C9联盟高校来源于985工程首批选定的9所大学
复旦大学
985工程是1998年5月开始的一项系统工程，旨在重点支持中国大陆的一批高校优先发展，成为世界知名的大学。985工程首批选定9所大学作为重点支持，目标是“创建世界一流大学”；随后，985工程又先后增加了30所大学，总数达到39所，后增加的30所定位为“创建世界知名高水平大学”。
最初985工程选定的9所大学是北京大学、清华大学、复旦大学、上海交通大学、南京大学、浙江大学、中国科技大学、哈尔滨工业大学、西安交通大学，这9所大学也成为了现在C9联盟成员，不过2014年，新生派的中国科学院大学正式参与C9联盟活动。
C9联盟堪称“中国常春藤联盟”
南京大学
九校联盟形式类似于美国常春藤联盟，成员大学在人才培养、科学研究等领域加强合作与交流，优势互补，被国际上称为“中国常春藤联盟”。
其主要合作内容有：成员之间实施本科生交流和研究生联合培养；联合举办系列暑期学校，打造国际知名的“C9”教育品牌；联合开展教材建设，教学与教改研究；联合举办以同专业本科生为主参加的联合野外考察、联合生产实习、联合设计实习、联合社会调查等各种专业实践和社会实践活动。
在本科生层面主要开展课程学分互认和学生第二校园学习交换，交换学生可以在另一学校进行一学期或多学期的学习，9校互相承认交换生在他校学习和交流期间取得的课程成绩与学分。
在研究生层面，依托各校的优势学科设立若干个学科培养平台项目，作为校际互访研究平台，面向9校研究生接受申请，获准者可进行为期半年或更长时间的访学研究。9校互认访学期间在他校取得的课程成绩与学分。
C9联盟对提高教学质量、促进人才培养都有积极作用
西安交通大学
联盟将对教师形成促进作用，比如某大学某一门课老师教得不是很好，就会有很多的学生去申请九所高校中这门课开的最好的老师，这会给教这门课的老师带来压力，从而促进其改进。
另外，各校鼓励自己的学生报考联盟内其他大学的研究生，也鼓励硕士生毕业生到联盟内其他大学去读博士，这在某种程度上对解决高校“近亲繁殖”现象有一定作用。
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