人变得无比贪婪，便忘记了自己的誓言，向国王报告了九色鹿所在的地方。
第二天，国王带着大批军队来到了恒河边的那一片树林。九色鹿根本不知道大难快要降临，它正在林中午睡。它的好友乌鸦把它叫醒时，国王的军队已经将它团团包围了。九色鹿突然看见落水的那个人在国王前面带路，马上明白了一切。它昂首走向国王，对国王说：“贤明的君主啊，我曾有恩于你的国家，为何却要杀我？”接着它把前一天在恒河边救人的事一五一十地告诉了国王。
国王听了十分感动，他说：“鹿为兽类，尚且知道善恶，而人却怎么能做出此等忘恩负义的事？”于是下令，从此以后不许任何人伤害九色鹿。那个落水之人自从告密以后，浑身长满了毒疮，发出恶心的臭味，不久便痛苦而死。这个故事画在莫高窟第257窟的西壁，画家采用了中国传统的长卷式连环画的形式，按两头到中央的顺序，详细描绘了故事发展的经过，把九色鹿向国王陈述事情经过的场面画在中央，突出了九色鹿正直善良的品格，它昂然挺立的形象给人以深刻的印象。
萨埵本生 北魏，第254窟
在莫高窟第254窟南壁还画出了“萨埵本生”的故事。讲的是古代印度国王有三个儿子，最小的名为摩诃萨埵。一天，兄弟三人一起在山林中游玩，返回的路上，发现一只母虎躺在崖下，已饿得奄奄一息，旁边还有几只小虎，饿得嗷嗷直叫。三人都很同情，但谁也想不出救助它们的办法。萨埵想找一些食物给老虎吃，但哥哥告诉他：老虎只吃新鲜血肉，别的东西无济于事。于是萨埵太子暗自决定要救活这些老虎。他让两个哥哥走在前面，自己悄悄地返回了老虎所在的地方，躺在地上让老虎吃他。可是几只老虎饿得连咬他的力气也没有了，萨埵很焦急，他找到一根木刺，爬到山崖上，用木刺刺破喉咙，然后跳下山崖，落在母虎身旁。母虎和幼虎舐食萨埵流出的鲜血，渐渐地有了力气，就把萨埵太子身上的肉吃光了。再说，萨埵的两个哥哥发现三弟不见了，慌忙返回山中寻找，却见山崖下只有一堆白骨，他们明白了萨埵为救老虎已经舍身，不胜悲痛，便匆匆回到王宫，报告了国王。国王和王后闻讯哀伤不已。两兄弟收拾萨埵遗骨，造塔供养。这个故事情节十分曲折离奇，画家把故事的全过程画在一个方形的画面中。画的中心是三兄弟朝下观望，沿着他们的视线，我们看到右下侧一只面目狰狞的老虎，正在啃咬一个横躺着的人，这是全画面的中心；右侧描绘萨捶太子刺项、跳崖两个持续性的画面，正与“饲虎”这一场面衔接起来，使画面充满了悲壮的色彩；左下侧画萨捶父母抚尸恸哭，更烘托了画面的悲剧气氛。整个画面结构紧凑，色彩强烈，在视觉上给人以戏剧效果，是早期故事画的优秀之作。
萨埵本生 北周，第428窟
同样的内容也被画在北周第428窟东壁，在这里画家通过上下三段的长卷式画面，把萨捶太子与二兄离家、进山、见虎、饲虎直到造塔供养等共14个情节一一详尽地画出来，这种连环画的形式虽然不像第254窟画面那样集中、强烈，但却描绘具体，明白易懂，所以北魏以后壁画中，连环画形式更为流行。
尸毗王本生 北魏，第254窟
