1939年，毛泽东46岁。
抗日战争走过1938 年，1939年进入相持阶段。于是，蒋介石的小心思又蠢蠢欲动了。1939年，毛泽东很多精力放在了反对国民党的摩擦上。在对付国民党顽固派上，毛泽东展示了高超的斗争艺术。
反对《防制异党活动办法》：“要国民党进步没有斗争是不行的”1939年1月21日—30日，国民党五届五中全会在重庆举行。会议声言仍要“坚持抗战到底”，但按蒋介石的解释，这个“底”就是恢复七七事变以前的状态。这次会议确定“溶共” “防共”“限共”“反共”的方针，原则通过《防制异党活动办法》，决定设置防共委员会，严密限制共产党和一切进步力量的言论和行动。
1月21日，毛泽东出席中共中央书记处会议，讨论周恩来本日来电，决定复蒋介石一电，说明取消共产党和马列主义绝对不可能，打断蒋介石企图取消共产党的念头。
1月22日，中共中央复电周恩来，拒绝蒋介石提出的国共两党合并为一个大党的主张，并要周恩来将中央复蒋介石电转交蒋。中央复蒋电中说：
两党为反对共同敌人与实现共同纲领而进行抗战建国之合作为一事，所谓两党合并则纯为另一事。前者为现代中国之必然，后者则为根本原则所不许。
2月4日，毛泽东在陕甘宁边区第一届参议会闭幕会上讲话，批评国民党五届五中全会所确定的反共、溶共方针，指出：
为国为民的共产党是绝对不应当溶化的，应当溶化的是那些发国难财、吃磨擦饭的顽固分子和其他的坏东西。国民党鼓吹的“一个主义”、“一个党”的谬论应该取消。
讲话还指出，对付国民党的“磨擦”，用“人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人”的原则。
2月5日，毛泽东在中共中央党校作题为《反对投降主义》的讲话，指出：
要达到抗战必胜、建国必成的目的，中心的任务就是要巩固和扩大抗日民族统一战线。要巩固统一战线，就要进行两条战线的斗争，反对关门主义与投降主义。现在国民党采取防共政策，要从政治上组织上瓦解共产党。我们的原则是：人不犯我，我不犯人；人若犯我，我必犯人。要记取陈独秀投降主义使大革命遭受失败的教训，反对政治上的软弱症，使自己的力量增强起来，才能巩固与扩大抗日民族统一战线，战胜日本帝国主义。
2月6日，鉴于国民党五届五中全会确定反共的方针，中共中央书记处电示南方局：“对此次参政会我们应宜采取较冷淡态度，以促蒋及国民党反省”。
2月8日，毛泽东出席中共中央书记处会议，会议听取王稼祥关于华北华中磨擦问题的报告。毛泽东发言指出：
国民党对我们的磨擦是取消我们已有的力量。现在我们党内许多党员对国共两党的区别存在模糊认识，不懂得我党力量增强才能巩固统一战线。要国民党进步没有斗争是不行的。
12日，毛泽东、陈绍禹致电国民参政会秘书处：“因事不能出席本届参政会，特电请假。”
对付河北和山西的摩擦：“中国的事，历来是有枪为大”5月4日，毛泽东出席中共中央书记处会议，会议讨论晋西北工作和河北磨擦问题。毛泽东发言指出：我们在河北的根本方针要达到以八路军为主，使八路军力量扩大，主任公署和县政权无论如何不取消。又说：
对最近国民党在瓦窑堡的磨擦，我们采取强硬态度已取得胜利。现在磨擦的中心区在庆阳，已发生武装冲突，庆阳附近五县我们坚持不让，如果打起来了，我们便提出与国民党谈判。
5月5日，毛泽东在八路军留守兵团军事会议上讲话。他说：
国民党中的顽固分子，现在对陕甘宁边区确定了一个方针，叫作“四面包围，中间破坏”，就是在边区四周搞军事进攻，在边区内部派奸细搞破坏。保卫边区，主要靠武装力量一留守兵团与保安队。中国的事，历来是有枪为大。我们要于革命，没有枪是不行的，只有民众运动没有枪，就要垮台。我们巩固陕甘宁边区，有一个方针、两条原则，一个方针就是“一步不让”，两条原则就是“人不犯我，我不犯人”和“人若犯我，我必犯人”。
讲话谴责最近国民党顽固派在瓦窑堡、陇东、旬邑等地制造磨擦，指出这次会议对磨擦问题要深刻地讨论清楚，这一个大问题。
平江惨案： “杀抗日的人，这是什么意思？”1939年6月12日，根据蒋介石的秘密命令，国民党军第九战区第27集团军派兵包围新四军驻湖南平江嘉义镇的通讯处，惨杀新四军上校参议涂正坤、八路军少校副官罗梓铭等 6人，称为“平江惨案”。
8月1日，毛泽东出席在延安南门外体育场举行的延安各界人士追悼平江惨案死难烈士大会，发表题为《用国法制裁反动分子》的演说。演说谴责中国反动派杀害新四军平江通讯处负责人涂正坤、罗梓铭等，指出：
杀抗日的人，这是什么意思？这就是说：中国的反动派执行了日本帝国主义和汪精卫的命令，准备投降。
演说强烈要求严惩制造平江惨案的反动派，取消反动的《防制异党活动办法》。
9月16日，会见随北路慰劳团来延安的中央社记者刘尊棋、《扫荡报》记者耿坚白和《新民报》记者张西洛，回答了他们提出的问题。谈关于磨擦问题，毛泽东说：
