土壤中的微生物种类繁多，数量极大，一克肥沃土壤中通常含有几亿到几十亿个微生物，要有细菌、真菌、放线菌、藻类和原生动物。细菌占土壤微生物总量的70%～90％，放线菌的数量仅次于细菌，，真菌以半知菌类为最多，主要分布于土壤表层中，藻类数量远远少于上述各类，主要有绿藻、硅藻等。土壤中的原生动物都是单细胞异养型的，主要是纤毛虫、鞭毛虫、根足虫等。
一、枯草芽孢杆菌：抑制有害菌
三、胶冻样芽孢杆菌：解钾
四、地衣芽孢杆菌：抑制有害菌。
五、苏云金芽孢杆菌：杀虫鳞翅目害虫。
十、棕色固氮菌：固氮。
十三、米曲霉：促进秸秆降解。
十四、淡紫拟青霉：防治根结线虫。
十五、绿藻：在陆地上的分布亦甚广泛，土壤上、树干上、某些岩石和墙壁上都可以找到。大型的绿藻，如水绵、水网藻等极易看见，小型的绿藻，如小球藻，栅藻等必须籍助于显微镜才能看到。
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