在北魏第254窟北壁有一幅尸毗王本生，描绘古代一个叫尸毗王的国王乐善好施，立誓普救众生的故事。一天，一只老鹰追逐一只鸽，鸽子生命危急，飞来飞去无处藏身，便来到了尸毗王的身边，请求尸毗王保护它。这时，老鹰已经追来，向尸毗王要鸽子。尸毗王说：“我立誓要拯救一切生灵，希望你不要吃了这只鸽子。”老鹰说：“如果今天我不吃鸽子，便会受饿而死，你为何只救它却不救我呢？”尸毗王说：“我给你其他的食品吧。”老鹰说：“我只吃新鲜血肉，其他一概不能吃。”尸毗王想到自己的誓言，既要救鸽子，又不能害了别的生灵，于是决定用自己的肉来换取鸽子的生命。他叫左右拿刀来，割自己腿上的肉给老鹰。老鹰对尸毗王说：“大王既然要用自己的肉代替鸽子，我也不敢贪多，就请用秤来称够与鸽子同样重量的肉吧。”尸毗王又让人找来一把秤，一头放鸽子，一头放从自己身上割下的肉。说来也怪，国王腿上的肉已经割尽，又把身上的肉也割完，还达不到鸽子的重量。国王想到自己的誓言，为了彻底救助这只弱小的鸽子，毅然举身坐上了秤盘，决定把全身都施舍给鹰。这时天地震动，诸天神为尸毗王撒下鲜花，割下的肉一下子都复还于国王身上。只见帝释天与大臣满面笑容站在国王前面说：“恭喜你成就了无上正果。”原来帝释天为了检验尸毗王对于施舍是否真诚，便与大臣分别变为老鹰和鸽子来试验，果然尸毗王于忍辱、施舍都意志坚定，符合佛教修行的要求。壁画上，画家着力刻画了尸毗王这一形象，他头微向前倾，表现出慈祥大度而又无所畏惧的精神。他一手托着鸽子，一手扬起阻挡老鹰。在他的左侧，一个面目凶狠的人正在一手操刀，一手用力取肉；右边一人，一手提着秤，秤的一边放着鸽子，一边则是坐着的尸毗王。周围画出国王的眷属们悲伤痛哭，更衬托出国王的安详与平静。
睒子本生局部 北魏，第299窟顶
睒子本生讲的是一个孝道的故事：古代迦夷国有一对长者夫妇，他们双目失明，幸而晚年得子，取名睒子。睒子长大后对父母十分孝顺。长者夫妇早就向往着到远离城市的山中过清净的修行生活，儿子长大能够照顾父母时，他们一家便住到深山里去了。睒子与周围鸟兽和谐相处，每日到溪边汲水，专心侍奉父母。一天，睒子身披鹿皮衣，去溪边级水，这时正好迦夷国国王带兵到山中打猎，见溪边有不少野鹿，就弯弓射箭，却没想到射中了正在溪边取水的睒子，睒子惊叫道：“你一箭射杀了三道士啊！”国王见射中了人，心中十分后悔，忙到跟前看望，听了睒子的话却十分不解，便问睒子，睒子说明了盲父母将无人照顾，难以在山中生活，说完便死了。国王非常难过，表示要代睒子养活盲父母，便亲自到盲父母处说明情况。睒子的父母随国王来到睒子死去的地方，失声痛哭，他们的哭声感动了天帝，于是天帝派人救活了睒子，并使盲父母双目复明。
这个故事画在北周第461、438、299窟都有描绘，其中第299窟画的最具代表性。画在窟的顶部北侧、沿藻井边缘的一条长画卷形式的壁面上，故事由两头向中间叙述，左侧由左至右描绘如夷国王在宫中，乘马出行，射猎及睒子中箭等情节。右侧则由右至左描绘睒子在山中侍奉父母，国王引盲父母到溪边，抚尸痛哭等场面。故事的结尾放在画面的中央，突出了睒子的形象。
善事太子本生故事画在北周第296窟的窟顶，讲的是古代宝铠国国王有两个儿子，一名善事，一名恶事。善事太子心地善良，常常把国库打开，把宝物施舍给穷人。可是，时间长了，国库渐渐空虚，大臣们颇有议论。善事太子感到应该想一个更好的办法，让人们都能得到财富。这时，有人告诉他在海底龙王处有如意宝珠，要什么就有什么。善事决定到大海里去找如意宝珠，这时恶事也想跟着去，于是善事与恶事辞别父母，分别率两条大船向大海深处进发。路上遇上了金山、银山，贪婪的恶事搬了很多金银上船，结果船载过重而倾覆。而善事太子坚持向前进发，在盲导师的带领下，经过很多艰难曲折，终于到达龙宫，向龙王求得如意宝珠。善事太子返回途中在一个岛上与恶事相遇，兄弟俩共述别离之情。恶事见善事取得宝珠，心生嫉妒，趁善事睡着的时候，用毒刺刺瞎了善事的双眼，抢走了宝珠，独自先行回国，又编造谎言，说善事太子已死，自己取得了宝珠。