我们已向蒋介石和国民政府提出，要求取消那个秘密流行成为各地磨擦根源的所谓《限制异党活动办法》。
现在汪精卫有三个口号：反蒋、反共、亲日。我们的口号一定要与汪精卫的口号对立起来，而绝不能混同。共产党不是国民党的敌人，国民党也不是共产党的敌人，不应该互相反对，互相限制，而应该互相团结，互相协助。
处置“晋西事变”：“对叛军进攻绝不让步”“在拥阎之下反阎”1939年12月1日，阎锡山命令共产党领导的抗日决死队第二纵队于5日进攻日军，此举将使该部置于日顽两面夹击的境地。因此，第二纵队拒绝执行命令。阎锡山便宣布第二纵队为"叛军"，下令"讨伐"。以晋绥军6个军的兵力，向位于隰县和孝义县一带的新军攻击。
阎锡山：
12月3日，阎锡山的晋绥军进攻驻晋西南地区的决死队第二纵队和八路军第一一五师晋西独立支队。抗日决死队第二纵队苦战突围，部分转入晋西北。
阎锡山随即袭击八路军后方医院，惨杀了山西省隰县等6个县的民主政府和牺盟会干部以及八路军第115师伤病员1000余人。同时，阎锡山命令晋绥军赵承绶部进攻晋西北抗日决死队和第115师第358旅。
在晋东南，晋绥军孙楚部暗中勾结日伪军，进攻抗日决死队第三纵队，杀害共产党领导的军队600余人，绑架了1000余人。沁水县、阳城县、晋城县、浮山县和长治县等抗日政权被摧毁。12月4日，孙楚袭击阳城县牺牲救国同盟会《新生报》报社，编辑王良被活埋。
12月8日至26日，国民党军第二战区第8集团军总司令孙楚奉阎锡山之命率独立第8旅进攻山西新军决死队第1、第3纵队，并破坏晋东南地区沁水、阳城、晋城、高平、陵川、壶关、长治等 7县抗日民主政权，杀害共产党员及其他进步分子五百余人。这就是震惊全国的“十二月事变”（即“晋西事变”）。
第一次反共高潮开始。12月6日，关于晋西事变和中国共产党的方针，和王稼祥致电朱德、左权、彭德怀，八路军晋西独立支队等，指出：
晋西南阎部新旧两军已发生严重武装冲突，表现着山西旧派投降日寇的表面化，其性质是对抗日的叛变。
反新军反抗日的武装叛变，可能在晋西南、晋西北再扩大化。
我们的方针是：速即通知进步分子，立刻警惕，准备坚决应付事变。对叛军进攻绝不让步，坚决有力地给予还击，并立即由新派提出反对叛军口号，但不要反对阎。
在新军内迅速巩固党的领导，不可靠者断然撤换。
八路本身严加警戒，以防意外，并应给新军以鼓励、掩护和支持。
晋西南、晋西北战略地位十分重要，我们绝不能放弃。
12月23日，毛泽东出席中共中央政治局会议，讨论反磨擦问题。毛泽东发言指出：
陕甘宁边区的武装冲突自今年三月起，七、八、九三个月停顿 了，现在又发生武装冲突，并且有中央军参加。陇东、关中对边区关系很大，我们不能让步。现在国民党抓住我们不愿破裂统一战线这一点，准备搞大磨擦，但也不能认为便会是公开的“剿共”战争，国民党怕公开。我们对付的方针是反磨擦，但方法要灵活。现已发出通电号召全国反对磨擦。
现在阎锡山表面上未投降，心中已投降，他在打新军便是投降，样子上还未投降，实际上已反共，样子上还没公开反共。我们要利用阎的这种矛盾，在拥阎之下反阎，在这种矛盾之下我们可以取得胜利。新军主要力量在晋东南，旧军主力在晋西南、晋西北。现在新军虽然打了两次胜仗，但局面还很严重，要准备长期斗争。这次的冲突，是新旧两派斗争的生死决斗问题，须严重注意，但不是短期能解决的。
国民党自五届六中全会以后以军事反共为主了，与过去以政治反共为主不同。现在国内中产阶级更积极，马占山说投降很困难，中国没有武装民众不能决定问题。现在，我们要提倡坚持性顽强性。我们对陕甘宁边区须采取坚决争取的方针，一尺一寸也不放松。有磨擦也可以教育我们，实际上使民族斗争与阶级斗争联系起来。
所说的新军，就是“山西青年抗敌决死队”。这是中国共产党领导的抗日骨干力量，共分4个纵队。
1937年8月，阎锡山接受中国共产党的提议，在太原组建了山西青年抗敌决死队第一总队。杜春沂任总队长，薄一波任政治委员，牛佩琮任政治部主任，下辖三个大队，12个中队，共1500余人。部队政工干部绝大多数为共产党员担任。11月初扩编，正式番号为国民革命军独立第一旅，简称决死第一纵队，鲁应麟任纵队长，下辖三个总队、九个大队。后陆续组建游击第一、第二、第三团，保安第五、第六团。
根据毛泽东提出“有理、有利、有节”的方针，到1940年初，基本妥善处理了“晋西事变”，打击了山西反共顽固派的妥协投降阴谋，发展了抗日武装力量，巩固了山西的抗战局面，并且争取到阎锡山继续留在抗日阵营，维护了中国共产党与阎锡山的统一战线关系。
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