善事在梦中突然被刺瞎双眼，却不知是恶事所为。过了很久，有一牧牛人赶牛而过，牛用舌头舔出善事眼中的毒刺，善事太子随牧人来到了利师跋国，他请牧牛人帮他做一把琴，他每天在街上弹琴卖艺为生。不久国王果园的人见他可怜，就让他帮助看管果园，善事太子用绳子系上铃，每听到鸟声，就拉铃赶鸟，闲时就在树下弹琴自娱。利师跋国王有一个美丽的公主，她到果园散步时，听到善事太子的琴声十分动人，就常常来听善事弹琴，并与善事聊天，日子久了，她渐渐爱上了这个盲人。可是国王不同意他们结婚，公主却十分坚定，国王只得同意，让他们结婚了。后来才知道善事太子的来历，大家非常惊喜，原来从前公主就已许配给了宝铠国的善事太子。于是，国王派很多人护送善事太子回国。这个故事画以二段横卷式画面由右至左的顺序表现，共描绘了42个情节，其中太子出游、施舍以及耕作、渔人捕鱼、乘船航海等场面都表现得细腻而富浓厚的生活气息。
五百强盗成佛图局部 西魏，第285窟
五百强盗成佛的故事，也叫“得眼林”故事。
古代印度某国有五百强盗经常抢劫作乱，后来国王派官兵与强盗激战，终于把五百强盗全部收捕，处以极刑：有的挖眼，有的割鼻，强盗们在树林中痛苦哀号。哭声惊动了天上之佛，于是佛以慈悲心从天而降，为他们说法，使他们悔悟而争相皈依佛门。佛就撒下神药，使他们的伤口愈合、眼睛复明。五百强盗们改邪归正，努力修行，终于个个都成了正果。
这个故事表明即使是作恶多端的强盗，只要放下屠刀，也可以立地成佛。在莫高窟第285窟和第296窟都画有这一故事。西魏时代的第285窟南壁，以长卷式连环画的形式描绘这个故事，画面从左至右绘出了官军与强盗作战，强盗被捕、受刑、山中流放，佛为其说法，五百强盗皈依等情节。画家不仅画出了人物，而且对周围的环境也很注意，画出了高大的楼房，远处的山密、树木和水池，以及在山中的禽兽等。特别是佛为强盗说法的场面，画出了山丘环绕的水池，池中绿水荡漾，还有鸭子、鹭鸯等水禽；山中可见鹿子、狐狸等兽类；在佛的身后是一片翠竹。如果抛开故事内容，那么，我们看到的完全是一幅情趣盎然的山水画。佛说法时的这种平和美丽的气氛与画面表现的官军与强盗作战的残酷场面形成鲜明的对比，具有很高的艺术性。第296窟南壁也描绘了同样的内容，也是采用长卷式的画面，自右至左详细表现了官军出征、与五百强盗激战、俘获强盗、对强盗处刑、强盗悲鸣、佛对强盗说法、强盗皈依等情节，画面强调对强盗的战斗和处刑，有意炫耀王权的力量。
佛教初传中国的时候，讲究修六度(也称六波罗蜜，指布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧等6种修持内容)，因此，壁画中充满了关于施舍、忍辱和牺牲精神的本生故事，有的故事很难为中国人所接受。
在南北朝时经历了较长时间的儒、释、道之间的斗争，北魏武帝和北周武帝的时候，就曾采取了大规模的灭佛行动，拆毁寺院，破坏佛像，迫使僧尼还俗等，给佛教以沉重的打击。这样，使佛教不得不采取更为灵活的措施来适应中国的文化环境。为了与儒家思想妥协，宣扬孝道的故事也就多了起来，于是佛教快速地与中国传统文化相融合了。敦煌壁画中故事画的发展也反映了佛教历史上的这一史实。由于佛教需要描绘大量的故事画，也刺激了中国故事画艺术的发展。
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